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标题: Gaussian中离子反应吉布斯自由能计算求助 [打印本页]

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-3-27 16:38
标题: Gaussian中离子反应吉布斯自由能计算求助
请问，老师。如 (, 下载次数 Times of downloads: 14) 这种在溶液（smd，乙醚）中的离子反应。

1、用Gaussian对其反应物和产物进行频率计算和结构优化时，是按第一个方程式这样不把物质建模成离子形式直接计算，还是按第二个方程式这样把他建模成离子形式再进行计算？

2、无论是对这个CF3O进行结构优化+频率计算，还是单纯对他进行频率计算都会导致C-O键变为双键，导致生成物不是想要的结构，这个有办法解决吗 (, 下载次数 Times of downloads: 16)

3、我看文献中有有计算结果，我想重复一下，然后算类似的 (, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-3-27 17:04
1. 这个反应简单，可以考虑都算一下。一般来说有离子在的话离子化能可能不容易算准，加上抗衡离子可能会好一点。
2. 有双键不代表不是想要的结构。这个结构里CO的静电作用力很强，会导致CO键长比较短。到底是不是双键要计算键级，而不是看gview是不是产生了双键。

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-3-27 17:16

tonganlhy 发表于 2025-3-27 17:04
1. 这个反应简单，可以考虑都算一下。一般来说有离子在的话离子化能可能不容易算准，加上抗衡离子可能会好 ...

好的感谢❀❀❀ 我试试

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-3-27 17:17
不好意思，第一个图右上角少画了个F

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Author: sobereva 时间: 2025-3-27 20:30
当1还是2来算，关键看KF在当前的环境中是处于结合还是解离状态，前者用KF作为模型，即K+和F-同时存在于计算模型中，而后者只需要在模型中出现和反应直接有关的离子。乙醚这种情况KF是结合在一起的。

认真把下文键级部分看了
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-3-27 20:52

sobereva 发表于 2025-3-27 20:30
当1还是2来算，关键看KF在当前的环境中是处于结合还是解离状态，前者用KF作为模型，即K+和F-同时存在于计算 ...

谢谢sobereva老师的解答。我去学习下链接。

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-4-4 01:06

tonganlhy 发表于 2025-3-27 17:04
1. 这个反应简单，可以考虑都算一下。一般来说有离子在的话离子化能可能不容易算准，加上抗衡离子可能会好 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 17)
请问老师，左边是gif文件右边是进行结构优化和频率计算之后的out文件，他优化后的成键看起来太不合理了，C-F键有的消失了，F与K原子还连起来了。
1、拿这种out文件计算的热力学数据比如焓变自由能变是错误的吗，这种out文件中热力学数据都是错的吗？
2、那结构优化与频率计算后得出的out文件，到底他（out文件）长什么样才能认为是正确的或者才能认为以他来算的热力学数据是正确的（必须成键还长左图那样吗）。
3、gview成键规则是根据两原子之间距离不超过某个值自动显示成键吗？

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-4-4 15:53

计算化学新手发表于 2025-4-4 01:06
请问老师，左边是gif文件右边是进行结构优化和频率计算之后的out文件，他优化后的成键看起来太不合理 ...

你这个要考虑显式溶剂模型了，即在周围加上几个溶剂分子。再加上隐式溶剂模型。不然恐怕得不到正确结构。GV有一套经验的自己判断成键的方法，不一定是可靠的。

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-4-4 16:40

tonganlhy 发表于 2025-4-4 15:53
你这个要考虑显式溶剂模型了，即在周围加上几个溶剂分子。再加上隐式溶剂模型。不然恐怕得不到正确结构。 ...

好的，谢谢老师🌹 加上溶剂分子跑上了

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