公社群聊Q&A整理：2017.03.03 20 ~ 2017.03.07 00 Concate - 计算化学公社

2017.03.03 19:07:42
Q:
老师，能否分享几篇用根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例的文献？
A:
Struct Chem (2014) 25:1521–1533
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2017.03.03 21:12:05
Q:
主流的基组除了 pople系列，dunning系列，ahlrichs系列，还有其他的什么基组？
把这个给忘了。。
ahlrich系列貌似自带赝势
A:
Jensen提出的pc系列，属于亚主流。还有truhlar提出的一堆乱七八糟的MIDI、MG3之类的
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2017.03.03 22:12:23
Q:
请问用gromacs做完protein-ligand MD得到trajectory 和confout等文件之后，要怎么处理才能得到pairwise interaction energy 呢？
需要先fit? 算RMSD 再研究氢键和其他相互作用吗？
A:
用g_pbsa，或者把要考察的残基和配体都定义为energy group
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2017.03.03 22:54:18
Q:
请问如何计算对比二乙胺、哌啶上氮的碱性
A:
考察氮的原子电荷，或者氮附近范德华表面上的静电势极小点数值
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2017.03.03 23:23:05
Q:
请问，怎样画出这种图。我只知道两个结构的简单对比，对于多个结构，不知道如何同时进行对比。
A:
把多个结构都合并到一个轨迹里，在VMD里做align，然后同时显示多帧，并且着色方式用timestep
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2017.03.04 00:45:08
Q:
我在Windows7下用高斯09输出fock矩阵，输出文件大小到了4.33g的时候就会出现2070错误，这是怎么回事
A:
换linux版
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2017.03.04 01:19:18
Q:
请问multiwfn的说明说在哪里能找到啊？
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2017.03.04 01:22:24
Q:
请教各位老师，我现在计算由两个稀土元素71号镥原子组成体系的单点能，选择的ccsd（T）方法，赝势函数和基组选择MWB60，请问方法选择合理吗？
在计算过程中，当两原子距离1.5~2埃米时，出现SCF不收敛的问题，参见论坛中sob老师的方法，只有SCF=QC可以解决，但是老师说过这样的修改过后体系能量可能偏高，所以请问格位老师，我的方法是否有问题，或者这样解决是否合理？麻烦各位老师了谢谢！
A:
合理
不放心的话用stable检测一下波函数稳定性
Q:
谢谢老师，在请问您一下， SCF=QC计算出的体系能量和SCF=XQC 有微小差别，且后者能量偏高，请问老师哪个更具有可信度？
A:
根据变分原理，谁低谁更可靠
我是指HF阶段
Q:
不好意思老师，我没太听明白，我这样理解对吗？体系能量低的更稳定
A:
不是稳定不稳定的事，这里说的是计算结果本身
所有设定相同的情况，用满足变分原理的方法，哪个结果能量更低哪个结果就更接近于真实基态
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2017.03.04 01:35:30
Q:
好的谢谢您了还有一个问题要计算镥原子和氧原子之间的相互作用需要满足一定的精度要求，于是我选择ccsd（T）用混合基组 6-311+G和MWB60 可以吗？因为是原子我没有加弥散函数可以吗？或者对于氧原子用6-311+G（3df）？谢谢老师
A:
又不加极化！
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
CCSD(T)起码用cc-pVTZ
Q:
啊嘞老师我不是写了“+”咩？
A:
搞清楚弥散和极化！
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2017.03.04 01:44:23
Q:
老师，求问，同一构型分别用B3LYP和MP2方法做NBO和AIM分析，结果会一致吗，我也有算，就怕和实际不符，想问问
A:
显然不一致
Q:
就是趋势，大小顺序
A:
看你具体NBO做什么
AIM的话，MP2密度（别误弄成HF密度）和B3LYP密度结果趋势会一致
Q:
因为我之前做NBO和AIM是用B3LYP做的，相互作用能使用B3LYP，MP2和SCS-MP2做的，后来做了实验，发现MP2的相互作用能结果和实验的更吻合，那我前面的NBO和AIM就怕有问题，正在检验
A:
波函数分析对计算级别的敏感性远远低于相互作用能
Q:
老师，我研究的是离子液离子对、离子液体-溶质分子，NBO做的是研究 donor-acceptor作用，和二阶微扰能E（2），还有电子的转移
A:
B3LYP算弱相互作用众所周知很烂，尤其是色散主导的，但使用B3LYP做此类体系波函数分析并不差
MP2根本没法算E(2)，如果给出来数值那实际上是HF的
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2017.03.04 01:52:16
Q:
老师您好，想请教老师您一个基础问题，非常期待您的解答：在反应历程中，使用基元反应活化能高低来判定反应决速步并解析反应选择性合理还是使用总的相对活化能（势能面曲线最高点-该点之前的最低点？/势能面最高点对应的TSs）解析反应选择性更合理呢？[表情]谢谢老师！
A:
[图片]
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2017.03.04 02:02:35
Q:
什么软件计算pka比较好，最好是免费
A:
什么体系？
Q:
就是想算下小分子配体的
A:
