计算化学公社

标题: 超算运行Molclus,结合xtb程序进行构象搜索，判断过程是否正确运行 [打印本页]

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-10 12:04
标题: 超算运行Molclus,结合xtb程序进行构象搜索，判断过程是否正确运行
老师们好，我在对一个手性小分子进行构想搜索时，采用了molclus结合gentor程序，两个都被我放在了超算上。因为我设置gentor.ini时把旋转角度以及键的个数设置的比较多。所以生成的轨迹文件traj.xyz里包含了24万多个初始构象。要优化的结构极多，所以看了卢老师的博文“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=53810
(出处: 计算化学公社)”。所以采用了XTb进一步优化。在超算上配置了环境变量
(, 下载次数 Times of downloads: 20)
然后将轨迹文件traj.xyz放到Molclus文件下
(, 下载次数 Times of downloads: 20) ，
同时也对setting.ini里面的内容进行了修改
(, 下载次数 Times of downloads: 21) 。
运行之后。出现了这样的结果
， (, 下载次数 Times of downloads: 23) 。
请问我应该如何解决

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-10 14:44
先确保xtb能在实际molclus运行的环境中通过xtb命令运行
这跟molclus没任何直接联系，纯粹是xtb自己的事

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-11 08:56

先确保xtb能在实际molclus运行的环境中通过xtb命令运行

。老师您说的这句话，我不太立理解，请问能不能说得具体一点

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-11 10:59

sobereva 发表于 2025-4-10 14:44
先确保xtb能在实际molclus运行的环境中通过xtb命令运行
这跟molclus没任何直接联系，纯粹是xtb自己的事

老师，我又重新在超算上安装以及运行了一下，然后按照您博文“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”的第二部分内容“5 第二步：用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化

去Molclus官网下载最新版本并解压。把traj.xyz放到Molclus目录下。把Molclus目录下settings.ini里的iprog设为4代表调用xtb，确保itask为0代表是做优化任务。把xtb_arg参数设为"--gfn 0 --chrg 0 --uhf 0"，代表这是中性单重态体系且用GFN0-xTB计算。之后输入./molclus命令启动当前目录下的Molclus程序可执行文件，程序就开始调用xtb优化traj.xyz里的每一帧了。在笔者的Intel 36核机子上优化每一帧结构的耗时也就2~5秒钟，总共花了111分钟。”进行了相同的操作
然后出现了这样的过程

                     *** Configuration 64  ***
Current date: 2025-04-11 Time: 10:33:11
Loading geometry       64 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 1 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out

这样的话，就表示正常进行了把

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 14:24

zyd 发表于 2025-4-11 10:59
老师，我又重新在超算上安装以及运行了一下，然后按照您博文“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西 ...

是

作者
Author: zyd 时间: 2025-4-11 15:44

sobereva 发表于 2025-4-11 14:24
是

谢谢老师呀

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