计算化学公社

标题: nvt平衡无报错停止运行 [打印本页]

作者
Author:
弓长木南    时间: 2025-4-15 17:03
标题: nvt平衡无报错停止运行
本帖最后由 弓长木南 于 2025-4-15 17:13 编辑

请问大家在运行nvt平衡时有没有出现过下面情况:在gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr这步还是好好的,但是在运行下一步:gmx mdrun -deffnm nvt时就出现了下面情况,没有运行完就结束了,求知道得友友解答!
Update groups can not be used for this system because there are three or more consecutively coupled constraints

1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
  PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the GPU
PME tasks will do all aspects on the GPU
Using 1 MPI thread
Using 16 OpenMP threads


Back Off! I just backed up nvt.xtc to ./#nvt.xtc.1#

Back Off! I just backed up nvt.edr to ./#nvt.edr.1#
starting mdrun 'Protein in water'
50000 steps,    100.0 ps.

E:\PIK3CA-Hypericin-MD>
(, 下载次数 Times of downloads: 4)




作者
Author:
sobereva    时间: 2025-4-16 04:39
要么输入文件(拓扑信息、力场参数、mdp等)有问题,导致模拟不稳定,崩溃了,照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查。要么程序bug(怀疑是Windows版bug就尝试Linux版,或者当前GROMACS版本bug)

以后发帖时别用那么大字,绝大多数人的视力没那么差,更何况浏览器本身可以缩放显示比例





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