直接量化算
Q:
好的，有点多，一类
[表情]谢谢老师
A:
计算量并不大
看
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5032
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2017.03.04 03:18:16
Q:
公社现在有materials studio 2017么，想尝个鲜
A:
有
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2017.03.04 03:22:15
Q:
问下sob老师，算磷光，一种方法是opt 自旋1，opt td 自旋3 ？再td 自旋1！另一种是讲义里提到的先opt 自旋3，再 td(triplet) 自旋 1 算磷光！两种方法结果有区别么？
A:
看不懂前者描述
后者没问题
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2017.03.04 03:32:19
Q:
请问各位老师，在计算弱相互作用有机分子体系的结构优化的时候，M062X和PBE0的区别大吗？B3LYP呢？文献里说的加上DFT-D3校正体现在关键词上应该怎么写呢？谢谢各位老师~
[图片]
想问一下，老师在这里写的D3指的是是文献里的DFT-D3校正吗？写法就是直接加上“-D3”吗？谢谢~
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2017.03.04 04:04:40
Q:
请教老师们，在用关键词casscf（4，4），用这种命令的时候，会不会优化几何结构？还是仅计算轨道？
请问，在用关键词casscf（4，4）时，是否可以和OPT同时用？
Gaussian的例子，都没有用opt
是否通常是先用DFT优化结构，然后在此结构基础上，再用casscf计算轨道？
A:
否
有些情况用DFT优化的结构都不合理
例子没用显然不代表不能用
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2017.03.04 04:06:02
Q:
各位老师好~有个问题想请教一下，师兄要我帮他计算一对有机分子构成的激基复合物的三线态能级，我想问的是：
1. 正确的做法是不是先在基态下对该复合物做结构优化，求算体系能量，然后再在该基态结构下求算到最低的三线态的激发能，然后用基态能量加上激发能就得到三线态能级了呢？
2. 我在试图对这对有机分子复合物做基态结构优化的时候，完全按照普通的分子优化的泛函、基组选取方式仅仅只是把两个分子放在相对比较靠近的位置，这样做是否合理呢？每次这样做的时候，程序都报错，输出文件报错的内容是：
[图片]
这是什么原因呢？我基础不好，经常犯常识性错误，希望各位老师能指导一下，谢谢老师~
A:
1 直接用0 3优化就完了
2 合理。
用的泛函8成是带D2校正，但是包含了没定义参数的元素
改成其它能合理描述色散作用的泛函，或者带D3校正
Q:
额，请问，UDFT指的是开壳层DFT吗？[表情]
A:
非限制性开壳层
Q:
就是选unrestricted就好了吗？
A:
y
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2017.03.04 04:35:55
Q:
老师，请问，用一个低能电子进攻一个分子，这个输入文件该如何输呢？谢谢老师！
A:
一般的量化程序没法算这个
Q:
老师，用一个低能电子进攻DNA片段上的碱基，G09算不了是吧？
A:
算不了
g09能算的只有电子附着上去之后体系结构、性质可能发生什么变化之类，但没法考察电子进攻这个过程
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2017.03.04 05:04:25
Q:
[图片]老师们好，有这类错误的解决方法的相关资料吗？谢谢[表情]
A:
里面搜“Linear angle”
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.03.04 05:13:58
Q:
[图片]
老师，追到数据，怎么拟合出方程来
[图片]
A:
网上搜origin拟合教程
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2017.03.04 06:08:04
Q:
sob老师，用Multiwfn做DOS时，我发现纵坐标的值和实际严重不符。是不是如下原因造成的，这个比率应该多少合适呢？我看刚出来是是2.7114，但是纵坐标也不太合适。
4 Set scale ratio for DOS curve, current: 1.00000
A:
不用管纵坐标数值，曲线形状合适即可
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2017.03.04 07:27:42
Q:
[图片]请教大家一个问题，我想优化一下所构建的盒子的a与b边长，选取能量最低的点所对应的盒子的边长。之前咨询过群里的同学，做下去了。但是突然小木虫上有人说这种方法可能有问题。请大神帮小弟解决下，非常感谢。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=11107585链接我小木虫上求助
A:
我倒没觉得能有什么问题。不放心可以对比测试一下。或者到计算化学公社第一性原理版发帖求证
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2017.03.04 08:08:09
Q:
请教Sob老师和各位同仁，审稿人提出的一个问题：“However, the method used is of concern as M06 is known to overestimate barriers; results from at least 1 other method should be provided, for at least the RDS barriers to ensure that the observed trends are not methodological artefacts” 我想请教RDS能垒是什么能垒?我实际用的方法是M06-2X，他和M06差别大吗？非常感谢！
A:
M06-2X并没有明显高估的问题。随便再用个其它泛函，诸如B2PLYP-D3
