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标题: 求助：CCSD(T)/aug-cc-pVQZ计算单点能直接报错 [打印本页]
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Author: littleear    时间: 2025-4-8 14:46
标题: 求助：CCSD(T)/aug-cc-pVQZ计算单点能直接报错
本帖最后由 littleear 于 2025-4-8 18:25 编辑

各位老师同学们好，我用CCSD(T)/aug-cc-pVQZ计算一个20个原子出头的氨基酸的单点能，用nohup g16 -c=”0-100” < XXX.gjf > XXX.out &命令，一开始运行就马上结束了，并且不生成chk文件，得到的out文件是乱码的，请问是怎么回事呢？

PS：我是第一次用这个泛函和基组，会不会是我的关键词写得有问题呢？
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-4-8 15:09
CCSD(T)这种后HF方法应该归于WFT，绝对不是DFT的泛函哦，也根本不存在什么D3色散校正，仔细看http://sobereva.com/680第2节的分类和http://sobereva.com/83对理论方法的描述。

这个级别计算单点能十分昂贵，苯丙氨酸也不算小分子了，建议结合计算资源认真考虑一下有没有必要Gaussian硬算。实在需要这种水平的高精度单点能的话，可以看看ORCA的DLPNO-CCSD(T)或者CCSD(T)-F12，在http://sobereva.com/272第6节有提到。

就算单说Gaussian的使用，%chk=input看起来也不太对，一般指定checkpoint文件名的时候会写上后缀.chk，前面虽然不是必须指定绝对路径但仍推荐写清楚。

此外，苯丙氨酸在（中性）水溶液里面应当以两性离子形式存在，结构应具有-NH3+和-COO-的极性基团而不是-NH2和-COOH的电中性基团。具体的质子化状态需结合pH和氨基、羧基的pKa确定。
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 15:23
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-8 15:09
CCSD(T)这种后HF方法应该归于WFT，绝对不是DFT的泛函哦，也根本不存在什么D3色散校正，仔细看http://sobere ...

哇，谢谢老师的耐心指导，我要使用这个昂贵泛函的原因是为了算氢键的能量，我看sob老师的帖子里提到了可以用该水平来计算整个体系的能量，然后减去各自的能量，从而得到氢键键能，因此我想试试看这个方法计算氢键能量。可是我根据您说的方案，将em=gd3bj删除，并且正确写上了chk路径后，还是一样的错误。而且甚至我还将溶剂化关键词也删除了，整个关键词行只有#p CCSD(T)/Aug-cc-PVQZ，还是一样的错误
作者
Author: Tenshi65535    时间: 2025-4-8 15:27
乱码的out文件还在吗
作者
Author: Stardust0831    时间: 2025-4-8 15:32
littleear 发表于 2025-4-8 15:23
哇，谢谢老师的耐心指导，我要使用这个昂贵泛函的原因是为了算氢键的能量，我看sob老师的帖子里提到了可 ...

除非你明确知道这个级别意味着什么。否则不建议继续使用。
当前的计算量极其庞大，不是普通电脑能算动的。
sob老师的体系可能比你小得多，他的体系可以算动、你的未必可以。
目的只是算氢键的话，看看orca的wB97M-V/def2-QZVP，这个级别已经能足够描述当前体系的氢键。
作者
Author: DavyHou    时间: 2025-4-8 15:34
本帖最后由 DavyHou 于 2025-4-8 15:36 编辑

二十多个原子，你确定用pVQZ，你机器内存够吗？感觉这种级别的计算，内存至少两百GB起步。
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 18:26
Tenshi65535 发表于 2025-4-8 15:27
乱码的out文件还在吗

在的，我刚刚添加附件了，请您查看
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 18:29
Stardust0831 发表于 2025-4-8 15:32
除非你明确知道这个级别意味着什么。否则不建议继续使用。
当前的计算量极其庞大，不是普通电脑能算动的 ...

噢噢好的，非常感谢，请问Gaussian用此水平也可以描述该体系的氢键吗？
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 18:30
DavyHou 发表于 2025-4-8 15:34
二十多个原子，你确定用pVQZ，你机器内存够吗？感觉这种级别的计算，内存至少两百GB起步。

我对这个水平的计算量理解不够，因为之前没用过，我也是看帖子上提到该水平非常高，但是具体多高就不甚清楚了，没想到要这么大的内存吗？
作者
Author: Stardust0831    时间: 2025-4-8 18:37
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-8 18:51 编辑
littleear 发表于 2025-4-8 18:30
我对这个水平的计算量理解不够，因为之前没用过，我也是看帖子上提到该水平非常高，但是具体多高就不甚清 ...

内存和硬盘消耗都极大，计算耗时也远高于一般计算。
我给你推荐的是普通服务器可以算动的、精度通常也足够可靠的级别。
如果你是核很多、内存很大的服务器，请详细说明配置和可接受的计算时间。
作者
Author: Stardust0831    时间: 2025-4-8 18:39
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-8 18:54 编辑
littleear 发表于 2025-4-8 18:29
噢噢好的，非常感谢，请问Gaussian用此水平也可以描述该体系的氢键吗？

高斯用不了VV10。
非要用高斯算相互作用的话，用M06-2X/def2-QZVP算单点.

