计算化学公社

标题: ORCA用counterpoise计算停止是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-3-30 19:31
标题: ORCA用counterpoise计算停止是什么原因？
我算单点能，用counterpoise 这个方法，输出文件里面什么都没有，这是什么原因呢？
[warn] Epoll ADD(4) on fd 1 failed.  Old events were 0; read change was 0 (none); write change was 1 (add): Operation not permitted
[f14r02:231516] [[65007,0],0] ORTE_ERROR_LOG: Bad parameter in file base/iof_base_output.c at line 267
[warn] Epoll ADD(4) on fd 1 failed.  Old events were 0; read change was 0 (none); write change was 1 (add): Operation not permitted
[f14r02:250441] [[43002,0],0] ORTE_ERROR_LOG: Bad parameter in file base/iof_base_output.c at line 267
[warn] Epoll ADD(4) on fd 1 failed.  Old events were 0; read change was 0 (none); write change was 1 (add): Operation not permitted
[f14r02:252022] [[44485,0],0] ORTE_ERROR_LOG: Bad parameter in file base/iof_base_output.c at line 267
[warn] Epoll ADD(4) on fd 1 failed.  Old events were 0; read change was 0 (none); write change was 1 (add): Operation not permitted
[f14r02:10970] [[24426,0],0] ORTE_ERROR_LOG: Bad parameter in file base/iof_base_output.c at line 267
[warn] Epoll ADD(4) on fd 1 failed.  Old events were 0; read change was 0 (none); write change was 1 (add): Operation not permitted
[f14r02:11445] [[22789,0],0] ORTE_ERROR_LOG: Bad parameter in file base/iof_base_output.c at line 267

超算服务器上给了这个，也不太懂

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-30 19:44
你的输入输出文件根本不对应，基组都不一样

先重复下文的例子，如果都没法正常算完，说明是ORCA装的有问题或者运行环境问题
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542（http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html）

怎么正确安装和运行参考
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

另外，你的输入文件里的ma-def2-TZVP autoaux是非常自找麻烦的组合，极容易产生线性依赖问题，尤其是Ag原子对得那么密集的情况，而且算此体系耗时相当高。对当前体系远不如用gCP解决BSSE问题，基组def2-TZVP就够了。或者直接用r2SCAN-3c，自带gCP。

此外，没什么理由不用D4而用D3

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-30 20:42

sobereva 发表于 2025-3-30 19:44
你的输入输出文件根本不对应，基组都不一样

先重复下文的例子，如果都没法正常算完，说明是ORCA装的有问 ...

老师，如果单独加gCP的话，Ag实际上借用了Cu的参数，这种做法的可靠性如何呢？
r2SCAN-3c自带gCP和gCP原文里的是一回事么？是否会像原文中那样第五周期及以后元素借用第四周期的同族元素的参数？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-30 20:54
正像社长说的这样，D4对过渡金属体系较D3有较大改进，当前体系可以用PBE0-D4，可以得到更好的精度。
def2系列对弥散函数的需求明显小于pople系列，def2-TZVP已经比较弥散了，算结合能时不是非加弥散函数不可的。但仍然会存在一定的BSSE问题，应当考虑用counterpoise校正或者gCP矫正来解决。
我对第五周期及以后的元素很多的体系使用gCP的可靠性存疑，因为gCP原文并未给出这些元素的参数。

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-3-30 21:06

sobereva 发表于 2025-3-30 19:44
你的输入输出文件根本不对应，基组都不一样

先重复下文的例子，如果都没法正常算完，说明是ORCA装的有问 ...

我上传的输入文件有点问题，我没有加弥散在算的过程，用的就是和输出文件里的一样，那我先重复一下老师你发的那个，之后再算我这个，谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 01:03

Stardust0831 发表于 2025-3-30 20:42
老师，如果单独加gCP的话，Ag实际上借用了Cu的参数，这种做法的可靠性如何呢？
r2SCAN-3c自带gCP和gCP原 ...

r2SCAN-3c的gCP参数是重新拟合的，但也不是所有元素都有单独的参数。原文里测试了r2SCAN-3c计算Cu/Ag/Au表面吸附苯，可见结果很好（下图第二列和第一列实验值比）。而且可见gCP项对此体系结果的影响并不大

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-31 09:35

sobereva 发表于 2025-3-31 01:03
r2SCAN-3c的gCP参数是重新拟合的，但也不是所有元素都有单独的参数。原文里测试了r2SCAN-3c计算Cu/Ag/Au ...

学到了，谢谢老师！

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-3-31 13:57

sobereva 发表于 2025-3-31 01:03
r2SCAN-3c的gCP参数是重新拟合的，但也不是所有元素都有单独的参数。原文里测试了r2SCAN-3c计算Cu/Ag/Au ...

gCP参数是从优化就开始用吗？还是只在单点能计算的时候用就好

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-3-31 13:59

sobereva 发表于 2025-3-31 01:03
r2SCAN-3c的gCP参数是重新拟合的，但也不是所有元素都有单独的参数。原文里测试了r2SCAN-3c计算Cu/Ag/Au ...

还有这篇原文献给我发我一下吗？我想看一下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 14:10

XxxXOO 发表于 2025-3-31 13:57
gCP参数是从优化就开始用吗？还是只在单点能计算的时候用就好

优化就用

doi: 10.1063/5.0040021

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-3-31 14:15

sobereva 发表于 2025-3-30 19:44
你的输入输出文件根本不对应，基组都不一样

先重复下文的例子，如果都没法正常算完，说明是ORCA装的有问 ...

我用r2SCAN-3C去算的有没有什么推荐的基组，结构优化用def2-SV(P),单点能用def-TZVP够吗？还有就是我结构优化和单点能计算都用这个泛函可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 14:18

XxxXOO 发表于 2025-3-31 14:15
我用r2SCAN-3C去算的有没有什么推荐的基组，结构优化用def2-SV(P),单点能用def-TZVP够吗？还有就是我结构 ...

先好好搞清楚-3c系列方法的基本特点，基组哪是你可以自定义的

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-3-31 14:19

sobereva 发表于 2025-3-31 14:18
先好好搞清楚-3c系列方法的基本特点，基组哪是你可以自定义的

好的好的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)