计算化学公社

标题: 求助：IRC跑完后对端点进行优化，优化出来的结构和最初opt优化的结构不一致 [打印本页]

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-3-31 18:32
标题: 求助：IRC跑完后对端点进行优化，优化出来的结构和最初opt优化的结构不一致
本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-3-31 18:40 编辑

各位老师好，在过渡态只有一个虚频，虚频振动方向正确并且波函数稳定的情况下跑了IRC，IRC两个端点波函数均稳定，于是对两个端点进行了结构优化。
1.对反应物端：第一次是手动保存输出结构，然后用guess=read读取波函数进行优化，scf第一次迭代不是1圈收敛，而是4圈，电子能量与IRC端点的电子能量相差0.000003253，之后尝试了用geom=check/geom=allcheck，第一次迭代结果仍是这种情况，检查了输入坐标也是正确的，不过好在优化出来的最终结构与之前直接优化的结构基本一致，并且能量也基本一致，能量只有最后两个数有一点差距。
请教各位老师：4圈收敛的这个电子能量差是否可以忽略？或者说一般多少的误差是可以接受的？
2.对生成物端：操作和反应物端一样，首先用了guess=read，scf第一次迭代了6圈，电子能量相差0.000003764，之后也尝试了geom=check,geom=allcheck，输入坐标也正确，结果还是这样，不过这次优化出来的结构和直接优化的结构有明显差别，某个角相差20°，能量也有明显差距，尝试了减小步长，calcall，结果没有变化。感觉也不太可能存在中间体，尝试寻找中间体，要么结构"飞"掉，要么就优化到极小点结构（和直接优化得到的结构差不多）。后来尝试不用guess=read，直接用IRC端点的结构进行优化，结果优化出来的结构和直接优化的结构十分接近，能量也基本一致。
请教各位老师：这种情况该怎么判断？我是该继续尝试寻找中间体，还是说直接把不用guess=read优化出来的结构当成生成物？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-31 19:25
你是说，是否guess=read得到的结果不一致？
对这两个情况得到的波函数都再检查一次波函数稳定性，并且选择能量更低的结果。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-3-31 20:29

Stardust0831 发表于 2025-3-31 19:25
你是说，是否guess=read得到的结果不一致？
对这两个情况得到的波函数都再检查一次波函数稳定性，并且选择 ...

感谢老师回复

作者
Author: wangdan 时间: 4 day ago
老师您好，我想问下，手动保存输出结构，然后用guess=read读取波函数进行优化，这一步是怎么设置的，下面这样的设置可以吗
%nprocs=32
%oldchk=/share/home/ljhe/WD/gaussian/del-Po3/GLUH/new-out/ts3/IRC/irc.chk
%chk=int3.chk
%mem=32GB
#p freq B3LYP/6-31G(d,p) em=gd3bj guess=read

Ts3-int3

-1 1

IRC中保存出来的反应物/产物坐标

作者
Author: sgwzq 时间: 3 day ago
本帖最后由 sgwzq 于 2026-1-20 02:26 编辑

wangdan 发表于 2026-1-19 11:38
老师您好，我想问下，手动保存输出结构，然后用guess=read读取波函数进行优化，这一步是怎么设置的，下面这 ...

波函数是波函数，几何优化是几何优化。
一个构型对应一个波函数，这个波函数需要迭代一步一步得到（有可能迭代到不稳定结果），每个迭代步骤对应一个能量，最终数列会收敛到一个极限。

振动分析和几何优化配套，说的是，上述得到的能量（能量这个数列的极限值）是原子核坐标（前提：定核近似）的函数。这个函数有极小值（一阶导数为零，即原子受力为零），freq是能量-坐标这个函数求二阶导，看此时处于极大还是极小用的。它不是检查波函数是否收敛到极限用的。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)