计算化学公社

标题: 关于COF吸附分离小分子的弱相互作用分析求助 [打印本页]

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2025-4-13 19:09
标题: 关于COF吸附分离小分子的弱相互作用分析求助
本帖最后由红茶泡枸杞于 2025-4-14 11:09 编辑

各位老师好，我做COF吸附分离小分子的计算，先用MS做模拟退火，得到吸附位点构型再去CP2K做结构优化以及使用DFTD3(BJ)方法考虑BSSE矫正，CP2K优化前后分子的位置几乎没有变动，将波函数文件拿去做弱相互作用分析，IGMH、AIM、Hirshfeld分析，采用的方法如下，对角化算法，PBE，TZVP-GTH，DFTB3(BJ)。
分析过程中发现，COF和小分子之间的相互作用很弱，没有氢键形成，参考文献有关COF吸附分离计算的例子，应该主要靠氢键的强弱不同进行分离，我现在不知道是哪一步出错了，或者计算建模出了问题，请各位老师指导。
附上其中两组计算的输入和输出文件
链接:https://pan.baidu.com/s/18eLpJMLAfMT89bs1mkbSMw?pwd=u64h
提取码:u64h

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-14 02:13
不要乱用BSSE这个词。下文里搜BSSE
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

如果你预期的是小分子的N-H作为氢键给体和COF的N作为氢键受体形成氢键（除此之外也没有较强氢键的可能了，顶多再是COF的pi区域作为氢键受体），当前结构显然没形成。可以用gromacs做分子动力学看看是否能真的可能出现产生氢键的结构。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2025-4-14 11:15

sobereva 发表于 2025-4-14 02:13
不要乱用BSSE这个词。下文里搜BSSE
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http: ...

好的，谢谢社长，原文对BSSE的描述已做修改。我还有个问题，因为文献中大多是靠氢键强弱不同进行分离的，导师说我的计算没有形成氢键，结果没有意义，没法使用，我该怎么调整我的计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-15 04:13

红茶泡枸杞发表于 2025-4-14 11:15
好的，谢谢社长，原文对BSSE的描述已做修改。我还有个问题，因为文献中大多是靠氢键强弱不同进行分离的， ...

可能采样不足，导致实际可能有形成氢键的结构而你没得到，所以我才让你跑动力学

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