计算化学公社

标题: 求助用cp2k计算钙钛矿的分子动力学时出现如下报错 [打印本页]

作者
Author: Active 时间: 2025-4-12 16:00
标题: 求助用cp2k计算钙钛矿的分子动力学时出现如下报错
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Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
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mpirun noticed that process rank 13 with PID 186520 on node node114 exited on signal 9 (Killed).
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slurmstepd: error: *** JOB 52972 STEPD TERMINATED ON node114 AT 2025-04-09T01:15:49 DUE TO JOB NOT ENDING WITH SIGNALS ***

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-12 16:15
这不是有效报错信息。cp2k意外中断都会这么报错。如果别的体系能在这个设备上正常算的话，可能是物理内存不够。具体需要检查你的输出文件。

作者
Author: Active 时间: 2025-4-12 16:21

Stardust0831 发表于 2025-4-12 16:15
这不是有效报错信息。cp2k意外中断都会这么报错。如果别的体系能在这个设备上正常算的话，可能是物理内存不 ...

老师你好，我判断很有可能是内存不够，这样的话请问我可以通过改动哪些参数来降低内存需要

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-12 17:23

Active 发表于 2025-4-12 16:21
老师你好，我判断很有可能是内存不够，这样的话请问我可以通过改动哪些参数来降低内存需要

当前物理内存大小、计算级别和体系大小分别是什么情况呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-13 01:55
能给输入文件尽可能给输入文件，免得别人去猜，导致来来回回浪费你和对方的时间，同时也便于别人测试
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: Active 时间: 2025-4-13 09:25
这是我的输入文件

作者
Author: logzzz 时间: 2025-4-13 10:35
需要提供比较详细的报错原因。有没有输出err文件？我8375C ，64核，计算只需要32 GB 的内存。你服务器应该不止30多GB内存吧？另外这个体系含氢，建议步长不要大于1 fs。

作者
Author: Active 时间: 2025-4-13 12:15
这是我的输出文件

作者
Author: Active 时间: 2025-4-13 12:15

logzzz 发表于 2025-4-13 10:35
需要提供比较详细的报错原因。有没有输出err文件？我8375C ，64核，计算只需要32 GB 的内存。你服务器应该 ...

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Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
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mpirun noticed that process rank 13 with PID 186520 on node node114 exited on signal 9 (Killed).
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这就是error文件的全部内容

作者
Author: Active 时间: 2025-4-13 12:20
这是我的slurm文件

作者
Author: logzzz 时间: 2025-4-13 12:43
mpirun -np 48 cp2k.popt anneal.inpltee melt.out ,把提任务的命令改成这个。看你输出文件，你跨节点设置的应该不对。如果你服务器单节点是48，用popt跑。

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