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标题: 关于i-C8H18+NO2某一抽氢反应过渡态构象搜索的疑问 [打印本页]

作者
Author: 400__LUX 时间: 2025-4-9 15:41
标题: 关于i-C8H18+NO2某一抽氢反应过渡态构象搜索的疑问
我采用MS-Tor软件包来计算多结构扭转因子，同时寻找过渡态的最低构象。以i-C8H18+NO2某一抽氢反应通道为例，通过ConfGen.exe生成81个TS构象后，用Gaussian对各个构象进行优化，采用关键词#opt(tight,TS,calcfc,noeigen) M062X/6-311++G** EmpiricalDispersion=GD3 对每一个构象进行优化，发现差不多有一半的构象是无法优化到过渡态的，往往最后优化为产物或者反应物。随后我选择了一个没有优化到过渡态的构象，采用关键词#opt(gdiis,maxstep=5,notrust,tight,TS,calcfc,noeigen) M062X/6-311++G** EmpiricalDispersion=GD3 能够优化为TS，但是如果对每一个构象都做这样的任务极为耗时。故想请教各位大佬，针对这类构象，是当做错误构象剔除即可还是说需要采用上述优化后的关键词都在计算一遍。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 23:10
看里面Q21关于过渡态构象搜索的正确方法的介绍
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）

此体系优化过渡态加弥散完全多余

作者
Author: 400__LUX 时间: 2025-4-10 11:19

sobereva 发表于 2025-4-9 23:10
看里面Q21关于过渡态构象搜索的正确方法的介绍
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsc ...

谢谢社长解答。看完Q21，我的理解是：首先针对这81个构象做限制性优化，冻住反应部分，优化后利用MSTor剔除重复结构，再放开限制再对这些结构再做一遍优化。我再尝试一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-10 11:34

400__LUX 发表于 2025-4-10 11:19
谢谢社长解答。看完Q21，我的理解是：首先针对这81个构象做限制性优化，冻住反应部分，优化后利用MSTor剔 ...

根本就没MSTor的事
去重是isostat干的

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