计算化学公社

标题: 求助两个有机小分子之间查看相互作用需要用什么方法 [打印本页]

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Ruzhuang    时间: 2025-3-25 20:29
标题: 求助两个有机小分子之间查看相互作用需要用什么方法
尊敬的sob老师,各位大佬,我想请教一下两个有机小分子A和B,比例是5比2,在水溶剂中实验现象能观测到B能拽住A,这种需要用什么方法模拟一下它们之间的相互作用呢,应该没有发生化学变化(不知道分类到哪个板块,还请各位老师批评指正)

作者
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Stardust0831    时间: 2025-3-25 21:25
两个思路,
第一个思路是用量子化学软件(如ORCA)计算分子间的结合能,见《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》(http://sobereva.com/542
然后用Multiwfn分析相互作用的区域和作用类型,见:Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
但是该思路研究的尺度有限,通常也只会用隐式溶剂模型来表现水的溶剂环境,体现不出“在水溶剂中实验现象能观测到B能拽住A”
第二个思路:
用GMX跑分子动力学模拟,然后分析RDF和分子间相互作用能。该方法可以计算明显更大的尺度,溶剂效应也能更好的体现,但是计算精度和可靠性严重依赖于力场的参数。通常可以借助sobtop生成拓扑文件。
作者
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gyp    时间: 2025-3-25 21:28
好奇B能拖拽住A是怎么观测到的
作者
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sobereva    时间: 2025-3-25 22:21
量子化学、Multiwfn做波函数分析、分子动力学,三种研究角度是充分互补的。量子化学能得到高精度的能量和静态结构信息,波函数分析能直观展现相互作用以及剖析相互作用的内在本质,分子动力学可以从微观的动态角度研究问题并能严格体现出溶剂、温度、分子比例等效应。同时运用能把问题研究得最透彻,也容易让研究有深度、上档次。




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