计算化学公社

标题: 求助ORCA做CP校正报错 [打印本页]

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-23 17:09
标题: 求助ORCA做CP校正报错
各位老师，我在使用ORCA做CP校正时，参考了sob老师做CP校正的例子，在CCSD(T)/cc-PVQZ计算体系下进行了计算，我的输入文件如下：
%pal nprocs 40 end
! CCSD(T) cc-pVQZ tightSCF noautostart miniprint
%maxcore    8000
* xyz 0 6
Ti    0.52110186 0.11889480 0.09456427
Ti    1.59841912 2.28375665 -0.83047139
Ti -0.84051084 2.31446306 0.51074888
Ti -0.59732847 1.34517173 -1.96581057
Ti -2.09809666 0.03480885 -0.01813699
Ti    1.75772708 -0.01907120 -2.19228759
Ti    1.46939454 1.66327692 1.90078577
Ti    3.12436797 0.08982412 0.07275700
Ti    1.57853288 -1.13341671 2.09721151
Ti    1.74522964 -2.12763111 -0.38498059
Ti -0.61704707 -2.09997290 0.98133588
Ti -0.85323750 0.20180149 2.31819566
Ti -0.52312971 -1.47025422 -1.76208672
Na    1.80806481 -3.01869348 -3.55336724
*
$new_job
! CCSD(T) cc-pVQZ tightSCF noautostart miniprint Pmodel
%maxcore    8000
* xyz 0 7
Ti    0.52110186 0.11889480 0.09456427
Ti    1.59841912 2.28375665 -0.83047139
Ti -0.84051084 2.31446306 0.51074888
Ti -0.59732847 1.34517173 -1.96581057
Ti -2.09809666 0.03480885 -0.01813699
Ti    1.75772708 -0.01907120 -2.19228759
Ti    1.46939454 1.66327692 1.90078577
Ti    3.12436797 0.08982412 0.07275700
Ti    1.57853288 -1.13341671 2.09721151
Ti    1.74522964 -2.12763111 -0.38498059
Ti -0.61704707 -2.09997290 0.98133588
Ti -0.85323750 0.20180149 2.31819566
Ti -0.52312971 -1.47025422 -1.76208672
Na:    1.80806481 -3.01869348 -3.55336724
*
$new_job
! CCSD(T) cc-pVQZ tightSCF noautostart miniprint Pmodel
%maxcore    8000
* xyz 0 2
Ti:    0.52110186 0.11889480 0.09456427
Ti:    1.59841912 2.28375665 -0.83047139
Ti: -0.84051084 2.31446306 0.51074888
Ti: -0.59732847 1.34517173 -1.96581057
Ti: -2.09809666 0.03480885 -0.01813699
Ti:    1.75772708 -0.01907120 -2.19228759
Ti:    1.46939454 1.66327692 1.90078577
Ti:    3.12436797 0.08982412 0.07275700
Ti:    1.57853288 -1.13341671 2.09721151
Ti:    1.74522964 -2.12763111 -0.38498059
Ti: -0.61704707 -2.09997290 0.98133588
Ti: -0.85323750 0.20180149 2.31819566
Ti: -0.52312971 -1.47025422 -1.76208672
Na    1.80806481 -3.01869348 -3.55336724
*

由于是第一次使用CCSD(T)方法，所以不太清楚计算时长，就硬着头皮进行了计算，在计算了11天后应该是完成了第一部分的计算然后就报错了，报错的原因好像是内存不足，如下：
AUTOMATIC CHOICE OF INCORE LEVEL
--------------------------------
Memory available                         ... 4000.00 MB
Memory needed for S+T                   ... 132812.76 MB
Memory needed for J+K                   ... 265695.79 MB
Memory needed for DIIS                   ... 1859378.63 MB
Memory needed for 3-ext                   ... 1297240.91 MB
Memory needed for 4-ext                   ... 9622475.19 MB
Memory needed for triples                ...  76308.29 MB
-> Final InCoreLevel ... 0
Error (ORCA_MDCI): not enough memory for computing triples
  => Memory needed :  76308.29 MB
  => Memory available : 4000.00 MB
[file orca_mdci/mdci_util.cpp, line 2321, Process 0]:    ... aborting the job
job aborted:
[ranks] message
[0-39] process exited without calling finalize
---- error analysis -----
[0-39] on DESKTOP-ICBVOIG
D:\ORCA\orca_mdci_mpi.exe ended prematurely and may have crashed. exit code 12
---- error analysis -----
ORCA finished by error termination in MDCI
Calling Command: mpiexec -np 40  D:\ORCA\orca_mdci_mpi.exe Ti13-Na-06.mdciinp.tmp Ti13-Na-06
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run
我的机子是40核128G的，在计算之前确实没有考虑到每个核的内存，就随手给了一个8000MB，但是在进行第一部分计算的时候每个核也只用了400MB的内存，所以不太明白为什么第二部分要这么大的内存。
综上，我的问题是：1.是因为并行核数太多内存太小而报错吗？
                           2.对于已经计算的第一部分的能量可以使用吗，后续再单独计算第二部分和第三部分结合CP校正的能量可以吗？
非常感谢各位老师。

