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标题: 求助同一化合物不同的初始结构进行结构优化，得到的优化结构不一致 [打印本页]

作者
Author: mtpeng 时间: 2025-4-14 11:26
标题: 求助同一化合物不同的初始结构进行结构优化，得到的优化结构不一致
各位老师好，我想请教同一化合物不同的初始结构（跟其他分子分组比较，二次的初始结构没有用一样的）进行结构优化，得到的优化结构不一致，一些指标如二面角相差8度左右，结果是否正常，可靠？分析时是需要再次优化到相同结构比较，还是在分组后的组间比较也是可行的？

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-4-14 12:00
1,不保密的话放图
2，陷入了局部最小
3，构象搜索

作者
Author: -HMDS- 时间: 2025-4-14 12:03
在站内搜构象搜索之类的关键词，有很多讨论，sob老师也有很多的帖子，比如
http://sobereva.com/532
http://sobereva.com/383
http://sobereva.com/313
http://sobereva.com/276

简单来说，就是你的化合物有不同的构象，从不同的初始结构出发，自然会得到不同能量的构象，你可以看下能量，看用不用考虑构象对热力学能的贡献。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-14 12:04
把这些都认真看了，了解构象搜索的基本常识
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: Minnong-121 时间: 2025-4-14 12:46
有些指标，西格玛键旋转，或者二面角大小变化对能量影响很小

作者
Author: fffmmmzck 时间: 2025-5-23 18:18
好比一个函数可以有很多个极小值，但最小值只有一个。你的初始结构可能就属于某个区间的极小值，最好用sob老师研发的分子构象搜索，找一下最小值构象。

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