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标题: 水合氢离子力场及拓扑参数如何选择呢 [打印本页]

作者
Author: JCenter 时间: 2025-4-16 01:33
标题: 水合氢离子力场及拓扑参数如何选择呢
我的目的，是构建一个聚合物与酸溶液、碱溶液混合的体系，在lammps中弛豫平衡后，用平衡后的体系作为初始结构，再用cp2k跑酸性/碱性条件下的水解FPMD过程。
针对于经典力场下MD模拟过程，聚合物模型已经建好，酸/碱填充时，碱要么是OH-、Na+/K+，酸使用H3O+、Cl-\SO42-等。在跑MD时（哪种软件其实都无所谓）、聚合物使用gaff力场、水使用opc3，单原子离子如Na+/K+/Cl-我可以使用amber自带参数、或者使用Merz适配opc3的离子力场参数。硫酸根使用gaff结合resp2(0.5)电荷，水合氢离子怎么考虑呢，目前策略：1.使用非键点电荷模型（这种非显示的没法用于后续的FPMD）.还是说，2.直接使用sobtop得到拓扑参数，计算H3O+的resp2（0.5）电荷（这种在MD中使用是不是不太严谨，但是一想，也是为了给FPMD提供体系的初始结构）。使用2可以吗，或者说有没有其他更好的方法考虑。请各位大佬提提意见

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-16 04:44
这种常见的微型体系文献里100%都能找到参数可用。用sobtop产生也完全可以，如果届时发现哪有不理想，再在此基础上调

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-8 09:49

sobereva 发表于 2025-4-16 04:44
这种常见的微型体系文献里100%都能找到参数可用。用sobtop产生也完全可以，如果届时发现哪有不理想，再在此 ...

请问卢老师水合氢离子和OH-离子力场都可以直接用sobtop生成是吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-9 00:21

Lisy 发表于 2025-5-8 09:49
请问卢老师水合氢离子和OH-离子力场都可以直接用sobtop生成是吗

是
但这些都有专门的参数，因此在sobtop产生的拓扑文件基础上改成专门的参数更好。例如JCP上刚有一篇新的水合氢离子的参数文章，里面的原子电荷用的是我提出的ADCH电荷乘了0.85因子
https://pubs.aip.org/aip/jcp/art ... force-field-A-rigid

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-11 23:28

sobereva 发表于 2025-5-9 00:21
是
但这些都有专门的参数，因此在sobtop产生的拓扑文件基础上改成专门的参数更好。例如JCP上刚有一篇新 ...

好的，非常感谢卢老师！

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-21 17:17

sobereva 发表于 2025-5-9 00:21
是
但这些都有专门的参数，因此在sobtop产生的拓扑文件基础上改成专门的参数更好。例如JCP上刚有一篇新 ...

卢老师，请问这篇文献用的这个水合氢离子的力场和GAFF力场兼容吗？我的体系还包含其他小分子和离子，其他的我想用GAFF力场

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-22 03:51

Lisy 发表于 2025-5-21 17:17
卢老师，请问这篇文献用的这个水合氢离子的力场和GAFF力场兼容吗？我的体系还包含其他小分子和离子，其他 ...

应该兼容

作者
Author: Lisy 时间: 2025-5-22 14:36

sobereva 发表于 2025-5-22 03:51
应该兼容

好的，谢谢！

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