计算化学公社

标题: 求助为什么cp2k跑气相AIMD时硫酸和二甲胺不能形成团簇 [打印本页]

作者
Author: Yancy.Luke 时间: 2025-4-10 16:08
标题: 求助为什么cp2k跑气相AIMD时硫酸和二甲胺不能形成团簇
各位老师好，我用cp2k跑气相AIMD，体系是一个硫酸和一个二甲胺，我想看到两者形成团簇（如图理想情况），但是实际情况是两个分子越跑越远，没有形成团簇的迹象。我怀疑是分子数量太少于是改为了2个硫酸和2个二甲胺，但是原子直接跑散了。很想解决上述问题，感谢各位老师。

作者
Author: love_yy 时间: 2025-4-10 16:13
可以试试体系周围加一个球形势函数限制分子运动范围

作者
Author: Yancy.Luke 时间: 2025-4-10 20:14

love_yy 发表于 2025-4-10 16:13
可以试试体系周围加一个球形势函数限制分子运动范围

好的，谢谢老师

作者
Author: archer 时间: 2025-4-10 20:44
这个需要大量轨线才能观察到吧，初始速度可以设置成相对的，使它们碰撞

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 01:56
跟分子数没关系
计算级别对弱相互作用描述不理想、温度太高、初始距离太远或相对朝向不理想等都可能导致无法结合。

建议先用genmer+molclus做构型搜索，以最稳定的二聚体结构当动力学的初始构型
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

CP2K用户没事甭用BLYP，要用便宜的纯泛函用PBE。并且没事甭用过时的Nose-Hoover热浴，一律用CSVR

作者
Author: Yancy.Luke 时间: 2025-4-11 10:10

archer 发表于 2025-4-10 20:44
这个需要大量轨线才能观察到吧，初始速度可以设置成相对的，使它们碰撞

感谢老师回答！

作者
Author: Yancy.Luke 时间: 2025-4-11 10:26

sobereva 发表于 2025-4-11 01:56
跟分子数没关系
计算级别对弱相互作用描述不理想、温度太高、初始距离太远或相对朝向不理想等都可能导致无 ...

感谢老师，我尝试一下

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