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标题: 请问隐式溶剂化模型时配合物建模时是否需要加水分子 [打印本页]

作者
Author: 呼吸之野 时间: 2025-3-26 11:57
标题: 请问隐式溶剂化模型时配合物建模时是否需要加水分子
各位老师好，我现在在算一个配合物的结构，有一些问题。配合物的完整结构应该如C所示(6配位，只画出了配位部分)，为了便于计算我计划先试用2配位计算一下结构（图A,B）。
请问各位老师，这种方式能否代表完整的配位结构？例如，通过热力学计算配位是在靠近-CH3还是在远离-CH3一侧的羟基（图A）。
以及我在计算过程中使用pcm算opt+freq和smd模型算单点，使用了隐式溶剂化模型，那我应该使用A还是B进行计算呢？
谢谢各位老师！

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-3-26 12:18
如果是在水溶液中，那显然应该按B进行计算。A没有意义。如果体系中酚大大过量，那应该按照C直接计算。

作者
Author: 呼吸之野 时间: 2025-3-26 12:39

tonganlhy 发表于 2025-3-26 12:18
如果是在水溶液中，那显然应该按B进行计算。A没有意义。如果体系中酚大大过量，那应该按照C直接计算。

谢谢老师，那如果刚好是1金属3多酚（6配位），A能否代表C的性质呢（为了简化计算）

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-3-26 12:49

呼吸之野发表于 2025-3-26 12:39
谢谢老师，那如果刚好是1金属3多酚（6配位），A能否代表C的性质呢（为了简化计算）

如果不是弱台机或者笔记本的话建议直接用C算，免得到时候审稿人问起来你还要再算一遍。

作者
Author: snljty2 时间: 2025-3-26 13:35

呼吸之野发表于 2025-3-26 12:39
谢谢老师，那如果刚好是1金属3多酚（6配位），A能否代表C的性质呢（为了简化计算）

不能，第一配位层必须饱和。

作者
Author: 呼吸之野 时间: 2025-3-26 14:15

tonganlhy 发表于 2025-3-26 12:49
如果不是弱台机或者笔记本的话建议直接用C算，免得到时候审稿人问起来你还要再算一遍。

好的，谢谢老师

作者
Author: 呼吸之野 时间: 2025-3-26 14:15

snljty2 发表于 2025-3-26 13:35
不能，第一配位层必须饱和。

好的，谢谢老师

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