换ORCA的话可以用更新更好的泛函，在ORCA的RI加速的帮助下也可以轻松算动大基组。同时可以用gCP很轻松的处理好BSSE。


By the way，如果是计算分子内氢键，情况会有所不同，此时可以参考：《计算分子内氢键键能的几种方法》
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 19:46
Stardust0831 发表于 2025-4-8 18:39
高斯用不了VV10。
非要用高斯算相互作用的话，用M06-2X/def2-QZVP算单点.

好的好的，非常感谢指导，我的服务器就是普通的双路服务器，52线程的，192GB内存，估计是不太能算得动CCSD(T)/Aug-cc-pVQZ了
我还想请教一下，Gaussian用M06-2X/def2-QZVP算单点能的话，用来描述氢键键能的程度，是勉强可接受的，还是比较能接受呢？优化的时候用def2-TZVP够了吗？
作者
Author: Tenshi65535    时间: 2025-4-8 19:55
littleear 发表于 2025-4-8 18:26
在的，我刚刚添加附件了，请您查看

out文件还是能读取的 帮你贴出来
  1. Set GAUSS_CDEF to "”0-50”".
  2. Entering Gaussian System, Link 0=g16
  3. Initial command:
  4. /home/zez/apps/g16/l1.exe "/home/zez/apps/g16/scratch/Gau-103510.inp" -scrdir="/home/zez/apps/g16/scratch/"
  5. Default CPUs for threads: ”0-50”
  6. QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
  7. ”0-50”
  8. '
  9. Last state= "Top"
  10. TCursr=        59 LCursr=         0
  11. Error termination via Lnk1e in  at Tue Apr  8 18:25:07 2025.
  12. Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
  13. File lengths (MBytes):  RWF=      0 Int=      0 D2E=      0 Chk=      0 Scr=      0
  14. Error: segmentation violation
  15.    rax 0x0000000000000000, rbx 0x000000000921e198, rcx 0xffffffffffffffff
  16.    rdx 0x000000000001945e, rsp 0x00007fffa8e1f6d8, rbp 0x0000000001fad8f0
  17.    rsi 0x000000000000000b, rdi 0x000000000001945e, r8  0x000000000079c550
  18.    r9  0x0000000046761c70, r10 0x00007fffa8e1eae0, r11 0x0000000000000206
  19.    r12 0x00007fffa8e1f790, r13 0x00007fffa8e1f808, r14 0x00007fffa8e1f800
  20.    r15 0x000000000921e1b8
  21.   /lib64/libpthread.so.0(+0xf630) [0x2af64fc01630]
  22.   /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2af650146657]
复制代码




作者
Author: 18217265596    时间: 2025-4-8 20:01
本帖最后由 18217265596 于 2025-4-8 20:04 编辑

20个原子出头的aa
多半构象还不单一
你要算氢键键能还要做构象搜索
你这个体系
dlpno ccsd(t) + tz级别的基组应该能轻松算
上qz估计悬
我建议别搞这些花里胡哨的
老老实实用双杂化泛函+tz级别的基组算得了
这种物质结构误差比基组方法误差大多了

续：我看了你的结构，苯丙氨酸，这显然溶液中就不是单一构象了，而是多构象按权重分布
晶体里可能是单一构象 但这是另一回事
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 20:12
Tenshi65535 发表于 2025-4-8 19:55
out文件还是能读取的 帮你贴出来

好吧，我在gjf文件里面写CPU调用了，是可以运行了，但是应该算不动
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-8 20:53
18217265596 发表于 2025-4-8 20:01
20个原子出头的aa
多半构象还不单一
你要算氢键键能还要做构象搜索

嗯嗯好的，感谢您的建议，我之前确实没有考虑到多构象问题
作者
Author: sobereva    时间: 2025-4-9 04:21
CCSD(T)/aug-cc-pVQZ算这个纯属开玩笑，这个级别只能算得动个位数原子的体系
对于Gaussian用户算这个，M06-2X或B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP基本可以达到发文章程度的精度，耗时也不高。要更高精度可以用ORCA跑wB97M-V/def2-QZVP，若追求极致精度，理论方法还可以进一步提升到DLPNO-CCSD(T) tightPNO
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-9 12:29
sobereva 发表于 2025-4-9 04:21
CCSD(T)/aug-cc-pVQZ算这个纯属开玩笑，这个级别只能算得动个位数原子的体系
对于Gaussian用户算这个，M06 ...

好的，谢谢社长的指导
作者
Author: 酥大墙    时间: 2025-4-9 17:22
接近20个第二周期及以下的原子的CCSD(T)即使用ORCA计算，对于性能一般的机器，基组也差不多只能到jun-cc-pVTZ，aug-cc-pVTZ都是天方夜谭，更不用说aug-cc-PVQZ了。
另外我个人是强烈不建议使用Gaussian做后HF计算的，Gaussian的MP2算得慢还非常吃硬盘，除非你原子数很少（<20）。
作者
Author: littleear    时间: 2025-4-9 20:40
酥大墙 发表于 2025-4-9 17:22
接近20个第二周期及以下的原子的CCSD(T)即使用ORCA计算，对于性能一般的机器，基组也差不多只能到jun-cc-pV ...

好的，非常感谢您的建议



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