计算化学公社

标题: amber力场参数疑问 [打印本页]

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-3-31 14:16
标题: amber力场参数疑问
本帖最后由 18217265596 于 2025-3-31 14:17 编辑

请问amber用的力常数公式比如kb(r-r0)^2 手册里说这个公式does not use the (physically more correct) kb/2 比如我用forcefit算出来的力常数是kb/2还是kb？比如力forcefit算出来的值单位转化后是a，我填到amber的frcmod里是填2a还是a/2
我记得之前看到个帖子里卢老师说过这个事
但我找不到了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 14:24
forcefit已经过时了，如今应当用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）计算力常数，比forcefit强大得多。会给出比如这样的信息

Equilibrium distance: 1.390793 Angstrom
Force constant:  0.356463 a.u. 3342.133 kJ/mol/A^2    798.789 kcal/mol/A^2    <-----对应(1/2)*k(r-r0)^2的情况

Information inserted into [ bonds ] of GROMACS topology file:
; atom_i  atom_j  functype    r0 (nm) k (kJ/mol/nm^2)
1    2       1       0.139079    3.342133E+05

Information inserted into $BOND of bonded_param.dat:
[Bond type name] 399.39 1.3908

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