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标题: 求助：cp2k得到的xyz文件，如何导出带有pbc的晶胞 [打印本页]

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Author: jianying8996 时间: 2025-4-11 11:26
标题: 求助：cp2k得到的xyz文件，如何导出带有pbc的晶胞
本帖最后由 jianying8996 于 2025-4-11 14:28 编辑

如题所问。具体的，我用cp2k得到了晶胞CELL优化后的xyz坐标，能在Vesta和MS中显示各个原子结构，但是没有周期性边框。
为了加上周期性边框，我先导入VMD中，能加上pbc后导出PDB结构，按照网上说的导入MS后还是不显示周期性边框！！！
求教各位老师，如何能将一个XYZ结构的晶胞在Vesta或者MS中图像显示周期性边框？？？

作者
Author: imasen 时间: 2025-4-11 12:13
把你的cp2k输入文件导入Multiwfn，主功能100里选择2，然后就可以转换成带周期性信息的xyz文件或者cif文件，再用优化好的坐标替换一下就行了。或者直接导入计算完成后的restart文件，转换出来的直接就是优化后的。

作者
Author: jianying8996 时间: 2025-4-11 12:38

imasen 发表于 2025-4-11 12:13
把你的cp2k输入文件导入Multiwfn，主功能100里选择2，然后就可以转换成带周期性信息的xyz文件或者cif文件， ...

好的，多谢多谢，我试一下Multiwfn

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 13:53
完全莫名其妙。VASP又不是可视化程序
认真看此文
使用CP2K过程中常用的可视化工具
http://sobereva.com/739（http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html）

CP2K用户没有丝毫必要用极其昂贵的M$做可视化，“好看” 程度比VESTA、VMD差远了

作者
Author: jianying8996 时间: 2025-4-11 14:29

sobereva 发表于 2025-4-11 13:53
完全莫名其妙。VASP又不是可视化程序
认真看此文
使用CP2K过程中常用的可视化工具

写错了，是VESTA，感谢回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-11 14:31

jianying8996 发表于 2025-4-11 14:29
写错了，是VESTA，感谢回复！

如前面我的博文所述，Multiwfn载入restart文件，转成cif或POSCAR，载入VESTA直接就能显示晶胞。标准的xyz文件格式不含晶胞信息（虽说Multiwfn支持xyz文件里的注释部分记录晶胞信息，但其它程序不支持这种形式）。

作者
Author: yoghurt117 时间: 2025-7-3 21:11
导入的结构没有边框是因为，导入的结构对于Ms来说是非周期性的。如果要显示边框，需要在MS新建一个文件，然后使用build下拉菜单，Crystals选项--->Build Crystal选项，然后输入cp2k的cell部分的三个长度，然后再按照优化后的xyz坐标，把原子的坐标一个一个添加进去，当然把结构一次性拷贝进去也行

作者
Author: jianying8996 时间: 2025-7-4 15:22

yoghurt117 发表于 2025-7-3 21:11
导入的结构没有边框是因为，导入的结构对于Ms来说是非周期性的。如果要显示边框，需要在MS新建一个文件，然 ...

感谢！

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