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2017.03.04 09:46:25
Q:
[图片]
各位老师这个语法错误怎么改啊
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2017.03.04 17:02:59
Q:
弱弱的请教，高斯里怎么计算分子或聚合物分子的介电常数？
A:
没法算
Q:
那用别的程序或软件可以计算吗？，sob老师
A:
做动力学模拟
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2017.03.04 17:14:24
Q:
老师我用optDFTw计算的时候只计算一个N.gjf 的文件
A:
如果说计算到这一个就停了，检查输出文件，估计是计算出错了
诸如SCF不收敛之类
Q:
成功了，只计算了一个N的结果
没继续往下计算
A:
如果任务正常结束不可能没继续往下算
远程说不清楚，反复检查
要么把optDFTw运行窗口截图，并且把N.gjf、N.out传上来
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2017.03.04 17:19:32
Q:
老师，您好，如果用AIM计算配体到金属之间的电荷转移量(ΔQ)，应该怎么做呢？谢谢老师。
A:
计算AIM电荷
但我很不推荐用AIM电荷
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2017.03.04 17:28:08
Q:
请问谁有找过渡态的简单的算例？刚接触都不懂啊？
A:
看群共享里
Exploring Chemistry 2ed+勘误+例子&练习
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2017.03.04 17:50:13
Q:
老师，今天卖萌君今天不上班么？给她发消息一直没有回复。我想咨询一下上一次培训的票据问题@Sobereva
A:
回复周期是一个工作日以内
不要过急
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2017.03.04 19:33:53
Q:
马吉亚巴库内……
一定是大博士在11区的时候被人发现了，否则法夫纳怎么那么像大博士……
看多了，主题曲都快会唱了
A:
得了，2013年就开始连载了，去年才去的11区
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2017.03.04 19:36:19
Q:
老师们，麻烦帮忙看看，为什么每次算到后面都是这样，是没算完还是出现了错误，麻烦解答[表情][图片]
A:
没算完
加上#P便于监控
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2017.03.04 20:04:02
Q:
大家好，请问甘氨酸和天冬氨酸缩合成的二肽的分子构型如何寻找或者构建呢？大家伙儿有知道的吗？谢谢啦
A:
gview片段库里自带了氨基酸的，直接画
Q:
谢谢Sob老师，请问这个二肽画出来的话其中的二面角或者键长之类的有规定吗？脱水缩合失去一份子水后，怎么把二肽结合在一起呢
就是这两个分子怎么连接起来呢sob老师
把片段连接原子设成N，然后“取代”上一个氨基酸的氧原子
A:
字号不要超过12，注意群文件里的群规
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2017.03.04 20:57:12
Q:
老师您好，请问算激发三线态优化的时候出现分子断裂是怎么回事？如何解决呢？命令：#p m062x/6-311++g(d,p) td=(triplets,NStates=5,direct) opt geom=connectivity nosymm
[图片]
A:
用0 3优化
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2017.03.04 23:29:59
Q:
sob老师，我想问下t1态（0,3）得到的能量比s1的能量高，试了不同的泛函和基组但都是这种趋势，这是什么原因呀？
A:
用相同的结构，用50-50关键词的结果比较输出的S1和T1，以排除其它因素
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2017.03.05 00:15:55
Q:
各位老师同学大家好，我想请问下就是用VMD制作电影，看到图片是生成了，电影却没有生成，而videomach就跳这中这个提示，请问大家有知道怎么解决吗？[图片]
Sob老师，请问下你推荐的录屏软件是什么软件呀？
另外，我用VMD制作电影的时候，图片生成大小只有5k左右，videomach也打不开，提示Elisterror 在videomach.exe在0001A352列表索引超出权限
这样啊，我试试看. 谢谢
我只是觉得我用VMD和videomach可能是哪里出问题了，我还成功过一次，后面就不知道哪里出错了
有木有安装包呀？能否给我发一个呀
A:
@ Why ocam
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2017.03.05 01:57:02
Q:
[图片][图片][图片]老师您好，我有个疑问：我先初猜高自旋反平行的双铁活性中心，测得自旋（图1），优化收敛后自旋是几乎为零（图2），然后做稳定性测试（图3），我不明白稳定性测试（只是测定波函数的稳定的操作？），为啥会有这个自旋的变化？@Sobereva
A:
基于当前stable=opt得到的波函数的chk文件，用guess=read继续优化
可能之前优化过程中由于初猜设定并不合适又收敛到闭壳层状态去了
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2017.03.05 02:05:40
Q:
老师，您好，我按照您说的方法用align把多个pdb结构进行了对比，并算了RMSD。但是用VMD把两帧结构同时绘制出来时，只要点Trajectory－Timestep时VMD就会出错关闭，这是为什么呢[表情]
A:
没遇见过
Q:
[图片]
我试了好几台电脑，都是这样子
A:
用win版
Q:
哦，好的。谢谢老师啦
A:
正常应当显示成这样（这里只显示初帧和末帧）
[图片]
Q:
嗯嗯，那最下面那个0:1000:1000是什么意思呢？
