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标题: 用Multiwfn基于ORCA产生的波函数计算小分子RESP2电荷，输出chg为空 [打印本页]

作者
Author: toothman 时间: 2025-3-31 03:12
标题: 用Multiwfn基于ORCA产生的波函数计算小分子RESP2电荷，输出chg为空
本帖最后由 toothman 于 2025-3-31 23:59 编辑

用Multiwfn基于ORCA产生的波函数计算RESP2电荷

~/Multiwfn/examples/RESP$ ./RESP2_ORCA.sh Irinotecan.pdb
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
delta parameter is 0.5

Running optimization task under solvent via ORCA...
Done!

Running single point task in gas via ORCA...
Done!
Running orca_2mkl...
Running Multiwfn...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
Multiwfn          000000000206BAF3  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007A7EFA442520  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000554746  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000076AAD6  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          00000000007130F2  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000085E272  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000042B822  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007A7EFA429D90  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007A7EFA429E40  __libc_start_main    Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000042B729  Unknown             Unknown  Unknown
mv: 对 'SP.chg' 调用 stat 失败: 没有那个文件或目录
RESP charges in gas phase has been outputted to gas.chg

Running single point task in solvent via ORCA...
Done!
Running orca_2mkl...
Running Multiwfn...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
Multiwfn          000000000206BAF3  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       000079321EA42520  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000554746  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000076AAD6  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          00000000007130F2  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000085E272  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000042B822  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       000079321EA29D90  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       000079321EA29E40  __libc_start_main    Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000042B729  Unknown             Unknown  Unknown
mv: 对 'SP.chg' 调用 stat 失败: 没有那个文件或目录
RESP charges in solvent phase has been outputted to solv.chg
rm: 无法删除 'SP_*': 没有那个文件或目录
paste: gas.chg: 没有那个文件或目录

Finished! The optimized atomic coordinates with RESP2 charges (the last column) have been exported to Irinotecan.chg in current folder
Please properly cite Multiwfn in your publication according to "How to cite Multiwfn.pdf" in Multiwfn package

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-31 10:50
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-3-31 10:51 编辑

为什么脚本是给ORCA用的但输入文件是Gaussian的gjf，到底是用哪个软件计算，安装完毕后是否确认过软件能正常在命令行单独调用？以及这个pdb文件是哪来的，没发现里面所有原子都没有氢么？

其他讨论可参考另一个提问帖http://bbs.keinsci.com/thread-51500-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 14:19
提问时要把问题交代完整，主动说清楚你用的脚本的出处：
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）
当前计算都没牵扯到Gaussian，哪来的什么gau.out。先把脚本的运行基本逻辑搞清楚

先把输入的结构的硬伤解决了。并且确保Multiwfn已经正确安装了：
Multiwfn在Linux下安装的中文说明
http://sobereva.com/688（http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1.html）

作者
Author: toothman 时间: 2025-4-1 00:02

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-31 10:50
为什么脚本是给ORCA用的但输入文件是Gaussian的gjf，到底是用哪个软件计算，安装完毕后是否确认过软件能正 ...

不好意思把之前试验脚本能不能运行的文件上传上来了，使用的orca，加氢之后的文件也上传了，依然卡在multiwfn这一步报错

作者
Author: toothman 时间: 2025-4-1 00:07

sobereva 发表于 2025-3-31 14:19
提问时要把问题交代完整，主动说清楚你用的脚本的出处：
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电 ...

已编辑，文件重新上传了，小分子文件也加了氢，但是依然卡在multiwfn这一步，前面的orca步骤我单独运行没有问题，multiwfn已经正确安装了，想问下老师这怎么排查

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-1 00:11

toothman 发表于 2025-4-1 00:07
已编辑，文件重新上传了，小分子文件也加了氢，但是依然卡在multiwfn这一步，前面的orca步骤我单独运行没 ...

除了没恰当安装Multiwfn，尤其是没用ulimit命令，我想不到其它可能性

自己手动用ORCA产生molden文件，手动用Multiwfn算RESP电荷，看更具体信息，弄不明白就上传压缩后的波函数文件（超过5MB就传网盘）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)