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标题: 构建显式溶剂结构后如何应用到反应中 [打印本页]

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Author: Everlosted 时间: 2025-3-25 10:31
标题: 构建显式溶剂结构后如何应用到反应中
各位老师好，所研究的体系如下图所示，氢氧根攻击与季节铵基团氮原子相连的甲基碳原子，发生SN2反应，也就是右图中第一个反应
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在仅使用隐式溶剂反应的情况下，计算的反应壁垒与实验值差距较大，阅读文献后想加入两个额外的水分子使得结果更接近实验值
根据卢老师的这篇博文http://sobereva.com/406构建了氢氧根的溶剂化模型，去除了一些水分子后如下图所示
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然后想问的是(1)如何在这些水分子中选取合适的两个水分子作为显式溶剂，
（2）在选出两个距离氢氧根比较近的两个水分子后，将整体复制到季铵基团中时，在找过渡态步骤中调节氢氧根的位置时(如右图不加显式溶剂时)，另外两个水分子并没有随之移动，
氢氧根和两个水分子应该是通过氢键相连的整体，是不是中间漏了什么步骤让三者连接起来，
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谢谢各位老师

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