计算化学公社

标题: 计算二价钴离子（Co2+）与一个分子的相互作用，高斯结构优化报错，看不懂out文件 [打印本页]

作者
Author: weiyongswust 时间: 2025-4-1 11:36
标题: 计算二价钴离子（Co2+）与一个分子的相互作用，高斯结构优化报错，看不懂out文件
Sober老师，我在计算二价钴离子（Co2+）与一个分子的相互作用，用同样的关键词，单独优化这个分子和Co2+的时候，都比较正常，但我把Co2+与这个分子做成复合物以后，几分钟就终止了，终止的原因看不太懂，网上也搜了一些，还是一头雾水，请Sober老师指点一下。

输入文件和报错的截图如下，感谢Sober老师。

作者
Author: wal 时间: 2025-4-1 11:57
scf不收敛按博文操作
http://sobereva.com/61

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-1 15:27
我这帖的内容除了“而且”开头的一句，可以一字不差地用在这里，连金属离子都一样……

作者
Author: weiyongswust 时间: 2025-4-2 10:09

wal 发表于 2025-4-1 11:57
scf不收敛按博文操作
http://sobereva.com/61

感谢wal老师，看了教程，我决定先用更小的基组对这个复合物进行结构优化，然后再用大基组进行优化。今天用3-21g对复合物优化后倒是收敛了，但发现部分键断了，这个怎么办呢，对最后复合物的能量计算是不是有很大的影响？有什么解决办法吗？

另外，我这个是模拟的这个分子对钴离子的吸附，是不是环境不合适，必须要加上溶剂场才合理，如：scrf(smd, solvent=water)，这样可行吗？

还有一个问题不懂，如果复合物加了scrf(smd, solvent=water)关键词，是不是单个个体做结构优化，也必须加上这个关键词才能比较？

感谢老师的解答。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-4-2 10:11
你这个是水相吗？估计得加上几个水用显式溶剂模型才可以。光秃秃的金属离子能量太高

作者
Author: weiyongswust 时间: 2025-4-2 10:15

tonganlhy 发表于 2025-4-2 10:11
你这个是水相吗？估计得加上几个水用显式溶剂模型才可以。光秃秃的金属离子能量太高

是水相，模拟的那个中性分子对钴离子的吸附。你说的加几个水，还有显示溶剂，不太懂是啥，在关键词加scrf(smd, solvent=water)，可以吗？

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-4-2 10:18

weiyongswust 发表于 2025-4-2 10:15
是水相，模拟的那个中性分子对钴离子的吸附。你说的加几个水，还有显示溶剂，不太懂是啥，在关键词加scrf ...

加这个只是模拟溶剂的偶极等等环境，并不能展示钴跟水的配位。你要考虑你这个分子大概能有几个位点能配上钴，然后考虑钴的配位数，补上相应的水分子的数目。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)