A:
[图片]
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2017.03.05 03:15:47
Q:
sob 老师 multiwfn画等高线图的时候如何设置X轴Y轴的范围？默认的范围不够大范德华体积画不全了，谢谢老师
A:
设置作图平面那一步把延展距离设大
Q:
是默认100*100那个吗
A:
那是格点数
看手册3.5.2节的说明
Q:
恩恩
是下一步
[图片]这个吗
A:
y
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2017.03.05 03:30:49
Q:
老师，我用的PBE1PBE/6-31+g**方法和基组算的TD,我算TDM也必须用PBE1PBE/6-31+g**，辛苦了，老师@Sobereva
TDM是什么
A:
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
transition density matrix
Q:
嗯嗯，老师看了那个文章了，可是那里没有特意说明方法和基组，[表情]我就有些疑惑辛苦老师了
A:
什么级别算的激发态就用什么级别做TDM
Q:
既然你用PBE0/6-31+G**算的TD，当然TDM也应该是这个
A:
不过尽量别有弥散
Q:
弥散相当耗时
A:
弥散会破坏化学意义
Q:
辛苦老师了万分感谢
如果去掉弥散会被审稿人纠缠，TD用了为什么TDM不用……
A:
激发态计算时候就不该加弥散
Q:
老师，那我算的激发态当时加了弥散，没太大影响吧，新学员[表情]
A:
没影响
Q:
嗯嗯，但是数据都整理差不多了
A:
算TDM时去掉弥散解释得通，但是不便于和带弥散算的激发态严格对应
带和不带弥散都算算TDM，如果定性没什么差别那就放心了
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2017.03.05 03:32:59
Q:
请问，用高斯软件CCSD(T)方法计算单点时，计算结束，但是没有报错，提示：
DD1Dir will call FoFDir 3 times, MxPair= 398
NAB= 595 NAA= 0 NBB= 0 NumPrc= 4.
DE(Corr)= -2.4671480 E(CORR)= -1078.4227688 Delta=-3.52D-06
NORM(A)= 0.12836776D+01
Iteration Nr. 8
其输出文件中有一个电子能量值。这个电子能量值是最终结果吗，可以用吗？谢谢
A:
不能用。重算一遍
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2017.03.05 03:59:35
Q:
Linearly interpolated internal coordinate (LIIC) pathways
请教一下，这个线性插值内坐标是指的柔性扫描么
A:
不是
根据两头的坐标简单的插值而已
Q:
[表情] 不懂
高斯手册没有啊高斯的么
A:
自己写个程序搞就完了，超简单
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2017.03.05 04:18:14
Q:
请问算热力学能是不是必须要数值梯度，解析梯度为什么不可以呢？
不是的吗？那为什么我用ORCA算的时候，用PBE泛函，必须加上NumFreq才能得到体系的ZPE和熵呢？
A:
直接用! PBE opt freq，肯定会输出热力学量，包括ZPE和熵
完全不需要NumFreq
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2017.03.05 04:39:46
Q:
[图片]
这是我的笔记本配置。请问，能超频到3G以上加快高斯运算速度吗？如果能，如何超频呀？
A:
笔记本超不了，BIOS里没有那些选项
就依靠turbo boost自动提升频率就完了
Q:
笔记本bios改不了的，肯定是开的
散热口你往里面吹风还怎么散热，要吹也是从进风口吹。
笔记本本身散热不行的话，加强散热是有可能提高实际睿频的频率的。
笔记本散热合格的话，加强散热也没用。
A:
顶多也就是给散热口增加一个抽风的几十块钱的小玩意加强散热，不过效果不显著，除非风扇状态已经很烂了
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2017.03.05 04:50:06
Q:
大博士，sTDA说明书中的这个选项是什么意思，没读懂
[图片]
A:
just try
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2017.03.05 05:21:47
Q:
老师，NBO分析是不是也属于波函数分析的范畴我有点儿概念混乱了
A:
是
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2017.03.05 05:51:30
Q:
在溶剂中计算垂直激发能时需不需要对特定态进行计算还是直接TDDFT计算单点就行了
都是溶剂化模型
scrf
默认的pcm
tddft计算的单点能会出现多个态的激发，而特定态计算好像算激发能更精确
[图片]
[图片]
A:
当然不是必须非得用特定态，默认的线性响应完全可以
由于误差抵消，用贼耗时的特定态模型的结果还未必比线性响应溶剂模型下结果更好
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2017.03.05 05:58:24
Q:
请问高斯用COSMO溶剂模型，怎么写呢？
A:
scrf里写COSMO
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2017.03.05 06:14:43
Q:
请问大伙，在计算体系单点能时出现l913错误，使计算方法迭代上限达200依然不奏效，请问还有什么办法？l913错误和l512错误都是迭代型的问题吗？谢谢大家
[图片]这是输出文件最后的部分，麻烦啦
#p CCSD(t)(maxcyc=200) genecp
MWB60
这是赝势基组
A:
[图片]
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2017.03.05 11:57:51
Q:
社长..请问一下这个组态系数为负数，这个怎么理解呢..
