计算化学公社

标题: 欢迎参加第16届北京科音分子动力学与GROMACS培训班，系统学习动力学模拟 (5月3-6日) [打印本页]
作者
Author: sobereva    时间: 2025-3-27 22:16
标题: 欢迎参加第16届北京科音分子动力学与GROMACS培训班，系统学习动力学模拟 (5月3-6日)
2025年4月3日更新：本次培训已于http://www.keinsci.com/workshop/16KGMX页面正式开始，以下为培训开始前的预告信息。


北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）将于2025年5月3-6日于北京举办“第16届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”。本文为报名预告，培训正式报名将于2025年4月3日中午12:00在北京科音官网的http://www.keinsci.com/workshop/16KGMX页面正式开始，欢迎参加并相互转告！希望一次性完整、系统性学习分子力学模拟与GROMACS程序者切勿错过这个难得的机会！

与培训有关的信息，如报名流程、发票、住宿、讲义、有没有线上培训、邀请函等问题，请见《北京科音办的培训班FAQ》（http://www.keinsci.com/FAQ.html）。如果仔细看了FAQ对于培训仍有不清楚的问题，请发电子邮件到北京科音官方邮箱keinsci[at]sina.com咨询。本培训更多细节信息可参考上一届（第15届）的培训的正式通知：http://www.keinsci.com/workshop/15KGMX。


培训简介

分子动力学模拟如今在化学领域有着极其广泛的应用，相关研究文章和研究者数目迅猛增长。GROMACS（http://www.gromacs.org）是目前流行程度最高、速度几乎最快、适用性非常广而且开源免费的十分强大的分子动力学程序，不同动力学程序流行度对比见《2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果》（http://sobereva.com/706）。北京科音分子动力学与GROMACS培训班是真正一次性完整、系统学习分子动力学模拟和GROMACS程序使用的极佳机会！本培训将会用简单易懂的语言和非常丰富的实例，尽最大可能以最好、最快、最正确的方式带领参加者顺利踏入分子动力学模拟的大门，在了解分子动力学基础知识的同时能够通过GROMACS程序顺利、合理地完成各种常见体系的分子动力学模拟任务，并学会如何对结果进行分析处理来获得对研究工作有用的数据。本培训既适合初学者从零起步迅速上手分子动力学模拟，也非常适合已经具备一定研究经验者提升整体模拟水平。本培训涉及的内容相当广泛、极其系统，对分子模拟技术和GROMACS程序的各方面都有很全面的讲解。只要把这个培训班的内容完全掌握，稍加举一反三，对各种类型的体系就都能理想、顺利地进行模拟，哪怕是培训中没有举例的模拟体系。

本培训对于分子动力学和GROMACS初学者是绝对不容错过的。分子动力学模拟研究涉及的知识相当广泛和琐碎，GROMACS也完全不是黑箱式的程序，涉及的操作、命令、细节极多，新人光是自己啃讲授基本理论的书籍和照着网上缺乏系统性的零七八碎的（很多还是严重误人子弟的）资料鼓捣，极难正确摸索出门道，距离能算出有意义的数据并发表文章遥遥无期，还总是会由于犯低级错误导致白白浪费巨量时间和计算资源、投文章后被审稿人告知模拟方法存在严重不合理性而被拒或者需要重算！而本培训则可以为初学者上手分子动力学计算扫清各种可能涉及到的障碍，彻底理清头绪，一次性搞懂如何正确地建模、计算和恰当地分析结果，最最起码能节约他们半年自己跌跌撞撞摸索的时间。本培训内容详实程度就像宝典，即便在初学者已经入门后，时常反复复习加深印象，水平还可以再进一步提升。即便是由于特殊原因需要使用AMBER、NAMD、LAMMPS等其它动力学程序的初学者，本培训对他们也十分有好处，因为用不同动力学程序做模拟所需要的背景知识极大程度上都是共通的，一旦通过参加本培训玩转了GROMACS和VMD并同时具备了足够的分子模拟的理论知识，自己看相关手册和教程上手其它动力学模拟程序也就没有什么难度了。

