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标题: 如何正确构建用于MD模拟的蛋白质二聚体 [打印本页]

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-4-3 13:24
标题: 如何正确构建用于MD模拟的蛋白质二聚体
请问通过pymol直接将两个相同的蛋白质按照一定位置距离放置，是否属于一个二聚体，这样的二聚体结构合理吗。

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-3 13:28
有晶体结构的话先找晶体结构，没有的话先试试Alphafold 3/需要商业用途试AlphaFold 2 multimer。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-3 17:01
首先你的蛋白得能够二聚
其次有xray/nmr/em 就用
没有的话先结构预测看看

如果上面两者都没有也没有文献报道二聚化结构域

那你怎么知道你的蛋白能二聚？？

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-4-4 18:41

18217265596 发表于 2025-4-3 17:01
首先你的蛋白得能够二聚
其次有xray/nmr/em 就用
没有的话先结构预测看看

您好，我的Aβ蛋白是可以二聚的，但是没有相应二聚体的xray/nmr结构，文献中研究二聚体时都没有提及怎么得到的二聚体，只是把用单体构建好的二聚体拿来分子模拟了（没有详细步骤以及用到了何种软件）。我对于结构预测这方面不懂，这个预测好的结构可以直接用来分子模拟吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-5 11:40
本帖最后由 student0618 于 2025-4-6 00:15 编辑

Kiteliberator 发表于 2025-4-4 18:41
您好，我的Aβ蛋白是可以二聚的，但是没有相应二聚体的xray/nmr结构，文献中研究二聚体时都没有提及怎么 ...

A-beta多少？这种过分热门的很多有实验结构的，如果pdb只给了一条链找找symmetric unit。

很多可视化软件打开Xray structure后开Symmetry找symmetric unit就可以见到旁边的unit Cell，部分是和一开始显示的unit有interaction的。如实验组惯用的pymol A->generate->symmetry mates 会按pdb的unit cell资讯给出特定距离的unit cell，常用于检查crystal packing是否导致artificially stabilizing certain structures。但也可用来看多聚体。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-5 18:27

Kiteliberator 发表于 2025-4-4 18:41
您好，我的Aβ蛋白是可以二聚的，但是没有相应二聚体的xray/nmr结构，文献中研究二聚体时都没有提及怎么 ...

先用af3预测看看不懂问我

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-4-5 19:08

student0618 发表于 2025-4-5 11:40
A-beta多少？这种过分热门的很多有实验结构的，如果pdb只给了一条链找找symmetric unit。

很多可视化 ...

Aβ42。学习了您的方法，我观察到了晶体结构，但是学生不解Symmetry Mates观察完整的分子packing和Aβ42二聚体构建有什么关系？

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-4-5 19:11

18217265596 发表于 2025-4-5 18:27
先用af3预测看看不懂问我

好的老师，我先系统学习一下AlphaFold

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-5 19:39
本帖最后由 student0618 于 2025-4-6 00:13 编辑

Kiteliberator 发表于 2025-4-5 19:08
Aβ42。学习了您的方法，我观察到了晶体结构，但是学生不解Symmetry Mates观察完整的分子packing和Aβ42 ...

symmetry 直接给出旁边的unit cell喔，有的多聚体会只给一个asymmetric unit用家按symmetry得到其他unit cell的。

我在先前的帖补充了些。

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-4-10 16:50

18217265596 发表于 2025-4-5 18:27
先用af3预测看看不懂问我

我的预测结果ipTM和pTM很低，预测了好多次最高也只达到了0.54，结果很不理想

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-10 21:09

Kiteliberator 发表于 2025-4-10 16:50
我的预测结果ipTM和pTM很低，预测了好多次最高也只达到了0.54，结果很不理想

那没救了你这个二聚体是没法拿到好模型的

作者
Author: 黄123 时间: 2026-4-14 21:21
怎么样？解决了嘛？我现在知道我的蛋白是二聚体，但是里面含有非天然氨基酸，我只有单聚体结构，AF3和SWISS-MODLE识别不了非天然氨基酸，用什么软件能构建二聚体呢？

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-4-14 22:01

黄123 发表于 2026-4-14 21:21
怎么样？解决了嘛？我现在知道我的蛋白是二聚体，但是里面含有非天然氨基酸，我只有单聚体结构，AF3和SWISS ...

单体的结构是怎么拿到的

作者
Author: 黄123 时间: 2026-4-15 10:34

KazusaT 发表于 2026-4-14 22:01
单体的结构是怎么拿到的

先用AF3预测了结构，在把非天然氨基酸共价对接到特定的位置，跑了MD，取能量最小的构型作为我的初始结构

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-4-15 10:37

黄123 发表于 2026-4-15 10:34
先用AF3预测了结构，在把非天然氨基酸共价对接到特定的位置，跑了MD，取能量最小的构型作为我的初始结构

同样的步骤为何不能用于二聚体

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