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标题: 求助：Gromacs高温模拟中定量对比胶束稳定性的方法 [打印本页]

作者
Author: 含光君 时间: 2025-3-26 14:55
标题: 求助：Gromacs高温模拟中定量对比胶束稳定性的方法
大家好，

我想通过Gromacs高温模拟定量研究不同组成的多种胶束在溶液中的稳定性。目前想到分析方法有这些可能，不知道是否合理，请大家指正：

1. 观察模拟轨迹，胶束在指定温度和模拟时间内是否破裂。（这样只能定性）

2. 用一个较高温度模拟，使胶束破裂。从轨迹中观察轨迹中胶束多久破裂，不过使结果具有区分度有点难。

对于这一点，不知道能否通过高温下的破裂时间估算破裂能垒，然后根据速率常数反推室温下的破裂速率与所需时间（参考社长博文《谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生》http://sobereva.com/506）

3. 用不是特别高的温度模拟防止胶束破裂，研究其亲水/亲油基团SASA变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-27 21:23
可以
还可以考察在外力扰动下的动力学行为

作者
Author: 含光君 时间: 2025-3-28 11:28

sobereva 发表于 2025-3-27 21:23
可以
还可以考察在外力扰动下的动力学行为

谢谢sob老师！我想请问一下外力扰动在gromacs里大概是怎么实现呢？是不是指用pull code对胶束进行拉伸/压缩/剪切来观察使其破裂需要消耗的做功呀

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-3-28 11:34
你好，请问你的胶束是表面活性剂组装成的吗，用的是什么力场了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-28 12:01

含光君发表于 2025-3-28 11:28
谢谢sob老师！我想请问一下外力扰动在gromacs里大概是怎么实现呢？是不是指用pull code对胶束进行拉伸/压 ...

可以pull直接作用于胶束，也可以靠pull驱动外部纳米颗粒撞击胶束
也可以deform盒子做快速的剪切
也可以用周期扰动法算粘度那样的cos-acceleration
等等

作者
Author: 含光君 时间: 2025-3-28 12:35

sobereva 发表于 2025-3-28 12:01
可以pull直接作用于胶束，也可以靠pull驱动外部纳米颗粒撞击胶束
也可以deform盒子做快速的剪切
也可以 ...

奥奥明白啦，谢谢sob老师的建议~

作者
Author: 含光君 时间: 2025-3-28 13:02

古与春分发表于 2025-3-28 11:34
你好，请问你的胶束是表面活性剂组装成的吗，用的是什么力场了

是的，用的OPLS-AA-2005

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-3-28 15:01

含光君发表于 2025-3-28 13:02
是的，用的OPLS-AA-2005

胶束是球形还是蠕虫状胶束了。我最近也在模拟表面活性剂自组转成蠕虫状胶束，但是一直都跑不出，跑出来都是球形的

作者
Author: 含光君 时间: 2025-3-28 15:44
本帖最后由含光君于 2025-3-28 15:46 编辑

古与春分发表于 2025-3-28 15:01
胶束是球形还是蠕虫状胶束了。我最近也在模拟表面活性剂自组转成蠕虫状胶束，但是一直都跑不出，跑出来都 ...

蠕虫状胶束需要聚集数比较大才会出现，我这里用SDS建模的话若Nagg<150基本都是球形。

自组装的话，若体系中表活浓度不高，先出现小的球形胶束是完全合理的，如果你一定要模拟蠕虫状胶束，建议直接自己建一个大胶束然后跑平衡

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-3-28 16:00

含光君发表于 2025-3-28 15:44
蠕虫状胶束需要聚集数比较大才会出现，我这里用SDS建模的话若Nagg

好的好的，我当前表活剂数量68个，我试试建大一点

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