本培训的内容深度绝非仅限于初级的水平，而是入门+提高。本培训涉及的模拟体系和问题广泛，对模拟技术和GROMACS程序各方面有特别系统、全面和深入的讲解，并穿插介绍大量经验技巧，因此也非常适合已具备一定分子动力学知识和GROMACS使用经验的研究者进一步提升水平、查缺补漏。往届培训中有不少使用GROMACS经验超过十年的很有经验的分子动力学研究者都表示参加之后学到了很多东西，评价道：“我干MD干了11年都觉得这次培训收获颇丰，把之前学习到的知识查缺补漏，而且学习到了很多网上找不到的方法”。值得一提的是，一些研究者自以为自己已经会做分子动力学了，但他们往往实际上只是懂一些皮毛程度的基础操作而已、能凑合把动力学跑起来，实则知识架构凌乱、知识面狭窄，大量非常重要的技术、技巧、方法、经验都没有具备，而且对一些问题还有错误的认识、偏见和误解，自己却长期浑然不知。参加本培训真正好好完整、正确地学一遍，对于这样程度的学员极有好处，明显有助于他们更好、更快地做出优秀的成果！

历届北京科音分子动力学与GROMACS培训班由于极高的含金量、精心的安排、讲授者认真的态度以及良心的价格，获得了参加者们的高度好评，非常欢迎浏览历届本系列培训的回顾和学员参加后的感想：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=43&filter=typeid&typeid=248。本届培训班将一如既往保持北京科音培训的高水准，继续对质量有最苛刻的要求！

本届内容在往届基础上又进行了更新、完善和增补，包括但不限于：

附：GROMACS是什么？适合模拟什么？
GROMACS（http://www.gromacs.org）是最流行的分子动力学模拟程序，用户数目甚至比起其它所有动力学程序总和还要多！GROMACS之所以如此流行，在于它有诸多关键性优点：速度极快（是所有主流动力学程序里基本上最快的）、开源免费、功能全面、十分灵活、用户群庞大（因此有问题很容易得到同行帮助、有同行开发的大量第三方辅助工具可用）。GROMACS是通用目的，对一个体系只要提供了合适的力场（可以是GROMACS自带的、文献中获取的、Sobtop等第三方工具产生的），GROMACS就能模拟，能研究的体系包括但绝不仅限于：气相分子、小分子溶液、离子液体、熔盐、纳米体系、固-液界面、气-液界面、分子晶体、无机矿物、金属、聚合物、蛋白质、核酸、糖类、生物膜。值得一提的是，在网上会看到有某些人声称“GROMACS主要适合的是模拟生物体系”，这完全是以讹传讹，他们对GROMACS就连皮毛程度的认识都没有。GROMACS非常擅长模拟生物分子体系，而生物分子体系绝对不是强大、普适的GROMACS只擅长的。在Google学术搜索上稍微花点时间就会了解到GROMACS研究的体系和问题真是极其广泛。由于GROMACS的前述诸多优点，凡是GROMACS能计算的问题，GROMACS都是绝对优先推荐使用的程序，也因此GROMACS是学习分子动力学模拟最最应当优先掌握的程序。也应当知道GROMACS有一个明显局限性是不支持模拟动力学过程中共价键形成和断裂的情况，如果要模拟凝聚相体系动力学中涉及化学键改变的问题，可以使用CP2K程序做第一性原理动力学实现。GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多，例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式，需要用EAM等多体势才行，这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班（http://www.keinsci.com/KFP），里面有充分的相关讲解，但在参加CP2K培训之前仍强烈建议先参加一次分子动力学与GROMACS培训班系统性学习一遍动力学模拟的各方面背景知识和相关辅助分析程序的使用，这些关键内容在CP2K培训里不再重复讲授。


培训内容

本培训的讲授提纲如下。由于内容过于丰富，介绍文字特别多（超过7000字），因此每一节的具体内容不在这里贴出，请见培训内容的详细介绍页面：http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html#content。


我们精心制作的极高含金量的培训用的幻灯片多达近1700页，提供的相关文件多达约2000个。由于课程内容过于丰富，现场的4天无法全部讲完，因此还另提供约10个小时的补充视频讲课上来不及讲的主题，所以本培训可以视为是4+1.2天的课程。


