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标题: 高斯优化CdSe优化团簇结构，发现结构中的H结构偏移严重 [打印本页]

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-8 10:09
标题: 高斯优化CdSe优化团簇结构，发现结构中的H结构偏移严重
各位老师好，我在重复文献时间遇到了这样地问题：在优化CdSe团簇结构时，按照文献的方法江Cd以及Se原子固定，仅仅优化H原子的位置，下面的是我的输入文件以及初始结构
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但是计算完之后显示如下的报错，发现结构中的H结构偏移严重，请问这个问题应该怎么解决呀
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作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-4-8 10:29
如果体系坐标就是文献中获得的，并且想重复文献计算，应先确保计算级别与文献严格一致。若检查后无计算设置上的区别，那就发邮件问文献作者。论坛读者们是很难猜出答案的，保不齐像我这种还会质疑原文献计算。

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-8 12:36

zjxitcc 发表于 2025-4-8 10:29
如果体系坐标就是文献中获得的，并且想重复文献计算，应先确保计算级别与文献严格一致。若检查后无计算设置 ...

谢谢您，原文中是采用自定义基组sbkjc-VDZ*进行的，因为BSE基组数据库登不进去，所以我才认为的换成别的了，是我的原因没有保证条件的一致性。我再试一下

作者
Author: philartist 时间: 2025-4-8 12:48
给H加上极化试试

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-8 13:00
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-8 13:09 编辑

当前基组精度完全不够。
文献里用的SBKJC系列其实也不推荐在后续自己的计算中使用，这个系列主要用在GAMESS-US里（因为是其自带的唯一一个覆盖元素较全的赝势），而精度却不尽如人意。
可以试试看把基组换成def2-SVP，泛函换成PBE0-D3(BJ)。（高斯中关键词是opt freq pbe1pbe em=gd3bj def2svp）
优化前最好检查一下波函数稳定性。

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-8 16:33

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:00
当前基组精度完全不够。
文献里用的SBKJC系列其实也不推荐在后续自己的计算中使用，这个系列主要用在GAMES ...

谢谢，我马上试一下

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-8 16:34

philartist 发表于 2025-4-8 12:48
给H加上极化试试

嗯嗯，谢谢

，我都试验一下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 04:46
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “高斯软件优化团簇结构” 改了，以后务必注意

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-9 08:16

sobereva 发表于 2025-4-9 04:46
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师，我会注意的

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-11 08:36

philartist 发表于 2025-4-8 12:48
给H加上极化试试

根据您给的建议。我重新提交一了下任务；输入文件如下

%chk=Cd9Se7H22_01.chk
#p opt freq PBE1PBE/genecp em=gd3bj

Title Card Required

0 1
H             0 4.27007600 4.19441900 -0.64813600
H             0 -4.27007600 4.19441900 -0.64813600
H             0 -5.76751100 1.60078500 -0.64813600
H             0 -1.49743500 -5.79520300 -0.64813600
H             0 1.49743500 -5.79520300 -0.64813600
H             0 5.76751100 1.60078500 -0.64813600
H             0 1.21906800 5.63451900 -0.88504800
H             0 -1.21906800 5.63451900 -0.88504800
H             0 -5.48917100 -1.76151600 -0.88504800
H             0 -4.27010300 -3.87300400 -0.88504800
H             0 4.27010300 -3.87300400 -0.88504800
H             0 5.48917100 -1.76151600 -0.88504800
H             0 0.00000000 4.93097400 1.10493700
H             0 -4.27034900 -2.46548700 1.10493700
H             0 4.27034900 -2.46548700 1.10493700
H             0 2.13526700 2.96216500 2.83891600
H             0 -2.13526700 2.96216500 2.83891600
H             0 -3.63294400 0.36811200 2.83891600
H             0 -1.49767700 -3.33027800 2.83891600
H             0 1.49767700 -3.33027800 2.83891600
H             0 3.63294400 0.36811200 2.83891600
H             0 0.00000000 0.00000000 4.58598800
Se             -1 0.00000000 4.93095900 -0.38806300
Se             -1 -4.27033500 -2.46547900 -0.38806300
Se             -1 4.27033500 -2.46547900 -0.38806300
Se             -1 -2.13567300 1.23303100 -0.38806500
Se             -1 0.00000000 -2.46606300 -0.38806500
Se             -1 2.13567300 1.23303100 -0.38806500
Se             -1 0.00000000 0.00000000 3.09898800
Cd             -1 -4.27040900 2.46552200 -1.25911700
Cd             -1 0.00000000 -4.93104400 -1.25911700
Cd             -1 4.27040900 2.46552200 -1.25911700
Cd             -1 0.00000000 2.46548500 -1.25903800
Cd             -1 -2.13572100 1.23305900 2.22693500
Cd             -1 -2.13517300 -1.23274300 -1.25903800
Cd             -1 0.00000000 -2.46611800 2.22693500
Cd             -1 2.13517300 -1.23274300 -1.25903800
Cd             -1 2.13572100 1.23305900 2.22693500

Cd Se
lanl2DZ
****
H
6-31G(d)
****

Cd Se
lanl2DZ

但是计算结果失败了出现了这样的提示信息：
THERE ONCE WAS A GIRL NAMED IRENE,
WHO LIVED ON DISTILLED KEROSENE,
   BUT SHE STARTED ABSORBIN'
   A NEW HYDROCARBON,
AND SINCE THEN HAS NEVER BENZENE.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /public/home/ac5jb9grtb/apprepo/gaussian/16a.03-none_v1.3/app/g16/l9999.exe at Fri Apr 11 01:17:40 2025.
Job cpu time:    1 days 14 hours 59 minutes 25.0 seconds.
Elapsed time:    1 days 15 hours  0 minutes 41.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 504 Int=    0 D2E=    0 Chk=    20 Scr=    1

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-11 08:38

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:00
当前基组精度完全不够。
文献里用的SBKJC系列其实也不推荐在后续自己的计算中使用，这个系列主要用在GAMES ...

您说的这个方法，确实运行正常，并且得到了很合理的结果，谢谢

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