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标题: 吐槽molcas安装中的集群linux内核和库版本 [打印本页]

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-12-26 23:20
标题: 吐槽molcas安装中的集群linux内核和库版本
今天本来想在集群上用一下免费的molcas。
ldd 一下molcas.exe 都有，很开心，然后。。。需要的glib版本不能低于2.7，悲剧了，这里最高2.5.
自己编译一个glibc2.7 Segmentation fault错误。包含以下新版本kernel的头文件再编译一下。。。错误依旧。
哎集群是2.6的内核现在的LTS都到3.14，stable3.18.
然后我果断放弃了，还是单机跑吧。
想想为什么相比用台式机组小集群（2500一个4核E3+8G，1万=16核高主频），大家更喜欢花大价钱买双路以上服务器，可能是随时换系统什么的比较方便吧，
其实小集群也很方便只不过在我印象中，身边的人都是买机架的放去托管。
以上吐槽完毕
ps 这么以来我认为只要能升级到glibc2.7 避开自己编译glibc这种容易出问题的情况，免费molcas可以在其他版本正常
工作，毕竟它所谓安装就是copy个脚本molcas.driver过去

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-27 02:01
集群并行效率低，并行稳定性差，整体耗电也大得多，还占地方，性价比是吃亏的。
这预编译的molcas在RHEL6U1上也没法直接运行，它提示要glibc2.14，现在是2.12。打算下个ubuntu12/14装虚拟机上跑

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-27 05:02
刚才虚拟机装了ubuntu12，然后把gcc,gfortran装上，molcas@UU就能用了

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-12-28 19:38

sobereva 发表于 2014-12-27 05:02
刚才虚拟机装了ubuntu12，然后把gcc,gfortran装上，molcas@UU就能用了

只要库版本够高就ok，SL7 上正常运行，如此RelH7 CentOs7也都没问题。

作者
Author: mountain 时间: 2015-2-11 12:35
我想问下MOLCAS8.0并行运算的效果好吗？7.x通常都是用单核跑得

作者
Author: beefly 时间: 2015-2-17 01:15
本帖最后由 beefly 于 2015-2-17 01:22 编辑

学校的系统管理员特别偏爱scientific linux，所有的集群都装了这玩意儿。scientific linux有个问题，很多系统库文件的版本都非常老。即便是最新版的scientific linux，有的库甚至超过七年没有更新了。在其它linux系统动态编译的程序，拿到scientific linux中大部分都运行不了。

作者
Author: bluewhale 时间: 2015-8-1 08:58
在RHEL6上安装是没有问题的，不过要注意Openmpi的版本，网上给出的两种版本在集群上都能正常运行。

作者
Author: caofan_success 时间: 2017-1-5 20:23

sobereva 发表于 2014-12-27 05:02
刚才虚拟机装了ubuntu12，然后把gcc,gfortran装上，molcas@UU就能用了

sob老师，您好，我在虚拟机ubuntu 12系统上安装了并行版的molcas（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=290 这个贴里的），按照安装说明在molcas.rte文件的RUNBINARY指定了openmpi的绝对路径，但是运行molcas xxx.input的时候提示错误：

molcas-8.0-14.09.21_OpenMPI_Ubuntu_12.04_x86_64/bin/parnell.exe: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

gcc,gfortran,perl都用apt-get install命令安装了，openmpi 1.4和1.6.5两种版本都试过了，测试文件mpirun -np 4 hello_c也都没问题。
这是哪里出问题了？

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