A:
负数就负数，没什么特殊的意义
正如同LCAO系数里也有负数
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2017.03.05 17:01:05
Q:
请问各位，我使用ONIOM(b3lyp/lanl2dz:b3lyp/6-31g*)算了一个体系，打开fchk文件 surface/contours怎么是灰色的？
A:
ONIOM产生不了体系波函数，因此没法看函数等值面
Q:
那请问，我需要怎么进行修改，直接全部用b3lyp/lanl2dz吗？
A:
你得确保lanl2DZ对研究的所有原子精度足够
你这种用ONIOM的方式徒劳无益
Q:
我的，体系有过渡金属Fe Co，还C H O N S,
A:
用混合基组啊！
你这样用ONIOM，稍有经验的审稿人一定给你打回去
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.03.05 18:55:25
Q:
老师，您好，在计算带金属的体系总是不收敛，或结构出现错误。类似下边结构
[图片]
我的输入文件是
%chk=pb.chk
%mem=5GB
%nprocshared=12
# opt b3lyp/gen pseudo=read
Title Card Required
2 1
C H O N 0
6-31g(d)
****
Cu 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz
请教老师改怎么调整，谢谢
A:
Cu 0
lanl2dz
前头只能空一行
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2017.03.05 18:58:24
Q:
求教linux版高斯的安装
我装了1天都没装好
[图片]
这种错误
[图片]
这个咋办@Sobereva
A:
看输出文件
Q:
[图片]
啊
嗯
谢谢了
运行中
开心
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2017.03.05 19:13:29
Q:
如何根据玻尔兹曼分布拟合成一条曲线[图片]
ECD曲线
摩尔吸收系数和波长
说错了，那怎么叠加，每个构象的玻尔兹曼分布已经算完
[图片]
算完玻尔兹曼分布后，如何按比例叠加这个ECD图？
A:
[图片]
Q:
desfl那一列是什么？还有我的数据很多该怎么叠加方便
麻烦老师了@Sobereva
还有我的数据很多该怎么叠加方便
老师，在叠加每个构象的ECD时我的数据很多，应该怎么弄方便？谢谢老师了
A:
懒得在origin里操作就自己写程序
此文是专门吐槽计算化学懒人的
有感于如今许多超懒的科研工作者
http://sobereva.com/342
一代比一代懒，久而久之计算化学界要完蛋
Q:
问一下老师，我找的几个构象做的ECD怎么差别好大
A:
ECD对构象敏感
Q:
但是有的ECD真的差好多，还考虑叠加吗
A:
显然更得考虑
Q:
哦哦
我的ECD数据好多，该怎么处理
我看了昨天你发的那个了
A:
你又不写程序自动弄，又不肯手动操作，你说怎么弄？
Q:
好的老师知道了，纵坐标有振子强度和摩尔吸收系数，该叠加哪个
A:
后者
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2017.03.05 20:05:30
Q:
一般CPU满载好，还是留1-2个U给系统好点。
说错了，是留1-2个核
恩，一般不做什么事情
不知道有没有人测试过，我看到有人提到，留2个核，不满载效率更高点，一会测试下，看看
A:
伪科学
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2017.03.05 21:34:31
Q:
请问有windows下安装gromacs的方法吗？如果不用虚拟机和cw的话
A:
网上有预编译的windows版，但速度慢，远不如用vmware虚拟机
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2017.03.05 22:09:44
Q:
[图片]
总是不收敛，加了关键词int=acce2,scf(novaracc,noincfock)
还是不收敛
还有没有其他有效的方法？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.03.05 22:28:36
Q:
求教linux版高斯09如何对任务批量处理
求教如何炒作
操作
就是把任务排个队
怎样
ok
A:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
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2017.03.05 23:35:50
Q:
[图片]sob老师，这个是怎么做的？[表情]
A:
不用管。就用U就完了，耗时多不了多少
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2017.03.06 00:00:09
Q:
总是出现一个虚频但又能正常结束，这是什么原因呢？
修改了一次结构投进去跑，还是出现一个虚频
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.03.06 00:00:09
Q:
请问老师，对于笼状空腔构型的复合物，形状不是很规则，能不能用什么方法计算出其空腔体积大小？
A:
对于蛋白质有很多可以寻找空腔、计算体积的工具，用于笼状复合物可能有的也能用
比如https://epock.bitbucket.io/?
