计算化学公社

标题: 过渡态路径可视化作图求助 [打印本页]

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-8 11:47
标题: 过渡态路径可视化作图求助
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想问一下大家这种路径迁移的图怎么做出来的？是自己手动一个个移动位点拼接的吗？还是有什么软件可以直接像这样显示出来？
上面这两个图分别是用DMOL3和VASP计算过渡态得到的，第一个是LI2S的分解势垒，第二个是LI离子迁移能垒

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Author: Stardust0831 时间: 2025-4-8 13:13
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-8 13:16 编辑

是通过Nudged Elastic Band（NEB)方法算的。提供迁移的起点和终点，对路径插点并优化，可以同时得到迁移路径和对应的能量。
详见《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》

可以借助sobNEB完成插点并由cp2k完成NEB计算《sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具》

作者
Author: imasen 时间: 2025-4-8 13:25
轨迹文件用vmd打开，Draw Multiple Frames中begin和end间选择合适的步长就可以展示迁移轨迹了。 (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-8 14:29

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:13
是通过Nudged Elastic Band（NEB)方法算的。提供迁移的起点和终点，对路径插点并优化，可以同 ...

好的，感谢，但没使用过CP2K......

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-8 14:30

imasen 发表于 2025-4-8 13:25
轨迹文件用vmd打开，Draw Multiple Frames中begin和end间选择合适的步长就可以展示迁移轨迹了。

请问这是一个软件吗？我该怎么打开呀？？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-8 15:13

imasen 发表于 2025-4-8 13:25
轨迹文件用vmd打开，Draw Multiple Frames中begin和end间选择合适的步长就可以展示迁移轨迹了。

他现在应该是NEB还没有跑出来。还没到可视化的这一步。

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-8 15:35

Stardust0831 发表于 2025-4-8 15:13
他现在应该是NEB还没有跑出来。还没到可视化的这一步。

我是用的DMOL3算的，是已经算完了的，就是不知道该怎么做出上面这样的图

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-8 15:37
这两个图是算出来的过渡态搜索以及过渡态确认

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-8 15:43

DXCdxc 发表于 2025-4-8 15:37
这两个图是算出来的过渡态搜索以及过渡态确认

已经得到MEP轨迹的话，按3楼说的，导出MEP轨迹文件，用vmd可视化轨迹。

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-8 15:47

Stardust0831 发表于 2025-4-8 15:43
已经得到MEP轨迹的话，按3楼说的，导出MEP轨迹文件，用vmd可视化轨迹。

感谢，不过MS里面我没看到有MEP轨迹文件，倒是.xtd文件有原子移动的轨迹，但是我用VMD打不开

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 04:14

DXCdxc 发表于 2025-4-8 15:47
感谢，不过MS里面我没看到有MEP轨迹文件，倒是.xtd文件有原子移动的轨迹，但是我用VMD打不开

自己写程序转成多帧xyz文件
看
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477
使用CP2K过程中常用的可视化工具
http://sobereva.com/739（http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html）

建议直接弃了Dmol3，又贵又慢又弱又不流行又不灵活，各方面比又快又强大又好用又免费又流行的CP2K差远了。

作者
Author: DXCdxc 时间: 2025-4-9 15:10

sobereva 发表于 2025-4-9 04:14
自己写程序转成多帧xyz文件
看
谈谈记录化学体系结构的xyz文件

好的，谢谢sob老师！

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