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标题: 有机小分子体系的平衡相是否达到平衡？ [打印本页]

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-25 14:14
标题: 有机小分子体系的平衡相是否达到平衡？
各位老师们好，有机小分子体系的平衡相怎么样才会达到平衡，下面是一些有关平衡相最终的压力，密度，总能量，温度等数据，以及我的eq.mdp文件。

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-25 14:46
你再考察一下势能吧，从总能来看模拟2ns是平衡了。

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-25 20:48

Lance先生发表于 2025-3-25 14:46
你再考察一下势能吧，从总能来看模拟2ns是平衡了。

势能也平衡了

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-25 22:35

science_6 发表于 2025-3-25 20:48
势能也平衡了

那就是平衡了，就可以做MD的产出项模拟了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-25 22:43
认真看了就明白了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-26 09:15

Lance先生发表于 2025-3-25 22:35
那就是平衡了，就可以做MD的产出项模拟了。

谢谢你，但是我还是不太明白它这个后面的Tot-Drift是什么意思？有的显示很大，有的很小，需要根据Tot-Drift做对比吗？还是说只需要看曲线是否平衡？

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-26 13:54

science_6 发表于 2025-3-26 09:15
谢谢你，但是我还是不太明白它这个后面的Tot-Drift是什么意思？有的显示很大，有的很小，需要根据Tot-Dri ...

Tot-Drift就是终态和初态的某个量的差值或者偏移值。一般是只看曲线的后半段，我感觉看Tot-Drift是有误导性的。

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-26 14:42

Lance先生发表于 2025-3-26 13:54
Tot-Drift就是终态和初态的某个量的差值或者偏移值。一般是只看曲线的后半段，我感觉看Tot-Drift是有误导 ...

谢谢你了，还有就是我想问一下在能量最小化过程中需要进行氢键约束吗？还有就是一般情况下使用C-rescale压浴时控压时间常数一般设置为多少ps呀？

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-26 15:58

science_6 发表于 2025-3-26 14:42
谢谢你了，还有就是我想问一下在能量最小化过程中需要进行氢键约束吗？还有就是一般情况下使用C-rescale ...

1.能量最小化好像是不对氢键进行约束。
2.你是说平衡相需要模拟多久吗？

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-26 16:17

Lance先生发表于 2025-3-26 15:58
1.能量最小化好像是不对氢键进行约束。
2.你是说平衡相需要模拟多久吗？

1.我知道啦
2.我想问的是产生相如果用C-rescale压浴的话，那么它的压浴时间常数应该设置成多少呀？
还有就是我想问一下平衡相一般模拟多长时间就可以了呀？

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-26 17:16

science_6 发表于 2025-3-26 16:17
1.我知道啦
2.我想问的是产生相如果用C-rescale压浴的话，那么它的压浴时间常数应该设置成多少呀？
还 ...

压浴时间常数我用的是2.0，这个参数好像一般不用改吧，用默认就行。
平衡模拟时间用多久这个没法回答，具体还得看你做什么模拟。一般就是提取几个物理量，看与时间的变化，一般这几个物理量的上下起伏不大就说明平衡了，模拟时间你自己斟酌吧。

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-26 17:40

Lance先生发表于 2025-3-26 17:16
压浴时间常数我用的是2.0，这个参数好像一般不用改吧，用默认就行。
平衡模拟时间用多久这个没法回答， ...

那这个参数用1.0可以吗？

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-26 19:42

science_6 发表于 2025-3-26 17:40
那这个参数用1.0可以吗？

那你就换成1.0测试一下呗，我的哥，这种参数按照默认的就行。

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-26 20:25

Lance先生发表于 2025-3-26 19:42
那你就换成1.0测试一下呗，我的哥，这种参数按照默认的就行。

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