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标题: 平衡相npt模拟,密度一直上升,是否应放弃用其做平衡标准,对后续产生相是否影响? [打印本页]

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jxin    时间: 2025-4-6 12:49
标题: 平衡相npt模拟,密度一直上升,是否应放弃用其做平衡标准,对后续产生相是否影响?
本帖最后由 jxin 于 2025-4-6 12:59 编辑

老师好,我想要模拟有机小分子和重复单元为136的聚乙二醇6000,经过升温,保温,降温得到固体分散体的过程。

目前我的步骤是:

1.获得单分子mol2,pdb文件,利用sobtop等获得top,itp文件

2.将单个聚乙二醇在真空条件下200ps,常温动力学模拟。(整个链蜷曲在一起)

3.利用packmol构建有20个聚乙二醇和3个小分子的初始结构。边长8nm。

4.进行共轭梯度法的能量极小化,收敛容差设置10。

5.做平衡相npt模拟2ns,npt.mdp

6.产生相npt模拟4.1ns。anneal.mdp

我想请教的问题:

1.平衡相npt模拟后的密度持续增加,难以达到稳定,试图增加模拟时间,但这样做对于后面的产生相,可能对后面产生相的模拟造成影响。观察平衡后的结构,发现可能是因为结构呈现椭圆形,盒子不好收缩。所以去用rmsd来判定达到平衡,我不确定这样是否合适。

2.查阅参考文献对于固体分散体的形成,有课题组早期的研究利用amber进行能量最小化后直接进行产生相模拟。后来2024年利用gromacs能量最小化后先对聚合物进行真空模拟,再插入到初始体系中,先进行平衡相npt模拟,后进行了有140ns的产生相模拟。对于这个步骤操作,由于我认为我的平衡相有问题,所以想知道是否应该舍去平衡相模拟。


3.由于重复单元数较多,计算耗时,所以用少数重复单元进行替代,这样是否合适。
4.有一个想法就是分别模拟聚合物和有机小分子各自的体系,经过平衡,然后再将两者结合,进行平衡相以及产生相的模拟。
恳请老师批评指证

作者
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Seyilaxa    时间: 2025-4-6 15:36
周围有这么大的真空区,在npt系综下盒子体积肯定是不断缩小,体现出来就是密度不断增大,不一定说明有问题
作者
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jxin    时间: 2025-4-6 16:54
Seyilaxa 发表于 2025-4-6 15:36
周围有这么大的真空区,在npt系综下盒子体积肯定是不断缩小,体现出来就是密度不断增大,不一定说明有问题

感谢指导
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student0618    时间: 2025-4-6 17:32
本帖最后由 student0618 于 2025-4-6 18:42 编辑

这麽大、柔性又高的分子才2ns npt未足够平衡吧。
作者
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jxin    时间: 2025-4-7 00:12
student0618 发表于 2025-4-6 17:32
这麽大、柔性又高的分子才2ns npt未足够平衡吧。

十分感谢,因为之前只做了200ps,密度上升,后来加时间做了2ns的,密度实现了平衡,再做了一次小分子不同个数的,就又达不到效果了。




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