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-23 20:09
我还有一个问题是：对于已经计算完的第一部分，是不是就是考虑了校正的复合物的能量，然后我就只用去计算第二部分和第三部分的单点能就行了呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-23 21:35
与其做CCSD(T)/cc-pVQZ，不如做CCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12，后者利用了F12方法校正基组误差，可以达到接近cc-pV6Z的精度，且不需要做counterpoise

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-23 22:02

wzkchem5 发表于 2025-3-23 21:35
与其做CCSD(T)/cc-pVQZ，不如做CCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12，后者利用了F12方法校正基组误差，可以达到接近cc- ...

非常感谢您，后续我会按您的建议做这个计算，只是现在这个计算级别是老师让我做的，所以我得先做一次计算。还有就是想请教您，我的第一部分计算能量能否使用呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-24 08:33

Teresa 发表于 2025-3-23 22:02
非常感谢您，后续我会按您的建议做这个计算，只是现在这个计算级别是老师让我做的，所以我得先做一次计算 ...

先学习F12相关理论，了解为什么基于cc-pVTZ-F12做F12计算，比基于cc-pVQZ做非F12计算好。然后跟你老师提一下。
你老师建议用CCSD(T)/cc-pVQZ可能只是因为你老师不知道F12，不一定是因为F12更差。不要你老师说啥就是啥

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-24 10:20
CCSD(T)/cc-pVQZ算你这个体系根本没戏（都根本不是时间长短的问题，就是完全没戏）。本身这个级别耗时就极高，再加上Ti那么重的原子那么多，能算成功就新鲜了。必须换其它的计算级别。不要在缺乏常识的情况下盲目冲高精度，否则在瞎折腾上会轻易白浪费几个月时间。

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-24 10:46

wzkchem5 发表于 2025-3-24 08:33
先学习F12相关理论，了解为什么基于cc-pVTZ-F12做F12计算，比基于cc-pVQZ做非F12计算好。然后跟你老师提 ...

我明白啦老师，我会去学习然后和老师商量一下，再次感谢您

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-24 10:49

sobereva 发表于 2025-3-24 10:20
CCSD(T)/cc-pVQZ算你这个体系根本没戏（都根本不是时间长短的问题，就是完全没戏）。本身这个级别耗时就极 ...

谢谢老师，因为这部分没有论文做参考，我以为精度越高越有参照性和说服力，结果算了这么久，感觉荒废了时间

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-24 12:39

Teresa 发表于 2025-3-24 10:49
谢谢老师，因为这部分没有论文做参考，我以为精度越高越有参照性和说服力，结果算了这么久，感觉荒废了时 ...

才发现你没开DLPNO。开DLPNO的情况下是可以算得动的，但是还是那句话，用F12搭配cc-pVTZ-F12更好，计算量更低，精度更高，不用做counterpoise

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-24 12:46

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:39
才发现你没开DLPNO。开DLPNO的情况下是可以算得动的，但是还是那句话，用F12搭配cc-pVTZ-F12更好，计算量 ...

因为一开始是打算使用CCSD(T)方法，在论坛上看到说开了DLPNO之后和CCSD(T)方法就不是一个东西了。
我现在就开始使用F12，后续计算完成后再向您请教，非常感谢老师。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-24 18:06

Teresa 发表于 2025-3-24 12:46
因为一开始是打算使用CCSD(T)方法，在论坛上看到说开了DLPNO之后和CCSD(T)方法就不是一个东西了。
我现 ...

不完全是一个东西，但差别很小，一般在1~2 kcal/mol以内

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-25 16:38

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:39
才发现你没开DLPNO。开DLPNO的情况下是可以算得动的，但是还是那句话，用F12搭配cc-pVTZ-F12更好，计算量 ...

老师我在了解F12时，在ORCA手册上看到cc-pVTZ-F12可用元素为H–Ar，包括其辅助基集也是到Ar，但是我的体系是Ti，这样也可以使用吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-25 18:18

Teresa 发表于 2025-3-25 16:38
老师我在了解F12时，在ORCA手册上看到cc-pVTZ-F12可用元素为H–Ar，包括其辅助基集也是到Ar，但是我的体 ...

