计算化学公社

标题: cp2k+plumed在续跑的时候出现了问题 [打印本页]

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-26 15:13
标题: cp2k+plumed在续跑的时候出现了问题
在用plumed续跑的时候在最上面加上一行RESTART后，修改了之前的HEIGHT从1.2到2.4，再次执行plumed sum_hills -hills HILLS 的时候报错[login04:110419:0:110419] Caught signal 11 (Segmentation fault: address not mapped to object at address 0x8)
==== backtrace (tid: 110419) ====
0 0x00000000004c9994 std::vector<std::string, std::allocator<std::string> >::size()  ???:0
1 0x0000000000664dbf PLMD::cltools::CLToolSumHills::main()  ???:0
2 0x000000000071fd36 PLMD::CLToolMain::run()  ???:0
3 0x000000000071e75f PLMD::CLToolMain::cmd()  ???:0
4 0x00000000007623fd PLMD::PlumedMain::cmd()  ???:0
5 0x00000000007778a1 plumed_plumedmain_cmd_safe_nothrow()  PlumedMainInitializer.cpp:0
6 0x000000000040d5d8 plumed_cmd_safe_nothrow()  ???:0
7 0x0000000000407ea6 PLMD::Plumed::cmd_priv()  ???:0
8 0x000000000040a3cb PLMD::Plumed::plumed_cmd_cxx<int>()  ???:0
9 0x0000000000409769 PLMD::Plumed::cmd<int*>()  ???:0
10 0x0000000000406cc6 main()  ???:0
11 0x0000000000022445 __libc_start_main()  ???:0
12 0x00000000004067d9 _start()  ???:0
=================================
[login04:110419] *** Process received signal ***
[login04:110419] Signal: Segmentation fault (11)
[login04:110419] Signal code:  (-6)
[login04:110419] Failing at address: 0xa430001af53
想问下有什么好办法能得到fes.dat.cp2k+plumed的任务还可以接着跑。
如果执行plumed sum_hills  --hills HILLS --idw d1_z --kt 2.49  则会报错variable d1_z is not found in the bunch of cvs: revise your --idw option，虽然文件里面实际上有d1_z

作者
Author: 丁越 时间: 2025-3-27 09:16
在PLUMED的输入文件开头加上RESTART，然后把cp2k的xxx-1.restart复制为新的inp文件继续提交任务。根本不需要你修改什么HILLS文件。

plumed sum_hills读取hills失败大概率是你的输出的HILLS不完整，比如最后一行本来有8列，结果你的文件只有6列数据。

另外别贴这些无意义的报错信息，最好把输入输出文件贴出来才人让别人知道哪里出问题了。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-27 09:28

丁越发表于 2025-3-27 09:16
在PLUMED的输入文件开头加上RESTART，然后把cp2k的xxx-1.restart复制为新的inp文件继续提交任务。根本不需 ...

好的，谢谢了。

作者
Author: JCenter 时间: 2025-8-7 13:45

丁越发表于 2025-3-27 09:16
在PLUMED的输入文件开头加上RESTART，然后把cp2k的xxx-1.restart复制为新的inp文件继续提交任务。根本不需 ...

丁老师，我有个疑问：就是在使用cp2k结合plumed跑的时候，pilumed的输出文件COLVAR和HILLS并不是实时更新的，而是根据FLUSH来的。如果中断计算，进行RESTART续算时，之前那些还没有输出到COLVAR和HILLS文件的数据是怎么处理的呢。比如说我已经跑了10000fs，cp2k的ener输出文件已经输出了，但是colvar仅仅输出至9980fs,而HILLS仅仅输出至9000fs。这些已经计算完的CV值和已经添加的偏执势有些还没有输出到文件，但是这时候中断了，也能续跑吗。看了好久手册，也没解决这个问题。

作者
Author: 丁越 时间: 2025-8-10 10:27

JCenter 发表于 2025-8-7 13:45
丁老师，我有个疑问：就是在使用cp2k结合plumed跑的时候，pilumed的输出文件COLVAR和HILLS并不是实时更新 ...

最后PLUMED是通过读取HILLS里面的数据来计算自由能，所以这个并不影响你的自由能计算。如果你在意输出文件中数据不连续的话你就通过定义FLUSH关键词来改变写入到文件的频率，比如FLUSH STRIDE=100，即每100步写入到输出文件一次。

作者
Author: JCenter 时间: 2025-8-12 22:16

丁越发表于 2025-8-10 10:27
最后PLUMED是通过读取HILLS里面的数据来计算自由能，所以这个并不影响你的自由能计算。如果你在意输出文 ...

懂啦，非常感谢

作者
Author: JCenter 时间: 2025-8-23 15:16

丁越发表于 2025-8-10 10:27
最后PLUMED是通过读取HILLS里面的数据来计算自由能，所以这个并不影响你的自由能计算。如果你在意输出文 ...

丁老师，在使用well-tempered metadynamics的时候，我有一个没理解的地方。一般这种方法需要指定偏置因子，一般都是用两个盆地间的能垒除以RT得到，合适的偏置因子值可以帮助CV跨过能垒，并且使自由能平滑收敛。实际上，如果有些过程，我们都不知道大概的能垒。如果设定的偏置因子值不足以跨过能垒，即使跑100ps以上应该也不会跨过能垒，达到另一个盆地吧。这种应该怎么考虑呢，我之前想过一个策略（不同程度的偏置因子，10 30 60等，每个都跑100ps左右看看，体系是否可以全部遍整个CV空间，但这种也太低效了。有没有更好的策略呢，还是说，设定一个大概随便的值，让体系一直跑，就是添加的偏置势后期会很低，这样的情况也是效率很低。不知道该怎么考虑了。

作者
Author: 丁越 时间: 2025-8-26 13:42

JCenter 发表于 2025-8-23 15:16
丁老师，在使用well-tempered metadynamics的时候，我有一个没理解的地方。一般这种方法需要指定偏置因子 ...

这种情况只能查阅相关的文献看看大概的势垒有多大，或者是自己预估一个比较大一点的势垒然后直接做模拟就行。一个一个试参数显然是不现实的，跑AIMD不是一般的费劲。

作者
Author: JCenter 时间: 2025-8-26 21:03

丁越发表于 2025-8-26 13:42
这种情况只能查阅相关的文献看看大概的势垒有多大，或者是自己预估一个比较大一点的势垒然后直接做模拟就 ...

懂了。看到您说的，我有了一个新的策略。设置足够大的偏置因子，当从CV看到翻过过渡态能垒，来回至少一次吧。看其能垒大概是多少，然后，根据能垒，重设更小的偏置因子，进行restart，使自由能面填的平滑一些。感觉这应该是使用metadynamics时最好的策略了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)