计算化学公社

标题: 关于ECD计算碰到了一些任务无法提交的问题 [打印本页]

作者
Author: 黄不垃圾 时间: 2025-3-29 20:55
标题: 关于ECD计算碰到了一些任务无法提交的问题
各位老师好：
最近做ECD计算碰到了一些任务无法提交的问题。我有个分子在sybyl上做random search后，根据能量和二面角进行综合筛选，筛选出约8个构象，转成gif后，仅有一个能进入计算程序，想请问下这一般是什么原因呢？是我构象搜索的问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-29 23:31
那叫gjf

每次自觉说报错，不知道报错是什么就直接上传压缩后的输出文件

拿sybyl做构象搜索已经过时了。下文的做法比用sybyl严格、准确得多得多。
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

而且当前你用的关键词完全不合理，比如分子内弱相互作用那么显著，哪能PM6、B3LYP不带色散校正。看下文，以及参考上文用的构象搜索流程
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
而且不做振动分析根本不行，无法判断有无虚频，也没法得到自由能获得Boltzmann分布。把下文看了
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383（http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html）

不要写一大堆诸如gfinput你根本不需要的关键词，认真看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

作者
Author: 黄不垃圾 时间: 2025-3-30 19:28

sobereva 发表于 2025-3-29 23:31
那叫gjf

每次自觉说报错，不知道报错是什么就直接上传压缩后的输出文件

因为提交失败，所以也没有相对应的输出文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-30 19:35

黄不垃圾发表于 2025-3-30 19:28
因为提交失败，所以也没有相对应的输出文件

即便失败也有输出文件，里面体现了报错。除非Gaussian根本连调用都没调用

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