本培训有专用的QQ群，培训结束后一周内如果对培训所讲的内容有任何疑问、没完全搞懂的地方都可以在群里提问。讲授者卢老师对计算化学有长期、深入、广泛的研究，本培训的参加者不仅可以学习到本培训讲授的主题中的内容，只要是和计算化学有关的问题，都可以在培训群里向知识面广阔的卢老师请教，卢老师会在力所能及的范围内尽力回答，并根据其丰富的科研经验、论文发表经验和审稿经验，给出非常专业的指导意见。即便在专用群解散后，卢老师依然会永久地、无偿地在总计超过一万人的规模巨大、十分活跃的计算化学QQ群“思想家公社”（介绍和加入方式见http://sobereva.com/QQrule.html）以及北京科音创办的特别专业、人气极高的综合性计算化学论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）中对学员学习和科研过程中遇到的问题进行解答。
学员的重要专属福利：参加本培训的学员，在思想家公社QQ群里经管理员核验报名信息后，可以成为永久VIP成员，卢老师（即群主Sobereva）在回复VIP成员的提问时会远比回复普通群成员的优先级高得多、具体得多！详见公社QQ群VIP制度（http://sobereva.com/QQVIP.html）。参加过本培训后学员相当于进入了专业的量子化学研究者的圈子，不怕找不到方向了！


讲授者介绍
卢天

卢天任北京科音自然科学研究中心主任，是规模巨大的超过一万人的非常知名的计算化学综合交流QQ群“思想家公社”（http://sobereva.com/QQrule.html）的群主、人气超高且专业性极强的综合性计算化学交流论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）的创立者和维护者，有超过18年GROMACS使用经验，以网名Sobereva从2008年开始长年累月在互联网上不留余力地义务解答海量计算化学问题，包括巨量的分子动力学与GROMACS相关问题，还开发了如今颇为流行的灵活强大的GROMACS拓扑文件创建工具Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）。卢天在分子动力学模拟方面有丰富的经验和深入的研究，发表论文上百篇，被引用超过50000次，连续入选Elsevier中国高被引学者名单、全球学者库网站公布的全球排名前10000的中国学者名单，担任过Nature Chemistry/Communication、Angew. Chem.、ACS Catal.、Carbon等90种国际性期刊的审稿人。卢天从2015年至今讲授过60多期北京科音举办的各类计算化学培训，场场爆满，累计学员逾万人，深受历届学员的好评，对提升我国年轻一代计算化学工作者的整体水平起到了积极的贡献。个人详细介绍见http://www.keinsci.com/members/Tian_Lu.shtml。


培训费用

本培训现场授课共四天，共计4*8=32小时。由于内容实在太丰富，在课堂上有限的时间内无法全部讲完，故另提供10个小时的额外补充视频。费用如下：
学生自费价：1650元
教师（含博士后）以及企业人员自费价：1950元
学生公费价：2450元
教师（含博士后）公费价：2700元
企业人员公费价：3000元

费用包含全四天的听课费和资料费，学员需要自理食宿和交通费用。费用仅支持银行汇款和支付宝方式支付，不支持现金和刷卡支付。对有需要者我们可以提供盖有公章的《会议费用不支持公务卡支付》的证明以便部分学员报销。

报名前请确认自己届时可以参加，如果报名并完成付款后才告知我们无法现场参加培训，则只可退回报名费的2/3，或者联系我们转为下述不到现场参加的情况。

关于不到现场参加的情况：如果因故不便到现场参加，可以照常报名并付款（和到现场听课的费用相同），然后由我们快递寄送印有全部培训所用幻灯片的极高含金量的讲义，通过提供的链接下载课上用到的所有电子资料，在培训完全结束后还可以在培训班专用网盘里下载现场的全程培训录音。由此通过讲义+录音+电子资料的方式自学也可以达到不错的学习效果。如果有任何搞不懂的都可以在培训群里问，会及时得到详细的解答。此类学员请在发送报名邮件的时候需注明是不到现场的，我们没有名额限制（注意这不叫线上培训，请勿向我们发邮件问是否有线上培训，本培训绝对不会有线上形式，既没有现场视频也没有现场直播，原因在《北京科音办的培训班FAQ》http://www.keinsci.com/FAQ.html里红字写明了）。

往届学员的优惠：为便于往届学员获得最新版本培训里增加的知识，对于不到场参加本次培训的情况（无论公费还是自费），参加过以往任意一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班的学员可享受7折优惠，参加过上一届（第15届）者可享受6折优惠！报名时请主动在邮件里说明。


