计算化学公社

标题: 请教一下静电势计算的相关问题 [打印本页]

作者
Author: peter123 时间: 2025-4-2 20:37
标题: 请教一下静电势计算的相关问题
想请教一下老师，我运行讲义中的三个脚本，来实现multiwfn+VMD绘图。我计算的是一个150个原子的有机分子笼的表面静电势图，用的是笔记本12核并行。

我看到社长在论坛里提到要关注静电势计算用的是什么波函数级别。我之前用的是B3LYP-D3/6-311+G（2d,p）算单点的fchk文件。我运行ESPiso.bat这个脚本的时候，只需要三分钟左右就可以算完。但是当我运行ESOpt.bat和ESPext.bat这两个脚本的时候，却发现的我的电脑根本算不动了，一直在如图1所示的界面这里，进度变得非常慢，两分钟才算的动1%的进度。
我后来换成了B3LYP-D3/6-31G**从新算了一遍单点，然后将得到的fchk文件用于计算表面静电势，发现还是和上面的情况一样，ESPiso.bat这个脚本可以算的动，ESOpt.bat和ESPext.bat这两个脚本算不动。也是卡在如图1的界面这里。
我当时试了一下加大并行核数，我的笔记本有24个物理核心，可是multiwfn却提示在windows系统无法并行超过12核，如果12核算不动要换成linux系统。
我想请教老师四个小问题
（1）我因为想要得到分子表面静电势极值点，然而目前ESPext.bat这个脚本根本算不动，请问是不是并没有出错误，只是我的配置不行，只有换服务器计算才行？
（2）我在计算时，图1中被我高亮的部分出现了警告，说违反了V+F-E-2=0？可能是网格间距太大或等值面未闭合。请问这也是因为配置不够导致的吗？
（3）我看您的博文中对于实空间函数的波函数分析只对基组做了要求，没有对量化的任务类型做要求，请问是不是单点和几何优化的fchk文件只要基组满足了都可以拿来进行波函数分析？
（4）如图2所示，我算高氯酸根的静电势表面都是蓝色，我看您博文中提到“对于离子体系，VMD作图脚本里默认的色彩刻度范围是非改不可的”，但是高氯酸根带正电荷的氯在内部，分子表面都是带负电荷的氧，请问这种情况也需要修改色彩刻度范围吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-2 20:51
那叫ESPpt.bat不叫ESOpt.bat

1 拿具体文件说事。6-31G*的压缩后传网盘。
2 不用管
3 是
4 是

作者
Author: peter123 时间: 2025-4-2 21:21

sobereva 发表于 2025-4-2 20:51
那叫ESPpt.bat不叫ESOpt.bat

1 拿具体文件说事。6-31G*的压缩后传网盘。

非常感谢老师的指导，请问我可以将网盘链接私发给您吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-2 22:24

peter123 发表于 2025-4-2 21:21
非常感谢老师的指导，请问我可以将网盘链接私发给您吗？

可以

作者
Author: peter123 时间: 2025-4-3 09:50

sobereva 发表于 2025-4-2 22:24
可以

卢老师您好，我已经将网盘链接通过短消息发给您，非常感谢您一直以来给我的帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-3 12:50

peter123 发表于 2025-4-3 09:50
卢老师您好，我已经将网盘链接通过短消息发给您，非常感谢您一直以来给我的帮助

我这里计算没有任何异常
i9-13980HX，Win11 64bit，Multiwfn最新版本，16核并行。启动Multiwfn并载入fch文件，依次输入12、0，不到10秒钟能算出1%。ESPext.txt和ESPpt.txt里使用了比默认0.25 Bohr更小的格点间距0.15 Bohr，所以会更慢（耗时约4-5倍)，但也不会算不动。嫌慢可以把格点间距改为默认的0.25 Bohr。
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作者
Author: peter123 时间: 2025-4-3 14:36

sobereva 发表于 2025-4-3 12:50
我这里计算没有任何异常
i9-13980HX，Win11 64bit，Multiwfn最新版本，16核并行。启动Multiwfn并载入fch ...

好的好的，非常感谢卢老师的指导，我按照您的指导再去试试

作者
Author: peter123 时间: 2025-4-3 17:47
本帖最后由 peter123 于 2025-4-3 17:49 编辑

sobereva 发表于 2025-4-3 12:50
我这里计算没有任何异常
i9-13980HX，Win11 64bit，Multiwfn最新版本，16核并行。启动Multiwfn并载入fch ...

卢老师，您好。我刚才按照您的指导从新进行了计算，我的配置是i9-13900HX，Win11 64bit，Multiwfn用的是2025.2.14更新的3.8版本，16核并行。我将格点间距设置成0.25以后，使用ESPext.bat脚本，一分钟差不多可以算3%-4%这样。

我想请教一下您，对于我这种150个原子的有机笼，0.25这个格点间距绘制分子表面静电势图以及分子表面静电势极大点应该达到了拿来发文章的标准吧？（因为我看到您博文提到400个原子的分子使用0.15的格点间距来绘制分子表面静电势图都不太够）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-4 16:36

peter123 发表于 2025-4-3 17:47
卢老师，您好。我刚才按照您的指导从新进行了计算，我的配置是i9-13900HX，Win11 64bit，Multiwfn用的是2 ...

可以发文章

作者
Author: peter123 时间: 2025-4-7 14:25

sobereva 发表于 2025-4-4 16:36
可以发文章

好的好的，非常感谢老师的指导

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