计算化学公社

标题: 运行MD之前多聚体蛋白散开怎么解决 [打印本页]

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-4-8 12:12
标题: 运行MD之前多聚体蛋白散开怎么解决
在进行完NPT平衡，运行MD之前蛋白质散开怎么解决。MD运行完成后蛋白质最外侧三个超螺旋结构和主体蛋白分离了

。这个蛋白是一个多聚体结构，需要删除重复的结构运行吗？

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-8 13:19
要么参数不合理
要么你的蛋白溶液中不该多聚

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-8 13:20
没真散开，是周期性边界问题，trjconv 处理轨迹用-pbc cluster。

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-4-8 14:47

student0618 发表于 2025-4-8 13:20
没真散开，是周期性边界问题，trjconv 处理轨迹用-pbc cluster。

好的谢谢，我试一下

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-4-8 21:33

bling莹莹子发表于 2025-4-8 14:47
好的谢谢，我试一下

按照这个方法已经解决

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)