还有几个
http://www.ccl.net/cca/software/UNIX/pass/overview.shtml
http://www.fc.up.pt/PortoBioComp/Software/Volarea/Home.html
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2017.03.06 00:40:06
Q:
大家周末好啊怎么修改小分子的立场文件.rtp 因为自己在做一个共价对接复合物的分子动力学模拟，但是需要对新的残基进行立场文件的修改，一直没改正确，想请问有哪些同学接触过这方面，能够给一些指导
A:
先用antechamber+acpype、ATB之类得到小分子itp文件，把要接上去的残基在rtp里复制一份命名成新的名字比如ABC，然后把小分子itp文件里的信息按照rtp格式合并到[ ABC ]里面并恰当添加上bonds, angles, dihedrals项以示与残基原子相连。然后把pdb文件里的那个残基名改成ABC
更具体的细节三言两语说不完，整体过程就是这样
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2017.03.06 01:52:37
Q:
sob老师请问一下，用分子轨道理论解释不同催化剂的催化效果时；关心的反应物之间单独（各个反应物单独优化）的gap，还是相互作用时（反应物放在一起优化）的gap，还是过渡态结构的gap呢？
A:
直接算势垒来解释就完了
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2017.03.06 01:53:11
Q:
sob老师您好，请问l913报错 SCF收敛有问题，添加maxcyc=200后，依然报错，除了米豆豆老师之前和我说的换基组请问还有别的方法吗？我计算的是稀土镥原子和氧原子体系的能量，用的赝势基组是MWB60 谢谢您！@Sobereva
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
加maxcyc毫无意义，博文里强调了
SCF收敛问题根本不是l913
Q:
但是l913这个过程是计算post-SCF能量
A:
所以说，你干嘛说是SCF收敛有问题
根本不一码事
别说lxxx出错，直接贴报错提示
Q:
哦..好的... 等一下哈谢谢老师~
[图片]
不好意思老师，我没看出来具体是l913哪里出错[表情]
A:
[图片]
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2017.03.06 02:01:31
Q:
老师，我请教一个问题，现在有一个分子计算迁移率，从晶体数据来看分子间存在较强的氢键作用，那我用两个分子加色散校正来计算内重组能是否比直接用单个分子计算来得合理？
A:
那倒未必，除非看见有文章表明这一点
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2017.03.06 03:52:26
Q:
老师，请教您一下，为解决l913错误，在关键词输入#p CCSD(T,conv=6) genecp
显示语法有误，不好意思请问老师规范格式应该怎么写？谢谢老师@Sobereva
试过#p CCSD(T,conv=N，N=6) genecp #p CCSD(T,conv=N) genecp N=6
都不对...
A:
#p CCSD(T,conv=6) genecp不可能有错，有错也是其它地方写错了
Q:
老师您看是这样的
[图片]
A:
用g09
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2017.03.06 04:41:11
Q:
各位老师，请教一下，VMD做ESP的时候，这个界面里selected Molecule切换不了是为什么？一直都是0：
[图片]
A:
因为当前只载入了一个文件
Q:
[图片]
只载入了一个文件么？
感觉是三个呢？
A:
不可能只显示一项
Q:
是有点邪门，我试了好几次了
可能文件没保存好吧，我在用Muliwfn保存一下试试
拖进去就是那样的
竟然不一样。。。
[图片]
拖进去就这样。。
看来要重装VMD了，
我的还是1.9呢
冰老师能分享一下么，刚去官网看了，还要注册的，我貌似上次就没注册成功[表情]
谢谢老师
A:
计算化学公社里就有下载
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2017.03.06 05:09:32
Q:
现在G16有放出来下载了吗？
A:
无
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2017.03.06 05:15:20
Q:
大博士，我在高斯里用B3LYP/TZVP计算的pop=full，是不是意味着在sTDA里也只能用B3LYP？
A:
是
Q:
换句话说，如果想用什么泛函来计算，就得用高斯先行用该泛函跑一个单点，做布居输出？
包括基组？
A:
y
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2017.03.06 05:20:12
Q:
老师您好！我在读您这篇文章http://sobereva.com/314时，对于计算磷光发射的问题不是很明白，就是考虑旋轨耦合的话具体应该怎样操作，做输入文件时该怎样设置？我看了下输出文件，振子强度确实像您说的那样为0。谢谢！[图片]
A:
得用Dalton、ADF、GAMESS-US等程序，高斯没辙
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2017.03.06 05:59:51
Q:
VMD.rc是什么鬼，不会是初始化文件吧
A:
就是初始化文件
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2017.03.06 16:25:38
Q:
老师您好，我在计算过渡态时，出现这个错误[图片]，下面截图是我的输入文件关键词[图片]请问一下老师，这怎么解决呢？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.03.06 17:05:37
Q:
各位老师好我想请问一下，用ADF优化的T1态和高斯优化的T1态差别大吗
A:
用的理论方法一样，基组尺寸大致统一就能一样（但ADF的STO基组和高斯的GTO基组缺乏严格可比性，所以难以准确统一）
