计算化学公社

标题: 如何将金纳米粗粒化 [打印本页]

作者
Author: Ctl 时间: 2025-4-7 13:57
标题: 如何将金纳米粗粒化
我用VMD建立了一个金纳米球颗粒，现在想研究金纳米颗粒和DPPC相关的方面，想用Martini力场，请问一下如何将这个金纳米粗粒化后使用Martini力场呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-8 06:23
要权衡粗粒化的利弊。粗粒化会导致原子级别的相互作用信息丧失或过度简化，很可能为了省那点时间而得不偿失、被审稿人质疑。不要轻易用粗粒化。本来如今靠GPU加速就能轻易跑得动很大体系，而且如果纳米颗粒真的特别巨大而直接跑不动，也可以考虑近似成周期性的晶面模型计算。

作者
Author: Acee 时间: 2025-4-8 09:12
A Martini Coarse Grained Model of Citrate-Capped Gold Nanoparticles Interacting with Lipid Bilayers
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c00627
参考阅读这篇文章

作者
Author: Ctl 时间: 2025-4-15 14:41

Acee 发表于 2025-4-8 09:12
A Martini Coarse Grained Model of Citrate-Capped Gold Nanoparticles Interacting with Lipid Bilayers
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知道理论，不知道具体怎么操作

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