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标题: gromacs在加热过程中报错显示总势能太高 [打印本页]
作者Author: 王肖索 时间: 2025-3-24 15:29
标题: gromacs在加热过程中报错显示总势能太高
本帖最后由 王肖索 于 2025-3-24 16:43 编辑
各位老师我的体系在进行gromacs中跑500ns时因为在210ns体系分离，所以我以中间分离前的体系（200ns)为初始体系重新进行600ns，我先在无配体的情况下可以跑600nsMD，但加了配体后（配体跑了200ns，配体单独成链，用ue调整了，还有除了自身的几条链其他都删除)以后，重新跑但是在平衡加热过程中，报错显示总势能过高，事先用的是sobtop的过程得到配体的文件，在gromacs用的是charmm,各位老师请教一下是不是这个的原因？还是配体跑了200ns,配体itp文件需要重新生成？（结构，拓扑文件修改？）
作者Author: sobereva 时间: 2025-3-25 22:59
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件根本不兼容CHARMM力场。不要在缺乏力场的基本常识的情况下胡乱混用
蛋白质力场应当用和GAFF完美兼容的AMBER（目前推荐14SB）
作者Author: 王肖索 时间: 2025-3-26 13:59
好的，谢谢sob老师的解答
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