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2017.03.06 17:21:48
Q:
[图片]各位老师，请教一下这是什么轨道
A:
pi轨道
Q:
是占据还是空的呢
A:
gview直接提示了
Q:
算出来这是LUMO
最低空轨道
那么占据的pi轨道和空的
pi轨道是一样的吗
A:
字号请勿超过12
你一看占据的pi轨道一比较就知道了
显然不可能形状一样
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2017.03.06 17:22:05
Q:
我想问一下我计算了频率 ZPE为0.321747 (Hartree/Particle)。这个单位是Hartree吗？怎么这么大？这是我没有做因子校正的结果
A:
体系越大ZPE越大，这种ZPE数量级完全正常
Q:
Hartree/Particle这个单位是hartree吗？老师@Sobereva
A:
是
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2017.03.06 17:54:06
Q:
输入行 # SAC-CI=(singlet=(Nstate=3))/lanl2dz Nosymm
错误信息：Number of R1&R2 operators is larger than 100000.
Please set Keyword "MaxR2Op" to a larger value than 100000.
看高斯官网命令：
MaxR2Op=N
Set the maximum number of R2 operators after perturbation selection to N. The default is 100,000.
这句话的意思是不是让我把MaxR2Op大于100000
但是应该加多少我加了MaxR2Op=1200000 和MaxR2Op 都提示我是输入错误
A:
用SAC-CI的人极少
而且lanl2DZ还用SAC-CI，毫无意义
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2017.03.06 17:58:35
Q:
#p opt freq M06L int=ultrafine genecp ,SCF还是不收敛，怎么办啊？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.03.06 18:03:28
Q:
[图片]
老师，这种情况是中心原子没有和周围分子成键么？
A:
否
Q:
老师，我用multiwfn做CDA分析，得到周围分子向中心原子转移了0.011582，但为什么看轨道图却看不到成键呢？
A:
轨道图怎么看出成键？
如果指横杠是否连上，那和阈值设定有关
0.01这种级别几乎都可以忽略不计
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2017.03.06 18:39:46
Q:
老师，请问我算lc-blyp为什么中断了？
[图片]
算的是这个分子
[图片]
请问是warning是什么意思？
算到这个分子的时候任务就自动停止了
[图片]
这个分子没算完，后面的也都没算
求指点迷津[表情]
@Sobereva
A:
如果其它体系用这套关键词能正常算完，当前这个重跑一遍，还不行就更新的版本，还不行就问客服
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2017.03.06 18:51:32
Q:
@sob老师，我想请问一下在高斯里面，不同价态的过渡金属的离子半径有没有区别的？因为实验上测出来的不同价态的过渡金属离子的离子半径是肯定有差别的。
A:
这不是高斯的事，是原理的事
如果用诸如原子核到某个数值的电子密度等值面的距离来衡量半径，不同价态例子会有区别，用multiwfn可以算
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2017.03.06 19:07:40
Q:
卢老师，计算结合能是用优化的HF值更好还是用单点能的HF值更好呢？
A:
算结合能的时候，片段的结构直接用优化后的复合物里的结构，不再单独优化
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2017.03.06 19:09:50
Q:
各位老师，请教一个问题，我要在附件材料里附上每个结构的原子坐标，怎么快速的从log，out文件里把原子坐标提取出来呢？文件太多了，一个一个的弄嫌麻烦。
A:
shell脚本+grep+awk
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2017.03.06 19:17:15
Q:
老师，我咨询个问题：对于一个分子，如果有电子向该分子转移，那么该分子的各能级会发生怎样的变化？HOMO降低，LUMO提高？
A:
一对比中性状态和-1状态的轨道能量就知道
何况加个电子形式上是加到LUMO上，虽然会弛豫，但也不会比中性状态的HOMO更低
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2017.03.06 19:44:52
Q:
[图片][图片][图片][图片][图片]老师，我用ORCA上的例子[图片][图片]和网上的例子[图片]计算，不知道哪有问题？我们老师说我们服务器上之前就有openMPI就没有下载，但之前没有ORCA的任何软件。请问老师有比较完整的ORCA 的完整例子推荐吗？
A:
手册有例子，计算化学公社里也有ORCA例子库打包下载，去ORCA分类里找
Q:
好的，老师
那老师前面的报错信息不是软件没有安好的问题导致的吧？
A:
先算个最简单的任务
先用串行
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2017.03.06 20:16:30
Q:
[图片]老师好，请问对于这样的多步反应，想要计算出整个路线的反应速率常数，应该如何近似处理？文献中说他们用的是the initial barrierless complex formation 近似代表的，那还可以用什么方式近似？还有就是这个可以通过什么软件程序实现么？谢谢了
A:
如果纵坐标是电子能量，先计算成自由能再绘图
Q:
老师，那如果遇到自由能和电子能都是这种情况的，该怎么处理呢？
A:
先得出自由能的再说
