计算化学公社

标题: CP2K和CPMD相比哪一款更加容易上手? [打印本页]

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-3-12 19:28
标题: CP2K和CPMD相比哪一款更加容易上手?
最近看到一些文献中使用CP2K或者CPMD进行从头算的分子动力学模拟，我想请教一下上述两个软件哪一种上手会快一点，希望懂行的坛友们分析一下！

CP2K：https://www.cp2k.org/
CPMD：http://www.cpmd.org/

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-3-13 08:44
个人认为是CP2K, 你看看两个软件的网站，CP2K经常更新，并且在网站上给出了大量的例子和教程，软件更新也很快。下载非常方便。反而CPMD更新很慢，例子文件很少。

PS: CP2K 4.1 的安装非常方便，基本就是一个脚本文件搞定（需要能连上外网）

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-13 13:40
感觉Jurg Hutter好像把精力大部分从CPMD转向CP2K了
而且CP2K与CPMD区分得比较明确，只支持gamma点，只支持BOMD

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-3-13 14:32
个人感觉CP2K好牛叉啊，支持经典的力场（AMBER,CHARMM）

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-3-13 20:33

sobereva 发表于 2017-3-13 13:40
感觉Jurg Hutter好像把精力大部分从CPMD转向CP2K了
而且CP2K与CPMD区分得比较明确，只支持gamma点，只支持 ...

最新版支持多K点计算，但只是最基本的计算
BOMD好像更普世一些

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-3-13 20:34

ruanyang 发表于 2017-3-13 14:32
个人感觉CP2K好牛叉啊，支持经典的力场（AMBER,CHARMM）

它号称是计算界的瑞士军刀

例子文件也很丰富

作者
Author: secret 时间: 2017-10-31 17:08

jiangning198511 发表于 2017-3-13 08:44
个人认为是CP2K, 你看看两个软件的网站，CP2K经常更新，并且在网站上给出了大量的例子和教程，软件更新也很 ...

刚接触CP2K，下载了最新版本5.1，看过官网安装步骤后，现在苦于不知道怎么安装。烦请大神指点一二。拜托了！

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-10-31 20:19

secret 发表于 2017-10-31 17:08
刚接触CP2K，下载了最新版本5.1，看过官网安装步骤后，现在苦于不知道怎么安装。烦请大神指点一二。拜托 ...

http://yafanzhao.blog.163.com/bl ... 267201410147464255/

请看这个帖子
CP2K的编译需要安装很多库，所以比较麻烦

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2017-10-31 21:25
本帖最后由一颗赛艇于 2017-10-31 21:29 编辑

CP2K有个生成输入文件的网站：

http://cp2k-www.epcc.ed.ac.uk/cp2k-input-editor/#/

作者
Author: highlight 时间: 2017-10-31 21:46

secret 发表于 2017-10-31 17:08
刚接触CP2K，下载了最新版本5.1，看过官网安装步骤后，现在苦于不知道怎么安装。烦请大神指点一二。拜托 ...

用cp2k/tools/toolchain/目录下的install_cp2k_toolchain.sh自动安装试试

作者
Author: secret 时间: 2017-11-2 10:30

jiangning198511 发表于 2017-10-31 20:19
http://yafanzhao.blog.163.com/blog/static/193196267201410147464255/

请看这个帖子

好的好的谢谢我摸索摸索

作者
Author: secret 时间: 2017-11-2 10:30

highlight 发表于 2017-10-31 21:46
用cp2k/tools/toolchain/目录下的install_cp2k_toolchain.sh自动安装试试

谢谢指点我试试

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-11-2 10:53

secret 发表于 2017-11-2 10:30
谢谢指点我试试

这个要保证机器能够上网下载相关的安装包

作者
Author: secret 时间: 2017-11-2 10:59

jiangning198511 发表于 2017-11-2 10:53
这个要保证机器能够上网下载相关的安装包

我就是刚开始摸索以前也没有在linux下装过软件有得学了

作者
Author: secret 时间: 2017-11-2 11:00

jiangning198511 发表于 2017-10-31 20:19
http://yafanzhao.blog.163.com/blog/static/193196267201410147464255/

请看这个帖子

请问官网安装步骤给出的库都需要装吗如果不是我该怎么选择呢

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-11-2 13:04

secret 发表于 2017-11-2 11:00
请问官网安装步骤给出的库都需要装吗如果不是我该怎么选择呢

如果能上网的话，脚本都会安装好，非常简单
可以问问身边的同学

作者
Author: highlight 时间: 2017-11-2 17:32

jiangning198511 发表于 2017-11-2 10:53
这个要保证机器能够上网下载相关的安装包

我猜直接把 https://www.cp2k.org/static/downloads 的安装包全down下来，放到 ${BUILDDIR}下应该就可以了。当然前提是一些基本东西，像是gcc之类的，还得手动装，但是，工作量会少很多。

不过，这个安装脚本好像默认的用gcc，您给的教程里有用intel编译器的，您比较过这两者编译出来的程序运算效率的差别吗？

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-11-3 08:27

highlight 发表于 2017-11-2 17:32
我猜直接把 https://www.cp2k.org/static/downloads 的安装包全down下来，放到 ${BUILDDIR}下应该就可以 ...

机智

好像inTel 编译器有些问题，会报错，还是使用默认的好一点

作者
Author: highlight 时间: 2017-11-15 15:13

jiangning198511 发表于 2017-11-3 08:27
机智
好像inTel 编译器有些问题，会报错，还是使用默认的好一点

经过对比，intel确实是快一点啊。
我用这个教程可以得到能用的popt，但psmp不能用

http://blog.csdn.net/zh314js/article/details/76258705
个人觉得提速的关键还是得用上intel mpi和mkl

作者
Author: elpa 时间: 2021-3-11 11:51

ruanyang 发表于 2017-3-13 14:32
个人感觉CP2K好牛叉啊，支持经典的力场（AMBER,CHARMM）

请问哪里有可以学习经典力场选择与参数设置？小白刚学qmmm

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-14 03:12

elpa 发表于 2021-3-11 11:51
请问哪里有可以学习经典力场选择与参数设置？小白刚学qmmm

把这里相关的教程和练习都看了，自带的tests包里也有QMMM计算的例子文件，结合手册理解
https://www.cp2k.org/howto
https://www.cp2k.org/exercises

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)