计算化学公社

标题: 关于amber力场的格式 [打印本页]

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-12 16:59
标题: 关于amber力场的格式
大家好，向大家请教一个问题，是关于amber的力场的问题，不知道力场文件中LJ势等参数的形式，不同的程序往往是不同的，单位也不尽相同：
我查了查文献，amber里面的哈密顿量的具体形式是：

但是我查阅了amber的力场文件的数值，尤其是LJ势，肯定不是这样按A，B写入力场文件的。不过我也看到了其它的两种形式：

如果按照第一种，gromacs是这样组织来写入力场文件的，我对比了tip3p的参数，发现OW的sigma是3.15061，而amber力场文件中却是1.7683，单位应该都是埃。所以也不是的这样的。后面的我也换算了一下，好像也不是这样。amber力场文件里面nonbond项的“MOD4 RE”，好像与这个有关。

作者
Author: lujun 时间: 2017-3-12 17:05
具体是哪三个公式，好像没法显示公式。
我现在在添加amber力场时也遇到类似问题了。

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-3-12 17:11

lujun 发表于 2017-3-12 17:05
具体是哪三个公式，好像没法显示公式。
我现在在添加amber力场时也遇到类似问题了。

我粘贴上去了，没有显示。我编辑一下吧，我写下三个LJ势公式：
(1) E_LJ = A/R^12 - B/R^6
(2) E_LJ = 4e*((sigma/R)^12 - (sigma/R)^6)
(3) E_LJ = e*((R_min/R)^12 - 2*(R_min/R)^6)

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-12 19:54
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读入哪种参数形式取决于设定的选项

      - 10 -    ***** INPUT FOR THE 6-12 POTENTIAL PARAMETERS *****

                  LABEL , KINDNB

                     FORMAT(A4,6X,A2)

      LABEL    The name of the non-bonded input parameter to be
                  used.  It has to be matched with "NAMNB" read through
                  unit 5.  The program searches the file to load the
                  the required non-bonded parameters.  If that name is
                  not found the run will be terminated.

      KINDNB    Flag for the type of 6-12 parameters.

      'SK'    Slater-Kirkwood parameters are input.
                  see "caution" below.

      'RE'    van der Waals radius and the potential well depth
                  parameters are read.

      'AC'    The 6-12 potential coefficients are read.

         NOTE: All the non equivalenced atoms' parameters have to
               be given.

         The input is terminated when label .eq. 'END'

再加上对照.dat里的参数和原文里的参数和公式很容易就能弄清楚

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2017-3-13 15:09
.dat里的参数分别是vdw半径和welldepth。参考 http://ambermd.org/Questions/vdwequation.pdf

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