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2017.03.06 20:52:35
Q:
高斯优化时候命令加scf（maxcyc＝N, XQC）了，里面默认最大轮数N是64, 那么怕不收敛，加N＝多少比较合适呢？我加成N=2222了的，这是导致我计算很耗时的原因吗？
以前我同学只加到N=512
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
N加得越大说明人越傻
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2017.03.06 21:55:04
Q:
你好，请问二肽的分子结构该怎么得到呢老师
有推荐的软件吗
A:
gview直接画
直接用片段库里的氨基酸结构
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2017.03.06 23:01:23
Q:
老师，计算玻尔兹曼分布Q(relat)=4.815794是常数还是@Sobereva
A:
Q显然是算出来的
Q:
老师，这个Q(relat)=4.815794单位是什么
A:
Q无量纲
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2017.03.06 23:01:43
Q:
[图片]
A:
用multiwfn来进行解析
含频和静态的超极化率的张量的对称性是不同的
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2017.03.06 23:01:58
Q:
哦哦，对了，说错了，是自然轨道。那请问老师，wfn里输出的那种自然轨道，最高占据数都是2.0000，怎么做到的？我随便拿个密度矩阵对角化一下得到的好多本征值都大于2啊。。。[图片]
A:
对角化之前得先变换到正交基
Q:
densitymatrix*overlapmatrix，二者间矩阵乘法吗？
A:
你这么乘什么都不是
Q:
那是咋乘的？求老师赐教~
A:
[图片]
如果看不懂就先看看szabo的modern quantum chemistry
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2017.03.06 23:05:01
Q:
[图片]请问老师，做体积计算， Box volume和 Molar volume有什么不同呀？
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
box是做蒙特卡罗计算时候用的盒子
[图片]
这是代码
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2017.03.06 23:07:26
Q:
[图片]老师，中午发的那个图是文献上的和我的电子能量曲线趋势一致，这会发的这个是我把我的能量图换成自由能绘制的，我还没太明白老师您让画出这个图的意图是啥？还有就是这种的情况该怎么获取整条路线的反应速率常数，谢谢您
A:
看不懂你这图
如果图中表示的是两步过程，用势垒最高那个计算k当整个反应的
Q:
主要是画的太丑了，是三分子反应，A和B经过TS1反应，然后产物再和C反应
老师，您的意思是根据自由能能垒去计算么？
A:
用热力学形式的TST公式时用自由能垒
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2017.03.06 23:11:48
Q:
请问各位老师，为什么认为材料的HOMO、LUMO分布得越开，ΔEst就越小，表现出TADF的性能呢？这是有更本质的解释的还是只是一种现象上的对应呢？谢谢~~
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5223
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2017.03.06 23:39:25
Q:
做了一个再smd溶剂化模型下的单点能，命令行为：#p scrf=(smd,solvent=2-Propanol) b3lyp/gen geom=check guess=read pseudo=read
结果文件的能量部分如下。想问一下我这样做对不对，应该用哪个能量呢？
Error on total polarization charges = 0.07193
SCF Done: E(RB3LYP) = -1282.51746496 A.U. after 15 cycles
Convg = 0.8775D-08 -V/T = 2.0599
KE= 1.210088283925D+03 PE=-6.065272513305D+03 EE= 2.053535330344D+03
SMD-CDS (non-electrostatic) energy (kcal/mol) = -1.26
(included in total energy above)
Leave Link 502 at Mon Mar 6 15:45:48 2017, MaxMem= 1572864000 cpu: 2563.9
(Enter /soft/G09-em64t/TAR/g09/l601.exe)
Copying SCF densities to generalized density rwf, IOpCl= 0 IROHF=0.
**********************************************************************
Population analysis using the SCF density.
A:
对
SCF Done: E(RB3LYP)
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2017.03.06 23:39:35
Q:
各位老师好，我想问两个问题：
1. 我要计算一个材料的ΔEst，先用opt freq TD=（singlet）计算S1态的结构和总能量，再用opt freq TD=（triplet）计算T1的结构和总能量，两者相减，这样对吗？
2. 看了sob老师的博文说后者用UDFT方法代替也能算出T1结构，这样算去和S1的对比合理吗？
谢谢各位老师~~
A:
1 对
记得TDDFT freq极其耗时
2 合理
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