计算化学公社

标题: amber与gaussian结合用QM/MM MD方法是否可以计算离子液体催化CO2反应机理？ [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-8 16:46
标题: amber与gaussian结合用QM/MM MD方法是否可以计算离子液体催化CO2反应机理？
ambertools与gaussian结合用QM/MM MD方法是否可以计算离子液体催化CO2反应机理？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-8 16:52
可能能行，先搜文献，若有QM/MM MD做这个的先例可以一试

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-8 17:14

sobereva 发表于 2017-3-8 16:52
可能能行，先搜文献，若有QM/MM MD做这个的先例可以一试

没有搜到这种文献。那是否可以接着往下试呢？谢谢！

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-3-8 20:27

15whyhq 发表于 2017-3-8 17:14
没有搜到这种文献。那是否可以接着往下试呢？谢谢！

这个不好说，要么是个机会，要么是个大坑

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-8 21:27
标题: ambertools与gaussian结合跑QM/MM MD
ambertools与gaussian结合跑QM/MM MD 是不是得装PUPIL package (Program for User Package Interfacing and Linking)呀？

作者
Author: smutao 时间: 2017-3-9 00:04
try cp2k...

作者
Author: agent99 时间: 2017-3-9 01:16
不需要啊，sander可以直接外接gaussian跑QM/MM，就是有点慢

作者
Author: bluewhale 时间: 2017-3-9 08:19
你可试一下chemshell:
http://www.scd.stfc.ac.uk/research/app/ccg/40495.aspx

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-9 11:04

15whyhq 发表于 2017-3-8 21:27
ambertools与gaussian结合跑QM/MM MD 是不是得装PUPIL package (Program for User Package Interfacing an ...

既然都有教程了，一看不就知道是否需要PUPIL了，显然不需要，教程里根本都只字未提

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-10 10:32
http://sf.anu.edu.au/collaborati ... gaussian/index.html
这个例子的第一步， Start tleap:
是怎么操作的，在哪打开tleap？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-10 11:10

15whyhq 发表于 2017-3-10 10:32
http://sf.anu.edu.au/collaborations/amber_on_fujitsu/amber-12/tutorial/amber-gaussian/index.html
这 ...

研究问题踏实耐心
你amber基础使用还不会怎么用它做QMMM，显然先得把官网上的教程里的基础部分好好学一遍，基础的没学过自然不知道什么叫leap、怎么使用，QMMM教程里的东西你也搞不懂

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-10 11:37

sobereva 发表于 2017-3-10 11:10
研究问题踏实耐心
你amber基础使用还不会怎么用它做QMMM，显然先得把官网上的教程里的基础部分好好学一 ...

哦好的谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-29 21:22

smutao 发表于 2017-3-9 00:04
try cp2k...

cp2k确定可以跑QM/MM MD？是可以单独跑吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-30 01:06

15whyhq 发表于 2017-3-29 21:22
cp2k确定可以跑QM/MM MD？是可以单独跑吗？

可以

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-30 09:18
我想问下用哪个软件跑QM/MM MD最好呢？谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-30 11:04
cp2k需要自己写什么代码吗？谢谢！

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