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标题: 求助用GaussView画完十二烷基苯磺酸钠，chemoffice模拟的时候老出现Na原子类型没指定 [打印本页]

作者
Author: paperz 时间: 2025-4-14 22:49
标题: 求助用GaussView画完十二烷基苯磺酸钠，chemoffice模拟的时候老出现Na原子类型没指定
请问十二烷基苯磺酸钠在用GaussView画完之后，我用chemoffice进行模拟的时候，老是出现Na原子类型没指定，改怎么办？请高手赐教。谢谢.

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-14 22:57
ChemOffice啥时候成模拟软件了，或许你是想说用力场粗略优化的过程？取决于后续打算拿这个表面活性剂做什么，或许这一步其实完全多余的，也或许本就不该把钠离子和磺酸根离子画一起。另见这个回复及前一页底部的4154楼、4155楼的问答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-15 04:00
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-4-16 10:46
具体的操作过程是什么样的？
“GaussView画完之后，我用chemoffice进行模拟”是什么目的？“chemdraw画完之后，用chem3d进行模拟”我能理解，你这种做法我不太理解。

作者
Author: xcgotk 时间: 2025-6-28 20:45
本帖最后由 xcgotk 于 2025-6-28 20:47 编辑

北大-陶豫发表于 2025-4-16 10:46
具体的操作过程是什么样的？
“GaussView画完之后，我用chemoffice进行模拟”是什么目的？“chemdraw画完 ...

我们也有时候这样操作，主要针对不复杂的小分子，我们的操作是使用Chem Draw画结构式，然后在chem3d生成出分子的建模，然后粗优化以节省gaussian优化的时间。
楼主大概是建模后使用chem3d粗优化吧。
自从配置了服务器之后就没再用过这种方式了
不过我也确实遇到过楼主同样的问题
我也想问的是
1.我们这种操作能达到我们的目的吗
2.楼主的问题如何解决
感谢编辑该贴之后，去看了上面楼层的回复，已经有了基本了解

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-6-29 10:38

xcgotk 发表于 2025-6-28 20:45
我们也有时候这样操作，主要针对不复杂的小分子，我们的操作是使用Chem Draw画结构式，然后在chem3d生成 ...

没必要吧，用 GFn1-xtb 粗优化，只用高斯的话 PM7 之类的也可以

作者
Author: xcgotk 时间: 2025-6-29 12:45

北大-陶豫发表于 2025-6-29 10:38
没必要吧，用 GFn1-xtb 粗优化，只用高斯的话 PM7 之类的也可以

嗯嗯，感谢您的回复

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