那就选用文献里支持Ti的F12基组。如果实在没有，用aug-cc-pVTZ。aug-cc-pVXZ和cc-pVXZ-F12（X=D,T,Q）差不多大，一定程度上可以通用

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-26 12:47

wzkchem5 发表于 2025-3-25 18:18
那就选用文献里支持Ti的F12基组。如果实在没有，用aug-cc-pVTZ。aug-cc-pVXZ和cc-pVXZ-F12（X=D,T,Q）差 ...

老师您好，我查看了相关文献和ORCA手册，发现所有的F12基组都只使用到Ar以及其他一些元素，不涉及过渡金属，所以我现在就采用了aug-cc-pVTZ,我的输入文件为
! CCSD(T) aug-cc-pVTZ  tightSCF noautostart miniprint
! NoTRAH
%maxcore    3000
%pal nprocs 40 end
* xyz 0 6
Ti    0.52110186 0.11889480 0.09456427
Ti    1.59841912 2.28375665 -0.83047139
Ti -0.84051084 2.31446306 0.51074888
Ti -0.59732847 1.34517173 -1.96581057
Ti -2.09809666 0.03480885 -0.01813699
Ti    1.75772708 -0.01907120 -2.19228759
Ti    1.46939454 1.66327692 1.90078577
Ti    3.12436797 0.08982412 0.07275700
Ti    1.57853288 -1.13341671 2.09721151
Ti    1.74522964 -2.12763111 -0.38498059
Ti -0.61704707 -2.09997290 0.98133588
Ti -0.85323750 0.20180149 2.31819566
Ti -0.52312971 -1.47025422 -1.76208672
Na    1.80806481 -3.01869348 -3.55336724
*
在运行后会有警告信息：
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 80 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (74.1% vs. 18.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 81 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (67.8% vs. 26.1%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 82 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (72.6% vs. 20.6%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 83 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (84.5% vs. 17.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 103 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (88.4% vs. 11.6%)
MOs in valence range (operator=0) identified as core or semicore orbitals.
Attempting to correct this by swapping MOs:
                        MOs 118 and 79
                                             done
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 80 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (74.1% vs. 18.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 81 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (67.8% vs. 26.1%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 82 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (72.6% vs. 20.6%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 83 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (84.5% vs. 17.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 103 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (88.4% vs. 11.6%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 80 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (74.1% vs. 18.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 81 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (67.8% vs. 26.1%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 82 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (72.6% vs. 20.6%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 83 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (84.5% vs. 17.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 103 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (88.4% vs. 11.6%)
MOs in valence range (operator=1) identified as core or semicore orbitals.
Attempting to correct this by swapping MOs:
                        MOs 118 and 79
                                             done
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 80 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (74.1% vs. 18.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 81 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (67.8% vs. 26.1%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 82 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (72.6% vs. 20.6%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 83 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (84.5% vs. 17.9%)
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 103 should be a Ti p semi-core orbital but seems to be delocalized with a Ti s orbital (88.4% vs. 11.6%)
请问老师这个有影响吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-26 12:51

Teresa 发表于 2025-3-26 12:47
老师您好，我查看了相关文献和ORCA手册，发现所有的F12基组都只使用到Ar以及其他一些元素，不涉及过渡金 ...

检查是否有基组线性相关问题

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-26 14:20

wzkchem5 发表于 2025-3-26 12:51
检查是否有基组线性相关问题

老师我添加了
%scf
  sthresh 1e-9
end
后，警告信息确实没了，但还是有两个信息如下：
MOs in valence range (operator=0) identified as core or semicore orbitals.
Attempting to correct this by swapping MOs:
                        MOs 118 and 77
                                             done
MOs in valence range (operator=1) identified as core or semicore orbitals.
Attempting to correct this by swapping MOs:
                        MOs 118 and 76
                                             done
请问老师这个有什么影响吗，我确实不太明白，还请老师指教。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-26 14:47

Teresa 发表于 2025-3-26 14:20
老师我添加了
%scf
sthresh 1e-9

默认的sthresh是1e-8，你应该往大了设，而不是往小了设

作者
Author: Teresa 时间: 2025-3-26 19:01

wzkchem5 发表于 2025-3-26 14:47
默认的sthresh是1e-8，你应该往大了设，而不是往小了设

我看手册上是说正常范围是1e-5到1e-8，调到1e-5也会有这两条消息

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-27 08:45

Teresa 发表于 2025-3-26 19:01
我看手册上是说正常范围是1e-5到1e-8，调到1e-5也会有这两条消息

那你检查了相应的轨道的形状了吗，是否符合化学常识？

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