计算化学公社

标题: 求助做几个分子的混合但是报错了 [打印本页]

作者
Author: sdd 时间: 2025-3-30 12:31
标题: 求助做几个分子的混合但是报错了
做四种分子的混合，
第一步
gmx editconf -f OAW.pdb -o OAW.gro -c -d 1.0 -bt cubic 分子和边界的距离
第二步
gmx editconf -f OAW.pdb -o OAW.gro -bt cubic -box 10 10 10 指定盒子的大小

第三步
gmx solvate -cp OAW.gro -cs spc216.gro -o OAW_solve.gro -p topol.top 添加溶剂

第四步
gmx grompp -f minim.mdp -c OAW_solve.gro -p topol.top -o em.tpr 能量最小化
这一步就出错了

Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 12
Last line read:
'1 2 yes 1.0 1.0'
Found a second defaults directive.

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-30 13:43
[defaults]字段出现了两次
完整检查拓扑文件

作者
Author: sdd 时间: 2025-3-30 14:36

sobereva 发表于 2025-3-30 13:43
[defaults]字段出现了两次
完整检查拓扑文件

你好我是新手小白，这个top文件是我朋友的我拿来直接改的，我想问一下正常要怎么生产top文件呀

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-30 15:31

sdd 发表于 2025-3-30 14:36
你好我是新手小白，这个top文件是我朋友的我拿来直接改的，我想问一下正常要怎么生产top文件呀

先学习GROMACS的拓扑文件的基本知识、逻辑，以及分子力场的基本常识，然后根据这些知识恰当手动整理拓扑文件，确保没逻辑错误和硬伤，诸如避免字段顺序错误、[defaults]字段出现两次、力场参数定义不当或者不兼容之类的问题。

这些背景知识不是论坛里几句话能教会的，牵扯的知识巨多，论坛里只能就事论事回答特定问题。通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）可以顺利地一次性完整学明白，其中有对拓扑文件、分子力场的极度系统、详细的介绍。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-3-30 20:01

sdd 发表于 2025-3-30 14:36
你好我是新手小白，这个top文件是我朋友的我拿来直接改的，我想问一下正常要怎么生产top文件呀

sob老师舍不得喷你

小白就老老实实去看手册去看官方教程
而不是做top这种最最常规的操作自己没坐过就问别人

作者
Author: tptp 时间: 2025-4-1 07:46
Default字段在整个拓扑文件中留一个就行，包括include的各种itp文件。但是估计你改完了这一点之后还会有其他拓扑文件的问题，所以没法给你解答

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