计算化学公社

标题: volmap计算溶质分子周围溶剂分子的SDF异常求助 [打印本页]

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-4-15 00:00
标题: volmap计算溶质分子周围溶剂分子的SDF异常求助
问一下各位大佬，我要计算溶质分子周围溶剂分子的SDF。把一个溶质分子固定在盒子中央后，左图是加入了116个溶剂分子，右图是400个溶剂分子，都输出了4万帧得到的结果（iso调试过了）。我想请问一下，右图为什么会是这样的结果，想跑出明显的效果还是要继续增多输出的帧数吗
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-15 04:03
明显是哪操作不当（如volmap里选择语句输错了），否则等值面不可能正好是理想圆形

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-4-15 12:56

sobereva 发表于 2025-4-15 04:03
明显是哪操作不当（如volmap里选择语句输错了），否则等值面不可能正好是理想圆形

哦哦，确实是因为没选对

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-4-16 18:46

sobereva 发表于 2025-4-15 04:03
明显是哪操作不当（如volmap里选择语句输错了），否则等值面不可能正好是理想圆形

老师，我还想问一下，我这个模拟输出2万帧（一楼的左图）和十万帧好像没什么差别，我该怎么调节才能做出类似您讲义上那种图像呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-17 15:00

XIANGCAI 发表于 2025-4-16 18:46
老师，我还想问一下，我这个模拟输出2万帧（一楼的左图）和十万帧好像没什么差别，我该怎么调节才能做出 ...

进一步增加帧数结果没什么变化，说明之前考虑的帧数就已经够多了
这和我讲义上的sdf等值面的基本特征也没什么明显区别。显示效果的差异自己调调就行了

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-4-17 19:49

sobereva 发表于 2025-4-17 15:00
进一步增加帧数结果没什么变化，说明之前考虑的帧数就已经够多了
这和我讲义上的sdf等值面的基本特征也 ...

好滴，谢谢老师。我还想问问老师，就是我要算溶液体系中葡萄糖脱水生成其他产物的反应机理，建议学习VASP还是CP2K呢，会不会上手很难。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-18 05:34

XIANGCAI 发表于 2025-4-17 19:49
好滴，谢谢老师。我还想问问老师，就是我要算溶液体系中葡萄糖脱水生成其他产物的反应机理，建议学习VASP ...

看你以什么方式研究
静态地研究，诸如找过渡态、中间体、算势垒，之后再结合Multiwfn做波函数分析之类，Gaussian就是首选。通过北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）顺利就学会了
对当前体系，倘若你要做第一性原理动力学（很耗时）研究显式溶剂下的动态反应情况，才需要CP2K。难不难完全取决于怎么学，纯靠自己看零七八碎的资料鼓捣巨难，而通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）很容易就能上手。

跟VASP没有丝毫联系。虽然它也支持第一性原理动力学，但速度只有CP2K的零头，还卖得巨贵。

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-4-23 17:11

sobereva 发表于 2025-4-18 05:34
看你以什么方式研究
静态地研究，诸如找过渡态、中间体、算势垒，之后再结合Multiwfn做波函数分析之类， ...

老师，我想跑葡萄糖(溶质分子5个)在二甲基亚砜、γ-戊内酯等(溶剂分子500个左右)中的脱水反应。
问题1：用CP2K算的话，这个体系需不需要超算，还是普通服务器(我的是linux系统)就够了
问题2：学习CP2K培训班的内容，会涵盖我要做的这部分(或者类似的)吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 19:16

XIANGCAI 发表于 2025-4-23 17:11
老师，我想跑葡萄糖(溶质分子5个)在二甲基亚砜、γ-戊内酯等(溶剂分子500个左右)中的脱水反应。
问题1： ...

你还是没说是要静态地还是动态地研究这个过程，两种方式都是可以研究这个过程的。

如果是静态地研究、用隐式溶剂模型，Gaussian就能做得很好，而且耗时不算高。学过北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）就能做，再参加北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）可以做得更好。

如果必须要用显式溶剂模型跑动力学，一般的计算条件下（普通服务器）用CP2K只能用GFN1-xTB等半经验级别，而且耗时很高。CP2K培训学过之后就知道怎么做

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-4-24 19:20

sobereva 发表于 2025-4-23 19:16
你还是没说是要静态地还是动态地研究这个过程，两种方式都是可以研究这个过程的。

如果是静态地研究、 ...

我要用显式溶剂模型跑动力学，应该就是要使用CP2K吧。
1.普通服务器的话一个体系大概一个月能跑完吗，我不太了解这个计算过程，可以通过适当减少分子数量来节省时间吗（比如等比例减到3：300），会不会影响准确性？
2.使用GFN1-xTB等半经验级别的话，都可以算些什么，足够我研究脱水反应机理吗（比如确定反应路径、识别速率决定步骤、检测中间体和过渡态，绘制能量剖面、电子结构变化(计算电荷转移、分子轨道变化等）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-24 21:35

XIANGCAI 发表于 2025-4-24 19:20
我要用显式溶剂模型跑动力学，应该就是要使用CP2K吧。
1.普通服务器的话一个体系大概一个月能跑完吗，我 ...

1 看原子数，以及用的级别（纯泛函还是GFN1-xTB），以及中途是否因为踩坑、重试而浪费时间

2 和结构、能量有关的都可以。CP2K的半经验级别无法产生molden文件用于Multiwfn看轨道和做波函数分析

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-5-8 20:32

sobereva 发表于 2025-4-24 21:35
1 看原子数，以及用的级别（纯泛函还是GFN1-xTB），以及中途是否因为踩坑、重试而浪费时间

2 和结构、 ...

老师好，我在调试的时候发现resolution和atom size不同得到的图像差距较大，像我的体系中分析的是DMSO/THF/GVL溶剂分子，数值大概设置在什么区间比较好呢，或者有什么依据可以用来选取数值吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 00:08

XIANGCAI 发表于 2025-5-8 20:32
老师好，我在调试的时候发现resolution和atom size不同得到的图像差距较大，像我的体系中分析的是DMSO/TH ...

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片里的说明：
(, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-5-11 21:28

sobereva 发表于 2025-5-9 00:08
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片里的说明：

老师，我想问下能不能把得到的SDF结果molecule保存下来，下次直接导入VMD中
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-11 23:33

XIANGCAI 发表于 2025-5-11 21:28
老师，我想问下能不能把得到的SDF结果molecule保存下来，下次直接导入VMD中

“SDF结果molecule保存下来”语义不明。如果你是指保存成格点数据文件，volmap可以导出成dx格式，之后可以载入VMD，也可以用Multiwfn转成cube之类其它格式

作者
Author: raku 时间: 2025-5-12 16:20

XIANGCAI 发表于 2025-4-15 12:56
哦哦，确实是因为没选对

您好可以请教下selection应该怎么写嘛，我的体系100个A分子，900个 B 分子，编号从第1号A分子开始，1-100，B分子从101 - 1000. 想要计算编号为50 的A分子周围B分子的分布，请教下该咋写

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-5-13 16:50

raku 发表于 2025-5-12 16:20
您好可以请教下selection应该怎么写嘛，我的体系100个A分子，900个 B 分子，编号从第1号A分子开始，1-10 ...

按照你这个的话，应该是在盒子中心只放一个分子A，B分子按比例来。命令应该是not index +A分子的编号

作者
Author: raku 时间: 2025-5-14 13:32

XIANGCAI 发表于 2025-5-13 16:50
按照你这个的话，应该是在盒子中心只放一个分子A，B分子按比例来。命令应该是not index +A分子的编号

好的好的，我试试，谢谢啦

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