计算化学公社

标题: 求助：如何将xtd轨迹文件批量导出为pdb文件 [打印本页]

作者
Author: Xcution 时间: 2025-3-23 11:26
标题: 求助：如何将xtd轨迹文件批量导出为pdb文件
本帖最后由 Xcution 于 2025-3-24 10:30 编辑

我想做xtd轨迹文件中分子的二维密度分布图，参考了这篇博文https://blog.csdn.net/weixin_44620047/article/details/144918477，但卡在了将MS的xtd轨迹转化为VMD可读格式过程中。
参考Sob老师http://sobereva.com/143的文章能够顺利转化为xyz轨迹，但是xyz轨迹中原子类型丢失，仅有不同元素，但是同种元素的不同类型原子难以区分，譬如H2O中的O和OH-中的O。而pdb文件是能够保留具体原子类型信息的，且我尝试用一帧手动保存的pdb导入VMD进行二维密度分布计算能够成功。因此想求助各位老师，是否有办法将xtd轨迹文件批量导出为pdb文件（存为一个连续轨迹的pdb文件）。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-23 14:00
别在本论坛提ds之类的东西，试图靠这种东西写计算化学专业领域的代码明显不靠谱，都没有试的意义。

原子名对于所有帧都是相同的，让VMD从pdb里读取原子名信息即可。先载入pdb文件，删除仅有的一帧，然后把xyz载入到这个ID里就完了。

作者
Author: Xcution 时间: 2025-3-24 10:36

sobereva 发表于 2025-3-23 14:00
别在本论坛提ds之类的东西，试图靠这种东西写计算化学专业领域的代码明显不靠谱，都没有试的意义。

原子 ...

谢谢Sob老师！已将ds内容删除。按您的方法可以实现统计了，感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)