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标题: Gromacs构建金属离子模型 [打印本页]

作者
Author: qczgzly 时间: 2017-3-10 15:53
标题: Gromacs构建金属离子模型
本帖最后由 qczgzly 于 2017-3-10 21:53 编辑

　　之前发文求助过，采用cationic dummy atom（CDA）模型可以使金属离子模型具有配位功能，相比单电荷离子模型更接近实际情况。然而在研究锌离子与组氨酸的自组装过程中发现，锌离子总是分散在水中，并不与咪唑上氮原子配位。实验数据是锌离子与咪唑氮的配位能力是与水分子氧的十万倍（Ka=10^6）。我觉得原因在于CDA模型中金属-配体间完全为离子键，水分子中氧的电荷为-0.8，咪唑基中氮的电荷为-0.5，因此以离子键进行配位的锌离子自然更倾向与氧配位。请问该如何解决这一问题呢？

作者
Author: tianyongpan 时间: 2019-5-24 20:13
请问，这个问题解决了嘛？近期也做一些配合物计算，Gromacs可以模拟配合物的形成过程嘛？谢谢

作者
Author: caohuiming 时间: 2019-5-24 20:35
AMBER软件中，cationic dummy atom（CDA）模型需要指定Zn和组氨酸成键，是一种成键模型，His，Cys等配位的氨基酸有特殊的氨基酸类型。

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2019-5-24 22:53

caohuiming 发表于 2019-5-24 20:35
AMBER软件中，cationic dummy atom（CDA）模型需要指定Zn和组氨酸成键，是一种成键模型，His，Cys等配位的 ...

是ZAFF或MCPB吧

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 03:21

tianyongpan 发表于 2019-5-24 20:13
请问，这个问题解决了嘛？近期也做一些配合物计算，Gromacs可以模拟配合物的形成过程嘛？谢谢

配位键形成过程模拟不了，gromacs不支持任何反应力场
只有纯粹静电作用的结合过程，比如Ca离子结合到蛋白某个地方，这类的可以模拟

作者
Author: yjr 时间: 2019-5-25 22:43
很可能是组氨酸与锌离子之间的相互作用不够，你可以量化计算一下锌离子与组氨酸之间的相互作用，跟经典的比较一下。

作者
Author: tianyongpan 时间: 2019-5-26 10:35

sobereva 发表于 2019-5-25 03:21
配位键形成过程模拟不了，gromacs不支持任何反应力场
只有纯粹静电作用的结合过程，比如Ca离子结合到蛋 ...

请问卢老师，我按照博文中能量分解的方法进行了能量分解，金属离子和有机分子之间主要是静电作用、色散和交换互斥，数值分别是-120,80，-23。这种情况可以用Gromacs模拟它们在水中的结合过程嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-27 03:54

tianyongpan 发表于 2019-5-26 10:35
请问卢老师，我按照博文中能量分解的方法进行了能量分解，金属离子和有机分子之间主要是静电作用、色散和 ...

简单一句话：d、f族过渡金属与有机分子成键过程，没法靠GROMACS模拟，因为这种键肯定存在共价作用，不可能光靠范德华+静电作用描述

作者
Author: tianyongpan 时间: 2019-5-27 09:27

sobereva 发表于 2019-5-27 03:54
简单一句话：d、f族过渡金属与有机分子成键过程，没法靠GROMACS模拟，因为这种键肯定存在共价作用，不可 ...

多谢！

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