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标题: 新手求助：真空环境下分子动力学，npt下退火出现错误问题 [打印本页]

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Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-24 16:19
标题: 新手求助：真空环境下分子动力学，npt下退火出现错误问题
各位老师好，我在进行真空环境下分子动力学模拟时，在npt情况下进行退火，跑完gmx mdrun后的log文件出现下面的错误，这种该怎么解决，新手小白希望各位大佬能给予指导，万分感谢

作者
Author: FrancisCho 时间: 2025-3-25 08:51
试试去掉h-bonds的约束？

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-25 09:09
真空用npt?

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 09:42

student0618 发表于 2025-3-25 09:09
真空用npt?

我没加溶剂这算真空吗

作者
Author: snljty2 时间: 2025-3-25 12:04

科研小白0126 发表于 2025-3-25 09:42
我没加溶剂这算真空吗

如果你想模拟的是一个明显非致密的体系，当然不能用NPT系综，控压算法会把真空区压没了的。建议上传一个gro方便大家检查。

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 15:15

snljty2 发表于 2025-3-25 12:04
如果你想模拟的是一个明显非致密的体系，当然不能用NPT系综，控压算法会把真空区压没了的。建议上传一个g ...

您好这是我的gro文件能帮我看看吗，谢谢您

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 15:15

FrancisCho 发表于 2025-3-25 08:51
试试去掉h-bonds的约束？

好的我去试试

作者
Author: snljty2 时间: 2025-3-25 15:40

科研小白0126 发表于 2025-3-25 15:15
您好这是我的gro文件能帮我看看吗，谢谢您

你是说，这个是用packmol直接把一个单分子，按照完全相同的构象，直接插了50个到盒子里？如果不是组里文章之前就这么做的，我不推荐这么干。

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 15:52

snljty2 发表于 2025-3-25 15:40
你是说，这个是用packmol直接把一个单分子，按照完全相同的构象，直接插了50个到盒子里？如果不是组里文 ...

您好我是新手，不是很熟悉，那我这种具体应该怎么操作

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-3-25 16:11

科研小白0126 发表于 2025-3-25 15:52
您好我是新手，不是很熟悉，那我这种具体应该怎么操作

其实别人已经回答你了，如果不组内之前的"文章"这样做的话，建议你不要这样做。目的是告诉你应该从类似的文章中去找被人的处理方案。以别人的模版进行你自己的创新

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 16:17

海棠依旧cdut 发表于 2025-3-25 16:11
其实别人已经回答你了，如果不组内之前的"文章"这样做的话，建议你不要这样做。目的是告诉你应该从类似的 ...

好的

作者
Author: CrysW555 时间: 2025-3-25 16:25
我觉得你可以试试用packmol的时候把盒子尺寸弄大一点，让初始结构松散一点，然后不管是NVT还是NPT，分子会自己聚集，然后你再退火，我觉得NVT会好一点。

作者
Author: snljty2 时间: 2025-3-25 17:09

科研小白0126 发表于 2025-3-25 15:52
您好我是新手，不是很熟悉，那我这种具体应该怎么操作

尽量接近你想模拟的实验条件。（以下只是举个例子，不代表就是最合理的做法）如果比如是溶液加工得到的，可以考虑加一堆溶剂分子，跑单分子的NPT得到一段轨迹，必要的时候可以用周期性退火，找一系列轨迹中势能低点处的结构，当做考虑了无序的初始结构，再依次插入一个足够大的盒子里，用溶剂填充，MD跑平衡后再用各种方式跑溶剂逐渐消失的非平衡动力学来得到一种比较符合实际情况的构象。这类分子尤其如果烷基链很长，直接摆一堆一样的上来就跑NPT，肯定和实验条件得到的形貌差距非常大的。

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 17:37

CrysW555 发表于 2025-3-25 16:25
我觉得你可以试试用packmol的时候把盒子尺寸弄大一点，让初始结构松散一点，然后不管是NVT还是NPT，分子会 ...

好的谢谢

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-3-25 17:37

snljty2 发表于 2025-3-25 17:09
尽量接近你想模拟的实验条件。（以下只是举个例子，不代表就是最合理的做法）如果比如是溶液加工得到的， ...

好的明白了谢谢您

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