计算化学公社

标题: 计算“原子的静电势”中C原子的数据缺失，该如何获得？ [打印本页]

作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-29 13:44
标题: 计算“原子的静电势”中C原子的数据缺失，该如何获得？

各位老师好，我想计算乙醇分子中C原子的“原子静电势”，按照Sob老师分享的博文《谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势”》（http://bbs.keinsci.com/thread-29998-1-1.html））中第2点: 原子局部范德华表面的静电势平均值进行了计算，发现代表C原子的1、2号原子数据缺失（如图乙醇所示），请问这是因为CH2、CH3中的C原子被严重包埋而没有对应的局部范德华表面吗? 那如果想要计算亚甲基CH2、甲基CH3中C原子的静电势，还有什么办法可以计算吗？感谢各位老师解惑！

ps：我计算了sob老师提供的示例——丙烯醛的原子静电势（如图丙烯醛所示), 发现丙烯醛中的C原子确实可以计算出来的，说明操作过程无误，那丙烯醛中的C原子能计算出来是因为丙烯醛是类似于平面的结构吗？《原子局部范德华表面的静电势平均值》计算方法是否不适用于计算含烷基链的分子？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-29 23:21
文中写得非常明白：

还值得一提的是，那些被严重包埋的原子是没有对应的局部范德华表面的。比如C60富勒烯里包夹一个小分子，此时范德华表面完全在C60的外表面上，被包夹的小分子的原子对范德华表面没有任何贡献，也因此不可能对这些原子计算局部范德华表面上的信息。对这些原子，Multiwfn在输出以上信息时是直接略过的。

Multiwfn的输出里也提示得没法更清楚：
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作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-30 10:08

sobereva 发表于 2025-3-29 23:21
文中写得非常明白：
Multiwfn的输出里也提示得没法更清楚：

收到，感谢老师解答。

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