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标题: 对于中等大体系原子初始结构的设置以及几何优化容易不收敛？ [打印本页]

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Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-3-29 13:34
标题: 对于中等大体系原子初始结构的设置以及几何优化容易不收敛？
对于中等大体系原子，在建模时，无论是用gaussview还是ms建模，我们一般要么就根据结构式进行建模，或者从网站上直接找到相应的结构或者类似的结构进行修改，一般我们建好之后就会先clean一下，再去进行几何优化。你每个人建同一物质的模型可能原子这些都一样，但可能对于中等大体系，你其中有些原子直接的二面角，角度也会有差别。那么我在几何优化的过程中，即使你建的模型对称型比较好，有可能在优化的过程中不收敛，或者优化完的模型是杂乱无章，类似笼状，一些链状等。
比如，我用PEO和Li+去进行配位，我建好的模型：

(, 下载次数 Times of downloads: 18)
优化完后：
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
那么接下来，我有几个问题想问各位老师,在建模PEO比较长的链的时候，我主观把这个模型建的对称性比较好，把Li+放到了正中间，但其实我知道可能Li+离O也比较远，在优化的过程中会发生极大的扭曲，即使没有Li+的情况下，一些开链优化后的结构也会是笼状或者杂乱无章的。老师可以对我建模提出一些什么建议吗，建模时我要是不考虑把他对称性好一点儿，有时会出现优化出的结果不好，或者不收敛，反而增加了计算时长，这属于正常现象吗。那么我在几何优化的时候需不要固定某些原子？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-29 13:59
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-3-29 14:00 编辑

第一张图的模型根本没体现PEO与Li+的配位，对称性也只是误导。建议补习无机配位化学、碱金属元素化学知识，参考有机化学对冠醚的介绍自然知道如何适当建模、判断优化结果的合理性。此外也必须了解构象搜索的概念以及对此类柔性体系的重要性。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-29 23:19
看以下网页了解柔性分子的构象的概念、构象搜索的意义
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-4-10 00:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-29 13:59
第一张图的模型根本没体现PEO与Li+的配位，对称性也只是误导。建议补习无机配位化学、碱金属元素化学知识， ...

谢谢老师，那么我怎样体现PEO跟金属离子配位比较合理呢，大概放在一个什么位置，我看有的文献中可能用到的是PEO比较短的链，然后金属离子放在氧原子下方。

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-4-10 00:10

sobereva 发表于 2025-3-29 23:19
看以下网页了解柔性分子的构象的概念、构象搜索的意义
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsc ...

好的，老师，这里我有一个问题，就比如说冠醚或者一些柔性体系与金属离子配位，直接算气相条件下的复合物的结合能的话，与实际情况相差甚远，无法发现其规律，可能是骨架发生比较大的形变，导致每一步算出来的结合能没有多大对比意义。我想可能冠醚会受溶剂化的影响，那么我在几何优化时就要去考虑溶剂化的影响吗，算结合能的时候也去考虑溶剂化模型。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-10 00:30

被科研狠狠摩擦发表于 2025-4-10 00:10
好的，老师，这里我有一个问题，就比如说冠醚或者一些柔性体系与金属离子配位，直接算气相条件下的复合物 ...

隐式溶剂模型不会对冠醚的极小点结构造成什么影响

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)