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标题: NAMD溶液浓度计算问题 [打印本页]

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Author: Feelings 时间: 2025-3-23 09:56
标题: NAMD溶液浓度计算问题
最近师兄给我布置了个作业，如图所示
上一部分的要求是：
1、构建一个尺寸为{ 35.6 Å × 32.6 Å }的单层石墨烯模型。并将其质心移动到原点位置。

2、将石墨烯溶剂化，水盒子尺寸为{ 40 × 40 × 50 } Å。石墨烯下方有10 Å的水分子。

3、将总模型质心移动到原点位置。

4、所有石墨烯中C原子类型设置为CA，设置水分子热振动参数为0.2，所有CA原子固定。
完成模型搭建之后，进行计算发现最后离子的浓度稳定在了1.2 mol/L附近，并且波动较大
想问一下这可能会有什么原因引起？

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