计算化学公社

标题: 求助：cp2k优化Pt晶面对甲醛分子的吸附 [打印本页]

作者
Author: 风起时想你 时间: 2025-4-2 11:46
标题: 求助：cp2k优化Pt晶面对甲醛分子的吸附
研究Pt晶面（111）对一个甲醛分子的吸附，采用cp2k优化过程中，out文件末尾显示：
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 0 PID 1378 RUNNING AT gsnew2042
= KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)

想咨询大家，如何解决这个问题？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-2 12:41
输入和输出文件本身没看出啥问题，可能有外界偶然因素导致任务意外终止了。但是重算之前最好改一改结构，现在上下颠倒了看着有点别扭，一般习惯是z坐标非负，从低到高分别是slab冻结的金属原子层、slab放开的金属原子层和吸附小分子。而且离吸附分子最远的一层部分原子缺失，鉴于冻结原子是为了体现体相晶体结构，这种孔洞不应该出现。还有，Pt(111)面的六方晶格可以正交化以方便后续处理，参考http://bbs.keinsci.com/thread-52462-1-1.html我的回答。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2025-4-3 10:24

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-2 12:41
输入和输出文件本身没看出啥问题，可能有外界偶然因素导致任务意外终止了。但是重算之前最好改一改结构，现 ...

感谢您的解答。调整了一下结构，降低了K点、CUTOFF、REL_CUTOFF数值，结构已经收敛。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2025-4-25 11:45

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-2 12:41
输入和输出文件本身没看出啥问题，可能有外界偶然因素导致任务意外终止了。但是重算之前最好改一改结构，现 ...

再次想请教大佬：这个Pt(111)晶面用GaussView切得，切完后有一层就会出现缺失部分原子的孔洞，这种孔洞怎么用相应原子补齐啊？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-25 14:30

风起时想你发表于 2025-4-25 11:45
再次想请教大佬：这个Pt(111)晶面用GaussView切得，切完后有一层就会出现缺失部分原子的孔洞，这种孔洞怎 ...

我不知道GaussView是不是真有这问题，但是总可以切之前适当扩胞，切的时候多保留一层，然后再自己删除多余且不完整的那层原子嘛。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2025-4-25 15:58

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-25 14:30
我不知道GaussView是不是真有这问题，但是总可以切之前适当扩胞，切的时候多保留一层，然后再自己删除多 ...

感谢大佬的指点。还有一个问题想问下：我看文献中涉及表面吸附问题的计算，slab的厚度通常大于四层，如果采用较薄的slab会导致什么问题呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-25 16:59

风起时想你发表于 2025-4-25 15:58
感谢大佬的指点。还有一个问题想问下：我看文献中涉及表面吸附问题的计算，slab的厚度通常大于四层，如果 ...

slab吸附分子时，slab表面附近的原子要和分子相互作用并调整空间结构，自然会偏离体相原子的排布。所以用厚的slab时，冻结底层表现体相环境、放开表层体现弛豫或重构，二者缺一不可。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2025-4-27 09:09

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-25 16:59
slab吸附分子时，slab表面附近的原子要和分子相互作用并调整空间结构，自然会偏离体相原子的排布。所以用 ...

感谢您的解答。

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