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标题: lammps运行中丢原子初始输入简易检查 [打印本页]

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TerminSong    时间: 2025-3-26 18:31
标题: lammps运行中丢原子初始输入简易检查
本帖最后由 TerminSong 于 2025-3-26 18:33 编辑

是了,我又来用没啥技术难度的东西和大佬们混脸熟了
做这个东西的起因是,这几天闲来无事偷窥论坛,居然短短几天就发现了几次因为lammps输入文件中包含了重叠原子导致原子丢失的情况,
考虑到肉眼读几万行原子数据或者瞪眼法看ovito显示确实不是很方便,故摸鱼花2小时开发此小工具方便各位软件开发能力稍有不足的新手使用。
重要:因为我偷懒快速完工,该程序暂未考虑周期边界条件
用法:
可执行文件 [lammps data文件] <邻居截断距离>
其中邻居截断距离为可选参数,如果不输入,则程序会阻塞要求你输入这个数值,该数值仅用于生成空间网格以加速邻居搜索,所以输入可以稍大一点但是不能过小,
对于windows执行,只需要将lammps data文件拖放到图标上之后执行。
注意是data文件!不是dump!
程序执行完成后会输出一个后缀_out.csv的表格文件,该表格文件中包含的信息是该id的原子与最近邻的另一个原子的距离,通过排序就可以相对简便地排查出问题原子了。

目前支持atomic full charge三种文件的检查,想要支持其他文件只需要自行修改lmpmap文件然后重新编译即可,问就是现在6点半了我要去吃麻辣烫了


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