郑重声明：本培训的一切相关资料仅限报名的学员自己学习使用，报名本培训视为认可本条款。为打击培训资料滥用行为（如擅自分享、转售），我们会经常对互联网进行搜索，以及钓鱼方式收集证据。在计算化学领域的诸多学术QQ群里、公众号、频道up主的订阅者里也都有大量北京科音往届的学员，当他们发现非法利用培训资料的行为时都会向我们举报。每本讲义在印刷时都加入了大量隐藏标记，并且在发放时做了登记，我们根据讲义内容可以直接查出来领取的学员姓名和联系方式。非法利用我们的培训资料的行为一经发现，必将严厉对涉事者追究法律责任、要求赔偿北京科音的经济损失、通报相关学校/单位。同时敬告某些人，切勿试图通过非正规途径获得本课程资源，否则一定会被坑，得到的会是过时版本（北京科音的讲义更新得很频繁）、残缺不全的资料、文字和图片模糊不清，等于花钱白打水漂，而且还无法通过身份核验而在思想家公社QQ群里成为VIP成员，因此得不到本培训讲授者卢天老师的专业、详细、耐心的答疑（答疑内容包括但不限于课上讲授的）。

作者
Author: GoldenBaby    时间: 2025-3-30 15:36
请问sob老师，这次会详细讲解机器学习力场吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2025-3-30 19:36
GoldenBaby 发表于 2025-3-30 15:36
请问sob老师，这次会详细讲解机器学习力场吗？

不。刚支持的特性肯定有不少bug，而且其设计之后大概率还得大改。等过一两年成熟了，并且确实能起到一些实际应用意义了，我再考虑加入具体介绍
作者
Author: GoldenBaby    时间: 2025-3-31 05:15
sobereva 发表于 2025-3-30 19:36
不。刚支持的特性肯定有不少bug，而且其设计之后大概率还得大改。等过一两年成熟了，并且确实能起到一些 ...

好的，谢谢sob老师
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-3-31 11:12
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-4-3 18:51 编辑
GoldenBaby 发表于 2025-3-30 15:36
请问sob老师，这次会详细讲解机器学习力场吗？

你希望看到MLP的什么讲解呢……？http://bbs.keinsci.com/thread-37946-1-1.html对这方面也有些讨论。

一种比较成熟的研究范式应该是DeePMD-kit训练神经网络势结合LAMMPS跑分子动力学，可以看看DeepModeling系列程序的教程以及文档中对LAMMPS应用的说明，此外网上也有这个或这个（来自http://bbs.keinsci.com/thread-44396-1-1.html）等其他人的经验分享。当然LAMMPS肯定不是唯一支持NNP-MD的，比较新的CP2K也有支持。

相比之下，单从2025.1版GROMACS的文档对应部分来看，可能融入现有的（或者从头创造新的）生态还需要点时间。

编辑：今天刚发现DeepModeling这个说明，实际上类似于QM/MM，GROMACS可以基于DeePMD-kit的NNP跑DP/MM模拟。不过首先从这页文档以及对应的代码来看，需要给GROMACS 2020.2版打DeePMD-kit补丁。
作者
Author: cxl-cxl    时间: 2025-4-1 11:48
请问老师课程有相场么
作者
Author: sobereva    时间: 2025-4-1 21:31
cxl-cxl 发表于 2025-4-1 11:48
请问老师课程有相场么

没有
作者
Author: GoldenBaby    时间: 2025-4-4 23:18
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-31 11:12
你希望看到MLP的什么讲解呢……？http://bbs.keinsci.com/thread-37946-1-1.html对这方面也有些讨论。

...

感谢指教
作者
Author: wly091576    时间: 2025-4-27 23:40
错过这次，下次课程什么时候开啊？
作者
Author: Ivan-Zhou    时间: 2025-4-28 10:22
错过了，下半年还会有开课吗
作者
Author: sobereva    时间: 2025-4-28 10:52
wly091576 发表于 2025-4-27 23:40
错过这次，下次课程什么时候开啊？

下次预计在半年之后
作者
Author: sobereva    时间: 2025-4-28 10:52
Ivan-Zhou 发表于 2025-4-28 10:22
错过了，下半年还会有开课吗

下次预计在半年之后



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3