计算化学公社

标题: 超算上使用sobEDAw出现 syntax error [打印本页]

作者
Author: 江峰 时间: 2025-4-14 15:24
标题: 超算上使用sobEDAw出现 syntax error
各位老师好，学生在超算上使用sob老师的sobEDAw时遇到问题，如图中的红框，出现"syntax error".
1.请问这个错误影响最终结果吗?(似乎没影响

)
2.为什么有这个错误

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-15 01:50
最终结果正常就不用管

细节原因可以自己修改脚本以输出中间变量，手动运行sobEDA.sh的最后sobEDAw部分的各个命令看是什么导致的

作者
Author: 江峰 时间: 2025-4-16 22:49

sobereva 发表于 2025-4-15 01:50
最终结果正常就不用管

细节原因可以自己修改脚本以输出中间变量，手动运行sobEDA.sh的最后sobEDAw部分的 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: 121089576 时间: 2025-9-27 20:46
您好，可以请问一下您在超算上怎么使用sobEDA吗？我只在超算上用脚本运行过Gaussian，不知道如何才能用脚本运行sobDEA.sh

作者
Author: 江峰 时间: 2025-10-13 11:00

121089576 发表于 2025-9-27 20:46
您好，可以请问一下您在超算上怎么使用sobEDA吗？我只在超算上用脚本运行过Gaussian，不知道如何才能用脚本 ...

在超算上使用sobEDA已经有大佬说过了，参考http://bbs.keinsci.com/thread-47947-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-42049-1-1.html

作者
Author: student0618 时间: 2025-10-13 22:09
简单的话把SLURM指令、跑Gaussian的环境变量、Multiwfn的环境变量放在sobEDA.sh #!/bin/bash 后就可以直接sbatch sobEDA.sh

作者
Author: 江峰 时间: 2025-10-15 17:59
没错，我也是这种

#!/bin/bash
#SBATCH -J sobEDA #任务名称
#SBATCH -N 1 #节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=32 #核心数
#SBATCH --mem=60G  #

source .../Multiwfn/3.8-Updated_on_2024_Feb_20/scripts/env.sh #激活Multiwfn环境
source .../gaussian/16-hy/scripts/env.sh  #激活Gaussian环境

bash sobEDA.sh       # 运行你的脚本

作者
Author: yangjusong 时间: 7 day ago

江峰发表于 2025-10-15 17:59
没错，我也是这种
#!/bin/bash
#SBATCH -J sobEDA #任务名称

你好，我最近尝试用超算分解能量，但是不知道怎么写提交任务的代码，想请教下您！万分感谢！

作者
Author: student0618 时间: 7 day ago
本帖最后由 student0618 于 2026-1-17 03:53 编辑

yangjusong 发表于 2026-1-17 01:18
你好，我最近尝试用超算分解能量，但是不知道怎么写提交任务的代码，想请教下您！万分感谢！

SLURM的话可参考我另一个回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 56612&fromuid=64740

PBS可举一反三试试，不过我没测过PBS

作者
Author: yangjusong 时间: 7 day ago

student0618 发表于 2026-1-17 03:40
SLURM的话可参考我另一个回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 56612&fromuid=64740

我想请问下，如何调用multiwfn的环境啊？

作者
Author: student0618 时间: 7 day ago

yangjusong 发表于 2026-1-17 12:37
我想请问下，如何调用multiwfn的环境啊？

先看手册2.1节，我觉得sob老师以经写得非常、非常清楚，接近手把手教了，很少程序可以有这么详尽的手册。
建议跟着去试试，遇到实际问题再提出。

作者
Author: yangjusong 时间: 5 day ago

student0618 发表于 2026-1-17 16:24
先看手册2.1节，我觉得sob老师以经写得非常、非常清楚，接近手把手教了，很少程序可以有这么详尽的手册。 ...

我现在已经运行了sobeda在超算上，sob给的例子有的可以运行，有的不报错，但是高斯out文件会自己停了。任务也就结束了。是超算的问题吗？

作者
Author: student0618 时间: 5 day ago
本帖最后由 student0618 于 2026-1-19 23:41 编辑

yangjusong 发表于 2026-1-19 23:35
我现在已经运行了sobeda在超算上，sob给的例子有的可以运行，有的不报错，但是高斯out文件会自己停了。任 ...

没高斯报错信息或更多相关资讯(如直接跑高斯有没有问题)，无法解答。

作者
Author: yangjusong 时间: 5 day ago

student0618 发表于 2026-1-19 23:40
没高斯报错信息或更多相关资讯(如直接跑高斯有没有问题)，无法解答。

单独跑高斯没有问题。我把文件发给您看看

作者
Author: yangjusong 时间: 5 day ago

student0618 发表于 2026-1-19 23:40
没高斯报错信息或更多相关资讯(如直接跑高斯有没有问题)，无法解答。

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